Metabolights

mcp-metabolights

MetaboLights MCP — EBI のメタボロミクス研究リポジトリです。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを1882以上の稼働中のデータソースにつなぐ MCP ゲートウェイです。これは独立した非公式の統合であり、上流プロバイダーとは提携、承認、公開のいずれもされていません。

ツール

ツール	説明
search_studies	EBI MetaboLights のメタボロミクス（代謝物／低分子）研究リポジトリを、キーワードで検索します。疾患、代謝物、生物、分析手法（例：「diabetes」、「glucose NMR」、「Homo sapiens LC-MS」）を指定できます。一致する研究のアクセッション（例：MTBLS1）と、名称および短い説明を返します。
get_study	アクセッション（例：「MTBLS1」）で指定した単一の MetaboLights 研究のメタデータを取得します。タイトル、詳細な説明、研究対象の生物（種＋組織／部位）が含まれます。キーは不要です。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "metabolights": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/metabolights/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/metabolights/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共有 Pipeworx メタツール（ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で利用できるツール一式）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック独自のツールに加えて、およそ30個の共有ツールが一覧表示されます。接続時の initialize レスポンスに正確な範囲が示されるため、その日の状況を確認する際の信頼できる情報源となります。

これは意図的なもので、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、このパックが扱わない質問にも、全カタログを検索する ask_pipeworx を通じて対応でき、MCP サーバーを2つ目に追加する必要がありません。現時点では、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマがルーティングの利点を上回るほどコンテキストを消費する場合は、複数のパックのエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度接続してください。

また、フル Pipeworx ゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールを直接一覧表示できます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も同じゲートウェイと、同じ1882以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。ask_pipeworx を使えば、どちらからでもすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP 経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/metabolights_search_studies \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"type 2 diabetes urine NMR"}'

最初の呼び出しにはアカウントは不要です。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/metabolights_search_studies を使います。ツールを検索するには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を呼び出します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイ経由の往復も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "metabolights": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-metabolights"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動することを確認します。

npx -y @pipeworx/mcp-metabolights

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、initialize／tools/list／tools/call に対して、このパックのツールのみで応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールはありません。ソースもツールも同じですが、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx を使う

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。上記のパックエンドポイントでも、フルゲートウェイでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Metabolights data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に入力します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT