Mgnify

@pipeworx/mgnify

MGnify（EMBL-EBI）— 公開メタゲノム研究、その分類に用いられる管理対象バイオーム語彙、およびMGnifyの種レベルのゲノムカタログに収録された約57,000件のMAGと分離株ゲノム。それぞれの完全性、汚染度、GTDB分類情報も確認できます。

Pipeworxの一部です。AI エージェントを1882以上の稼働中データソースに接続するMCPゲートウェイです。これは独立した非公式の統合であり、上流プロバイダーとの提携、承認、または同プロバイダーによる公開はありません。

ツール

• mgnify_search_studies(search?, biome_lineage?, limit?) — フリーテキストやバイオームを使って微生物叢研究を検索できます。各研究にはENAプロジェクトのアクセッション番号が含まれます。
• mgnify_study(accession) — MGYS研究1件の全情報を取得します。
• mgnify_genomes(search?, catalogue_id?, taxon_lineage?, limit?) — CheckMの完全性／汚染度、N50、GC含量、由来、ENA／NCBIの相互参照情報を含むゲノムカタログを検索します。
• mgnify_biomes(lineage_prefix?, limit?) — 約492件の系統バイオーム語彙を取得します。正確な系統文字列は推測できないため、まずここで確認してください。

認証

キーは不要です。登録も必要ありません。

データソース

• https://www.ebi.ac.uk/metagenomics/api/v2/studies/ — 研究コレクション。
• https://www.ebi.ac.uk/metagenomics/api/v2/genomes/ — ゲノムカタログ。
• https://www.ebi.ac.uk/metagenomics/api/v2/biomes/ — バイオーム語彙。

再調査に時間がかかるポイント（2026-09-17測定）

• このパックは意図的にv2を対象としています。 v1は現在も稼働しており、研究リストも提供していますが、v2では全情報を取得できる研究に対して、GET /v1/studies/MGYS00010519 は Not found を返します。v1ベースのパックでは、実在する研究について「その研究は存在しない」と回答してしまいます。
• ほとんどのクエリフィルターは黙って無視されます。 catalogue_id=、taxon_lineage=、biome_name=、lineage= は、エラーを返さず、件数も先頭行も同じ完全な未フィルターのコレクションを返します。絞り込みに使えるのは search= だけです（研究は「gut」で5,684件から532件に、ゲノムは「Prevotella」で56,782件から787件に絞られます）。このパックは search をそのまま渡し、残りはクライアント側で適用します。また、呼び出し元が「該当なし」と「検索を打ち切った」を区別できるよう、rows_scanned と scan_exhausted を報告します。
• search= は /biomes でも機能しません。 どのように指定しても492行の語彙全体が返されるため、mgnify_biomes はページ分割して取得し、ここで絞り込みます。
• コレクションURLには末尾のスラッシュが必要です（/v2/studies/?…。付けない場合は301）。詳細URLには末尾のスラッシュを付けないでください（/v2/studies/MGYS00010519）。
• page_size の上限は100で、指定値は黙って上限に調整されます。 500を指定しても、リクエストが縮小されたことを示す情報なしに100が返されます。

クイックスタート

MCPクライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurfなど）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "mgnify": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mgnify/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/mgnify/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、Pipeworx共通のメタツールである ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で使えるツール群を返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、パック固有のツールとともに共通ツールが約30個表示されます。接続の initialize レスポンスには正確なスコープが記載されており、その日の状況を確認する際の正式な情報源となります。

これは意図された動作であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、このパックが扱わない質問にも、全カタログを横断してルーティングする ask_pipeworx 経由で回答できるため、MCPサーバーを追加する必要がありません。現在、これらのメタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマで消費するコンテキストがルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

このパックだけでなく、すべてのパックのツールを直接一覧表示するには、Pipeworxのフルゲートウェイに接続してください。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらのURLも、同じゲートウェイと同じ1882以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールを直接一覧表示するかだけです。どちらからでも ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP 経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/mgnify_search_studies \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"search":"gut","limit":3}'

最初の呼び出しにアカウントは必要ありません。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/mgnify_search_studies を実行してください。ツールを検索するには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行してください。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージはローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントもゲートウェイへの往復通信も必要ありません。

{
  "mcpServers": {
    "mgnify": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-mgnify"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認できます。

npx -y @pipeworx/mcp-mgnify

標準入力／標準出力経由で MCP をやり取りし、このパックのツールに限って initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールはありません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworx によるルーティングもありません。

ask_pipeworx の使用

ツールを直接呼び出す代わりに、平易な英語で質問できます。これは上記のパックエンドポイントでも、ゲートウェイ全体でも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Mgnify data" })

ゲートウェイが適切なツールを選択し、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT