Mygene Info

@pipeworx/mygene-info

MyGene.info MCP — BioThings（NCBI、Ensembl、UniProt、KEGG、OMIM など）の遺伝子アノテーションサービスです。遺伝子ごとにデータが統合されています。キーは不要です。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを1683以上の稼働中のデータソースに接続する MCP ゲートウェイです。

ツール

• query(query, species?, fields?, size?, sort?) — 全文遺伝子検索
• gene(gene_id, fields?, species?) — 遺伝子 ID（Entrez または Ensembl）のアノテーション
• query_many(ids, scopes?, species?, fields?) — 一括検索
• metadata() — リリース／ソースのメタデータ
• taxonomy(species) — 種の分類情報

データソース

https://mygene.info/v3/

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "mygene-info": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mygene-info/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/mygene-info/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共通の Pipeworx メタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で使えるツール）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。単一パックのエンドポイントには現在、パック固有のツールとともに、共通ツールが約30個表示されます。接続の initialize 応答には正確な対象範囲が示されており、その日の状況を確認する際の信頼できる情報源です。

これは意図的な設計であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、ask_pipeworx を介してカタログ全体に問い合わせ、このパックで扱えない質問にもスコープ付き接続から回答できます。MCP サーバーをもう1つ追加する必要はありません。現在、メタツールなしでパックのエンドポイントを接続する方法はありません。追加のスキーマによるコンテキストのコストがルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度接続してください。

または、Pipeworx のフルゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと同じ1683以上のデータソースに接続します。異なるのは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも、ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP 経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/mygene_info_query \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"BRCA1"}'

最初の呼び出しにはアカウントは不要です。ツールの詳細を確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/mygene_info_query を実行します。ツールを探すには、POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs に {"query":"..."} を指定します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイへの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "mygene-info": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-mygene-info"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認します。

npx -y @pipeworx/mcp-mygene-info

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、このパックのツールのみを対象に initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共通メタツールはありません。データソースとツールは同じですが、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx を使う

ツールを直接呼び出す代わりに、平易な英語で質問できます。この方法は、上記のパックエンドポイントでもフルゲートウェイでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Mygene Info data" })

ゲートウェイが適切なツールを選択し、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT