Ncbi Datasets

@pipeworx/ncbi-datasets

NCBI Datasets（米国国立医学図書館）— ある生物にどのゲノムアセンブリが存在し、その品質はどの程度か、遺伝子がどこに位置し、他の各データベースで何と呼ばれているか、そしてノードごとのアセンブリ数と遺伝子数を含むNCBI分類ツリーを調べられます。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを1683以上の稼働中データソースにつなぐMCPゲートウェイです。

ツール

• ncbi_genome_reports(taxon?, accession?, reference_only?, assembly_level?, limit?) — アセンブリのレベル、長さ、コンティグ／スキャフォールドのN50、GC含量、登録者、BioProject、対応するRefSeq／GenBankアクセッションを取得します。
• ncbi_gene_by_symbol(symbols, taxon?) — Entrez遺伝子ID、生物型、染色体、RefSeqGene座標に加え、HGNC／Ensembl／UniProt／OMIMの相互参照とすべての同義語を取得します。
• ncbi_taxonomy(taxons) — 税ID、学名、または一般名から、完全な系統、子ノード、ランク、最新のアセンブリ数と遺伝子数を取得します。

認証

認証キーは不要です。NCBIは、api.ncbi.nlm.nih.gov 全体で匿名アクセスをIPアドレスごとにおよそ毎秒5リクエストに制限しています。このパックは識別用User-Agentを送信し、再試行は行いません。制限を受けてループする代わりに、その説明とともに429エラーを表示します。

ncbi-eutils とは異なるサービスです

E-utilitiesは約40のEntrezデータベースを対象とする汎用の検索／取得レイヤーで、取得したレコードは利用者が解析する必要があります。Datasetsは、ゲノム、遺伝子、分類について、構造化された行で回答します。この3つにはこのパックを、PubMed、dbSNP、その他のEntrezデータベースには ncbi-eutils を使用してください。

データソース

• https://api.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/v2/genome/taxon/{taxon}/dataset_report
• https://api.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/v2/genome/accession/{acc}/dataset_report
• https://api.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/v2/gene/symbol/{symbols}/taxon/{taxon}
• https://api.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/v2/taxonomy/taxon/{taxons}

再発見に時間がかかる注意点（2026-09-17時点で確認）

• フィルターを指定しない場合、ゲノムレポートにはこれまでに登録されたすべてのアセンブリが含まれます。 分類群562（E. coli）には492,559件があり、最初のページには同じアセンブリのGenBank／RefSeqペアが表示されます。技術的には正しくても、実用上は役に立ちません。 filters.reference_only=true を指定すると2件になるため、ncbi_genome_reports は分類群で検索する場合にこれをデフォルトで適用し、その旨を報告します。
• すべてのアセンブリは2つの形式で存在します。 GCA_（GenBank）と GCF_（RefSeq）で、paired_accession で相互にリンクされています。行数を数えると、アセンブリ数が二重にカウントされます。
• 複数値を指定したパスは、順序を保持しません。 taxonomy/taxon/9606,10090 は Mus musculus を先に返します。順序ではなく、返された query／symbol を照合してください。
• 遺伝子レポートの数値フィールドは文字列です（"gene_id":"672"）。一方、分類レポートでは数値です（tax_id: 9606）。どちらも受信した値のまま返されます。
• 分類群のパスには、税ID、学名、一般名を指定できます。 9606、Homo sapiens、human はすべて使用できます。

クイックスタート

MCPクライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurfなど）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "ncbi-datasets": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/ncbi-datasets/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/ncbi-datasets/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共有の Pipeworx メタツールである ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で使えるツールも返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック独自のツールに加えて共有ツールが約30個表示されます。接続の initialize レスポンスに正確な範囲が記載されており、その日の状況を確認するにはこれが確実です。

これは意図的なもので、偶然複数の接続先が混在しているわけではありません。メタツールを使うと、このパックが対象としていない質問にも、全カタログを横断してルーティングする ask_pipeworx を通じて回答できるため、MCP サーバーをもう1つ追加する必要がありません。現時点では、メタツールを含めずにパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマがもたらすコンテキストの負担がルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、Pipeworx のフルゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL でも、同じゲートウェイと同じ1683以上のデータソースにアクセスできます。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP 経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/ncbi_genome_reports \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"taxon":"9606","limit":3}'

最初の呼び出しにアカウントは必要ありません。ツールの詳細を確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/ncbi_genome_reports を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイへの往復通信も必要ありません。

{
  "mcpServers": {
    "ncbi-datasets": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-ncbi-datasets"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認できます。

npx -y @pipeworx/mcp-ncbi-datasets

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、このパックのツールのみを対象に initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx を使う

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。これは、上記のパックエンドポイントでもフルゲートウェイでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Ncbi Datasets data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT