Opentreeoflife

mcp-opentreeoflife

Open Tree of Life MCP。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを1683以上の稼働中のデータソースに接続するMCPゲートウェイです。

ツール

ツール	説明
match_names	学名（ラテン語の二名法）をOpen Tree of Lifeの分類群ID（ott_id）に解決します。ott_idはtaxon_infoとcommon_ancestorで必要になるキーです。まずはここから始めてください。各名前について、ott_id、採用名、階級、同義語／近似一致のフラグを含む最適な一致を返します。キー不要です。
taxon_info	ott_id（match_namesで取得）を指定して、Open Tree of Lifeの分類群の詳細（採用名、階級、一意名、同義語、出典となる分類体系、およびこの分類群から生命の根までの完全な系統）を取得します。キー不要です。
common_ancestor	ott_id（match_namesで取得）を指定して、統合生命の樹における2～10個の分類群の最終共通祖先（MRCA）を見つけます。共通祖先の分類群（ott_id、名前、階級）を返します。キー不要です。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurfなど）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "opentreeoflife": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/opentreeoflife/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/opentreeoflife/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共有Pipeworxメタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recallなど、ゲートウェイ全体で使えるツール群）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック独自のツールとともに、共有ツールがおよそ30個一覧表示されます。接続の initialize 応答に正確な範囲が記載されており、その日の状況を確認するための正式な情報です。

これは意図的な設計であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、このパックが対応していない質問にも、カタログ全体を横断してルーティングする ask_pipeworx 経由で回答できます。MCP サーバーを2つ目に追加する必要はありません。現在、メタツールなしでパックのエンドポイントを接続する方法はありません。追加のスキーマが、ルーティングの利点を上回るほどコンテキストを消費する場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、フルPipeworxゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらのURLも、同じゲートウェイと同じ1683以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも、ask_pipeworx を使えばすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/match_names \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"names":["Quercus alba","Panthera leo"]}'

最初の呼び出しにアカウントは必要ありません。ツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/match_names を実行してください。ツールを見つけるには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行してください。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルのstdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworxアカウントも、ゲートウェイへの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "opentreeoflife": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-opentreeoflife"]
    }
  }
}

または、起動を確認するには、直接実行します。

npx -y @pipeworx/mcp-opentreeoflife

stdin/stdout経由でMCPを使用し、initialize／tools/list／tools/call に応答します。対象はこのパックのツールのみで、上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。同じデータソース、同じツールを使えますが、ask_pipeworxによるルーティングはありません。

ask_pipeworxの使用

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。上記のパックエンドポイントでも、フルゲートウェイでも使用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Opentreeoflife data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT