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Paleobiodb

Paleobiodb

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pipeworx.io科学・教育05 週間前に更新
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Paleobiodb について

Paleobiodbは、古生物学データを扱う研究者などにPaleobiology Databaseの化石記録を提供します。ゲートウェイ接続と、ローカルでの単独MCPサーバー実行に対応し、産出記録、分類、地質年代を検索できます。

主な機能

  1. 01分類群から化石産出記録を検索
  2. 02地点と地質年代を取得
  3. 03分類群の詳細を参照
  4. 04直下の下位分類群を一覧表示

活用シーン

  1. 01分類群の化石産出記録を検索
  2. 02採集地点と年代を確認
  3. 03分類群の初出・最終出現を調査
  4. 04下位分類群を確認

MCP 対応

化石産出記録と分類情報を照会するツールをMCPクライアントに提供します。Pipeworxのリモートサーバー経由で接続するか、stdioでローカル実行できます。

設定

リモートサーバーはインストール不要です。クライアントを選んで設定をコピーするか、ワンクリックで導入できます。

エンドポイントhttps://gateway.pipeworx.io/paleobiodb/mcp
インストールコマンドをコピー
Claude CodeTerminal
Cursor.cursor/mcp.json
VS Code.vscode/mcp.json
Claude Desktopclaude_desktop_config.json
Windsurf~/.codeium/windsurf/mcp_config.json

コマンドはターミナルで実行し、JSON は各クライアントの MCP 設定に貼り付けて再起動します。認可が必要なサーバーは初回接続時にログインを求めます。

ツール

詳細

mcp-paleobiodb

Paleobiology Database(PBDB)MCP — 世界の化石記録。API キー不要です。

Pipeworx の一部です — AI エージェントを1683以上の稼働中のデータソースにつなぐ MCP ゲートウェイです。

ツール

ツール説明
find_fossilsPaleobiology Database(世界の化石記録)から、分類群の化石産出情報を検索します。採集地点(緯度/経度、国)と地質年代を含む産出情報を返します。base_name による検索では、その分類群とすべての下位分類群が対象になります。年代は百万年前(Ma)で表されます。API キー不要です。
get_taxonPaleobiology Database から単一の分類群を検索します。分類ランク、帰属情報(著者+年)、初出/最終出現の期間と年代(百万年前、Ma)、下位分類群の数を取得できます。API キー不要です。
list_subtaxaPaleobiology Database から分類群の直下の子分類群(下位分類群)を一覧表示し、各子分類群のランクと、その下位分類群の数を取得します。API キー不要です。

クイックスタート

MCP クライアント(Claude Desktop、Cursor、Windsurf など)に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "paleobiodb": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/paleobiodb/mcp"
    }
  }
}
このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/paleobiodb/mcp の tools/list は、上記の表にあるツールに加え、共有 Pipeworx メタツールである ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember/recall など、ゲートウェイ全体で使えるツール一式を返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントでは、そのパック独自のツールに加えて、共有ツールがおよそ30個表示されます。接続の initialize レスポンスに正確な範囲が記載されており、その日の状況を確認するうえで最も信頼できる情報です。

これは意図的な設計であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使えば、このパックの対象外の質問にも、カタログ全体を横断する ask_pipeworx を通じて回答できるため、2つ目の MCP サーバーを追加する必要がありません。現時点では、メタツールを含めずにパックのエンドポイントを利用する方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費がルーティングの利点に見合わない場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

また、フル Pipeworx ゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと1683以上の同じデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも、ask_pipeworx を使えばすべてのツールを利用できます。

MCP クライアントをお持ちでない場合:HTTP で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/find_fossils \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"taxon":"Tyrannosaurus"}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。ツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/find_fossils を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン(ゲートウェイアカウント不要)

このパッケージはローカルの stdio MCP サーバーとしても動作します。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイへの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "paleobiodb": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-paleobiodb"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認できます。

npx -y @pipeworx/mcp-paleobiodb

stdin/stdout 経由で MCP 通信を行い、このパックのツールのみを対象に initialize/tools/list/tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。同じデータソース、同じツールを利用できますが、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx の使用

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。この方法は、上記のパックエンドポイントでもフルゲートウェイでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Paleobiodb data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

ライセンス

MIT

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MCP は初めてですか?

プロトコルの概要から最初のサーバーの導入まで、よくある疑問にまとめて答えます。

AI アプリケーションが外部のツールやデータソースに統一的な方法で接続するためのオープンなプロトコルです。クライアントはモデルとの対話を担い、MCP サーバーはツール・リソース・プロンプトテンプレートを提供します。標準メッセージでやり取りするため、1 つのサーバーを複数のクライアントで再利用できます。