Pdbe

mcp-pdbe

PDBe（Protein Data Bank in Europe、EBI）MCP。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを1683以上の稼働中のデータソースにつなぐMCPゲートウェイです。

ツール

ツール	説明
get_summary	PDBe（Protein Data Bank in Europe、EBI）：PDBエントリーの概要（タイトル、実験方法、公開日、由来生物、エンティティ数（ポリペプチド／リガンド／水など））を取得します。キーは不要です。「1cbs」のような4文字のPDB IDを渡してください。RCSB PDBに対応するEBIのサービスです。
get_molecules	PDBe（EBI）：PDB構造内の分子／エンティティ（タンパク質、核酸、リガンド）を一覧表示します。それぞれのentity_id、molecule_type、name、chain lengthを返します。キーは不要です。「1cbs」のような4文字のPDB IDを渡してください。
uniprot_mappings	PDBe（EBI）：PDB構造とUniProtのデータベース間マッピング（SIFTS）を返します。各UniProtアクセッションについて、対応するチェーンと残基範囲を示します。EBI独自のキュレーション済みデータベース間マッピングです。キーは不要です。「1cbs」のような4文字のPDB IDを渡してください。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "pdbe": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/pdbe/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/pdbe/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、Pipeworx 共通のメタツール（ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で使える一連のツール）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、パック固有のツールとともに共通ツールがおよそ30個表示されます。接続の initialize 応答に正確な範囲が記載されており、その日の状況を確認するための確実な情報源です。

これは意図的な設計であり、偶然に多重化されているわけではありません。メタツールを使うと、このパックの対象外の質問にも、カタログ全体を横断する ask_pipeworx を通じて答えられます。MCP サーバーをもう1つ追加する必要はありません。現時点では、メタツールなしでパックのエンドポイントを接続する方法はありません。追加のスキーマがもたらすコンテキストコストに対してルーティングの利点が見合わない場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、フル Pipeworx ゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールが直接表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も同じゲートウェイと1683以上の同じデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接表示されるかだけです。どちらからでも、ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/pdbe_get_summary \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"pdb_id":"1cbs"}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。ツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/pdbe_get_summary を使います。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を使います。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージはローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントもゲートウェイへの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "pdbe": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-pdbe"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動することを確認できます。

npx -y @pipeworx/mcp-pdbe

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、initialize／tools/list／tools/call に対して、このパックのツールのみを返します。上記のゲートウェイ接続で追加される共通メタツールはありません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx を使う

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。これは上記のパックエンドポイントでも、フルゲートウェイでも使えます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Pdbe data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT