Pombase

mcp-pombase

PomBase MCP — 分裂酵母（Schizosaccharomyces pombe）のモデル生物データベースです。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを1683以上のライブデータソースに接続するMCPゲートウェイです。

ツール

ツール	説明
get_gene	PomBase（分裂酵母／S. pombe のモデル生物データベース）：PomBaseの体系的IDで遺伝子を検索し、その産物、タンパク質ドメイン（InterPro）、欠失時の生存性、UniProt ID、キュレーション状況を返します。キーは不要です。注：このAPIで解決できるのは「SPAC1002.01」や「SPBC2F12.13」のような体系的IDのみです。「cdc2」のような標準的な遺伝子名は解決されません。出芽酵母のSGDを補完します。
get_reference	PomBase：PubMed ID（例：「PMID:11739790」）でキュレーション済みのS. pombe の文献を検索し、タイトル、引用情報、著者、出版年、要旨、および注釈対象の遺伝子数を返します。キーは不要です。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "pombase": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/pombase/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/pombase/mcp の tools/list は、上記の表にあるツールに加えて、共有 Pipeworx メタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall、その他ゲートウェイ全体で利用できる一連のツール）を返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、パック独自のツールとともに約30個の共有ツールが一覧表示されます。接続の initialize レスポンスには正確な範囲が記載されており、その日の情報として最も信頼できます。

これは意図的なものであり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、このパックで扱わない質問にも対応できます。ask_pipeworx がカタログ全体にルーティングするため、MCP サーバーをもう1つ追加する必要はありません。現在、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費がルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度接続してください。

また、フル Pipeworx ゲートウェイに接続すると、このパックのツールだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらのURLも同じゲートウェイと同じ1683以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも ask_pipeworx を使えば、すべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/pombase_get_gene \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"id":"SPAC1002.01"}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。任意のツールの詳細を確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/pombase_get_gene を実行します。ツールを検索するには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージはローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイへのラウンドトリップも不要です。

{
  "mcpServers": {
    "pombase": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-pombase"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認します。

npx -y @pipeworx/mcp-pombase

stdin/stdout経由でMCPを使用し、このパックのツールのみを対象に initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールはありません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworxによるルーティングはありません。

ask_pipeworx の使用

ツールを直接呼び出す代わりに、平易な英語で質問できます。これは上記のパックエンドポイントでも、フルゲートウェイでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Pombase data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に入力します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT