Pride

mcp-pride

EBI PRIDE Archive MCP — プロテオミクス（質量分析）データリポジトリです。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを1683以上の稼働中データソースに接続するMCPゲートウェイです。

ツール

ツール	説明
search_projects	キーワード（疾患、生物種、手法、タンパク質、装置）で、最大規模の公開プロテオミクス／質量分析データセットリポジトリであるEBI PRIDE Archiveを検索します。一致したプロジェクトのアクセッション番号、タイトル、生物種、疾患、装置を返します。キー不要です。
get_project	アクセッション番号（例：「PXD000001」）で、PRIDE Archiveのプロテオミクスプロジェクト1件の全メタデータを取得します。タイトル、説明、サンプル処理およびデータ処理のプロトコル、生物種、生物種の部位、疾患、装置、キーワード、DOIが含まれます。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurfなど）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "pride": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/pride/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/pride/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共通のPipeworxメタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recallなど、ゲートウェイ全体で使えるツール群）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、パック独自のツールとともに、共通ツールがおよそ30個表示されます。接続の initialize 応答に正確な範囲が記載されており、指定日の時点での確定情報はこちらで確認できます。

これは意図的な設計であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、このパックで扱えない質問にも、カタログ全体を横断してルーティングする ask_pipeworx を通じて回答できるため、MCP サーバーをもう1つ追加する必要がありません。現時点では、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費がルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントに接続するのではなく、フルゲートウェイに一度接続してください。

また、フルPipeworxゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらのURLも、同じゲートウェイと同じ1683以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも、ask_pipeworx を通じてすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/pride_search_projects \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"keyword":"breast cancer"}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/pride_search_projects を使います。ツールを探すには、POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs に {"query":"..."} を指定します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルのstdio MCP サーバーとしても動作します。Pipeworxアカウントも、ゲートウェイとの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "pride": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-pride"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認できます。

npx -y @pipeworx/mcp-pride

stdin/stdout経由でMCPを使用し、このパック独自のツールのみを対象に initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共通メタツールは含まれません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworxによるルーティングはありません。

ask_pipeworx の使用

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。この機能は、上記のパックエンドポイントでもフルゲートウェイでも使えます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Pride data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT