Protein Atlas

mcp-protein-atlas

Human Protein Atlas（HPA）MCP — キー不要です。

Pipeworxの一部です。AI エージェントを1683以上の稼働中のデータソースに接続するMCPゲートウェイです。

ツール

ツール	説明
search_genes	Human Protein Atlasで、遺伝子記号またはキーワードを使ってヒトの遺伝子／タンパク質を検索します。各遺伝子について、Ensembl遺伝子ID（get_proteinおよびtop_tissuesに必要）、別名、説明を返します。キー不要です。
get_protein	Ensembl遺伝子ID（例：「ENSG00000146648」）を指定して、タンパク質1つのHuman Protein Atlasプロフィールを要約して取得します。遺伝子、説明、タンパク質クラス、生物学的プロセス、分子機能、RNAの組織特異性／分布、細胞内局在、疾患との関連が含まれます。Ensembl IDを見つけるにはsearch_genesを使用してください。キー不要です。
top_tissues	Ensembl遺伝子IDを1つ指定して、RNA発現量（nTPM）が高い順に、タンパク質の発現量が最も高いヒト組織を一覧表示します。Ensembl IDを見つけるにはsearch_genesを使用してください。キー不要です。

クイックスタート

MCPクライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurfなど）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "protein-atlas": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/protein-atlas/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/protein-atlas/mcpのtools/listは、上記の表に記載されたツールに加えて、共有Pipeworxメタツールであるask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recallなど、ゲートウェイ全体で使用できるツール一式を返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック固有のツールに加えて、およそ30個の共有ツールが一覧表示されます。接続のinitialize応答には正確な範囲が記載されており、その日の範囲を確認する際の正式な情報源です。

これは意図した動作であり、偶発的な多重化ではありません。メタツールを使うと、このパックが扱わない質問にも、カタログ全体を対象にルーティングするask_pipeworx経由で回答できます。MCPサーバーをもう1つ追加する必要はありません。現時点では、これらのメタツールを含めずにパックのエンドポイントを接続する方法はありません。追加のスキーマがもたらすコンテキストコストに対してルーティングの利点が見合わない場合は、複数のパックエンドポイントに接続するのではなく、フルゲートウェイに一度接続してください。

このパックのツールだけでなく、すべてのパックのツールを直接一覧表示するには、Pipeworxフルゲートウェイに接続します。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらのURLも同じゲートウェイと同じ1683以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。ask_pipeworxを使えば、どちらからでもすべてのツールを利用できます。

MCPクライアントを使わずにHTTPで呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/protein_atlas_search_genes \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"EGFR"}'

最初の呼び出しにはアカウントは不要です。ツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/protein_atlas_search_genesを実行します。ツールを探すには、{"query":"..."}を指定してPOST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packsを実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルのstdio MCPサーバーとしても動作します。Pipeworxアカウントは不要で、ゲートウェイを経由する必要もありません。

{
  "mcpServers": {
    "protein-atlas": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-protein-atlas"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認します。

npx -y @pipeworx/mcp-protein-atlas

stdin/stdout経由でMCPを使用し、このパックのツールのみについてinitialize／tools/list／tools/callに応答します。上記のゲートウェイ接続が追加する共有メタツールは含まれません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworxによるルーティングはありません。

ask_pipeworxを使う

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。この方法は、上記のパックエンドポイントでもフルゲートウェイでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Protein Atlas data" })

ゲートウェイが適切なツールを選択し、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT