Pubchem

@pipeworx/pubchem

PubChem MCP — 認証不要のNIH化合物データベースです。

Pipeworx の一部です — AI エージェントを1683以上のライブデータソースに接続するMCPゲートウェイです。

ツール

• search_by_name(name, max_results?) — 名前 → CID。
• get_compound(cid) — 化学式、分子量、SMILES、InChI、プロパティ。
• get_synonyms(cid, max_results?) — 既知の名称すべて。
• get_classification(cid) — 薬理学的分類ツリー。

データソース

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug（PUG-REST + PUG-VIEW）。キーは不要です。RPSは適切な範囲にしてください（推奨は5/秒です）。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurfなど）に追加します：

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/pubchem/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/pubchem/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共有Pipeworxメタツールである ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で利用できるツール一式を返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、パック独自のツールに加えて、およそ30個の共有ツールが表示されます。接続の initialize レスポンスに正確な範囲が記載されており、その日の状況を確認する際の正式な情報源となります。

これは意図的なものであり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、このパックが対応していない質問にも、カタログ全体にわたってルーティングする ask_pipeworx を通じて回答できます。そのため、MCP サーバーをもう1つ追加する必要はありません。現時点では、メタツールなしでパックのエンドポイントに接続する方法はありません。追加のスキーマがもたらすコンテキストコストに対してルーティングの利点が見合わない場合は、複数のパックエンドポイントに接続する代わりに、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、Pipeworxフルゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらのURLも、同じゲートウェイと同じ1683以上のデータソースに接続します。唯一の違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかです。どちらからでも、ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/pubchem_search_by_name \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"name":"ibuprofen"}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/pubchem_search_by_name を使用します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を使用します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルのstdio MCPサーバーとしても実行できます。Pipeworxアカウントも、ゲートウェイとの往復通信も不要です：

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-pubchem"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認します：

npx -y @pipeworx/mcp-pubchem

stdin/stdout経由でMCPを使用し、このパックのツールのみを対象に initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールはありません。データソースとツールは同じですが、ask_pipeworxによるルーティングはありません。

ask_pipeworxを使用する

ツールを直接呼び出す代わりに、平易な英語で質問できます。この方法は、上記のパックエンドポイントとフルゲートウェイの両方で利用できます：

ask_pipeworx({ question: "your question about Pubchem data" })

ゲートウェイが適切なツールを選択し、引数を自動的に設定します。

その他

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT