Rcsb Pdb

@pipeworx/rcsb-pdb

RCSB Protein Data Bank MCP — 実験で決定された約 225 k 件の高分子の 3D 構造メタデータ。キー不要です。

Pipeworx の一部です — AI エージェントを 1683 以上のライブデータソースに接続する MCP ゲートウェイです。

ツール

• search(query, return_type?, limit?) — PDB 全体のテキスト検索
• structure(pdb_id) — エントリの完全なレコード（実験、リガンド、ポリマーエンティティ）
• polymer_entity(pdb_id, entity_id) — 単一のポリマーエンティティ（鎖）のメタデータ
• ligand(pdb_id, ligand_id) — リガンドレコード
• assembly(pdb_id, assembly_id?) — 生物学的アセンブリ
• summary(pdb_id) — 簡潔な概要表示

データソース

• 検索：https://search.rcsb.org/rcsbsearch/v2/query
• データ：https://data.rcsb.org/rest/v1/core/

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します：

{
  "mcpServers": {
    "rcsb-pdb": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/rcsb-pdb/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/rcsb-pdb/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共有 Pipeworx メタツールの ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で利用できるツール一式を返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。単一パックのエンドポイントには現在、このパック独自のツールに加え、共有ツールがおよそ 30 個表示されます。接続時の initialize レスポンスに正確な範囲が記載されており、その時点での正式な情報となります。

これは意図的な設計であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使えば、このパックで扱えない質問にも、カタログ全体を検索する ask_pipeworx 経由で回答できます。MCP サーバーをもう 1 つ追加する必要はありません。現在、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費がルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度接続してください。

または、Pipeworx のフルゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと同じ 1683 以上のデータソースに接続します。唯一の違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかです。どちらからでも、ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP 経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/rcsb_pdb_search \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"CRISPR Cas9"}'

最初の呼び出しにアカウントは必要ありません。ツールを確認するには GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/rcsb_pdb_search を使用します。ツールを見つけるには {"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を使用します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイとの往復通信も不要です：

{
  "mcpServers": {
    "rcsb-pdb": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-rcsb-pdb"]
    }
  }
}

または、起動を確認するために直接実行します：

npx -y @pipeworx/mcp-rcsb-pdb

stdin/stdout 経由で MCP を通信し、initialize／tools/list／tools/call に対して、このパックのツールのみを返します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。同じソース、同じツールですが、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx の使用

ツールを直接呼び出す代わりに、平易な英語で質問できます。これは上記のパックエンドポイントでも、フルゲートウェイでも利用できます：

ask_pipeworx({ question: "your question about Rcsb Pdb data" })

ゲートウェイが適切なツールを選択し、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT