Reactome

@pipeworx/reactome

Reactome MCP — オープンな査読済み生物学的経路データベースです。キーは不要です。

Pipeworx の一部です — AI エージェントを1683以上のライブデータソースに接続するMCPゲートウェイです。

ツール

• search(query, types?) — 複数データベースを横断した検索（経路、反応、タンパク質など）
• pathway(id) — 経路の完全なレコード
• participants(id) — 経路のエンティティ参加者
• pathways_for_entity(entity_id) — 指定したエンティティを含む経路
• orthologous_events(id, species) — 別の種におけるオーソロガスな経路／反応

データソース

https://reactome.org/ContentService/

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "reactome": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/reactome/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/reactome/mcp の tools/list は、上の表に記載されたツールに加えて、共有 Pipeworx メタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で利用できるツール一式）を返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。単一パックのエンドポイントには現在、そのパック独自のツールに加えて、共有ツールがおよそ30個表示されます。接続の initialize レスポンスに正確な範囲が示されており、その日の状況を確認するための正式な情報源です。

これは意図的な仕様であり、誤って多重化されているわけではありません。メタツールを使うと、このパックでは対応できない質問にも対応できます。ask_pipeworx がカタログ全体を横断してルーティングするため、2つ目のMCPサーバーを追加する必要はありません。現在、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによるコンテキストコストがルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、フル Pipeworx ゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールが一覧に直接表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらのURLも、同じゲートウェイと1683以上の同じデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧に表示されるかだけです。どちらからでも、ask_pipeworx を通じてすべてのツールを利用できます。

MCP クライアントを使わない場合：HTTP経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/reactome_search \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"apoptosis"}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。ツールを確認するには GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/reactome_search を実行します。ツールを探すには {"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージはローカルのstdio MCPサーバーとしても実行できます。Pipeworxアカウントもゲートウェイへの往復も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "reactome": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-reactome"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認できます。

npx -y @pipeworx/mcp-reactome

stdin/stdout経由でMCPを使用し、initialize／tools/list／tools/call に対して、このパックのツールのみを返します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。データソースとツールは同じですが、ask_pipeworxによるルーティングはありません。

ask_pipeworx を使用する

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。これは上記のパックエンドポイントでも、フルゲートウェイでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Reactome data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に入力します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT