Research Chain

@pipeworx/research-chain

1 回の呼び出しで、1 本の学術論文について公開されているすべての情報を取得します。本文、ライセンス、データセット、コード、引用情報が含まれます。DOI、PMID、または arXiv ID を指定すると、research_chain は Crossref、OpenAlex、Unpaywall、DataCite、Zenodo、Hugging Face Papers、PubMed Central、Semantic Scholar がそれぞれ個別に公開している情報を結び付けて取得します。そのため、「この論文に関連付けられたデータセットやコードは何か？」や「この DOI のオープンアクセス版とそのライセンスを探して」といった質問に答えるために、呼び出し側が 6～7 個すべてのツールを把握する必要はありません。

Pipeworx の一部です — AI エージェントを 1683 以上の稼働中データソースに接続する MCP ゲートウェイです。

ツール

• research_chain({doi | pmid | arxiv_id, max_datasets?, max_citing?}) — 以下を返します。
  • paper — タイトル、学術誌、出版社、著者、Crossref が示すライセンス（URL と、それぞれが適用される原稿のバージョン）、OpenAlex の概念、引用数。
  • open_copies[] — Unpaywall が把握しているオープンアクセスの場所すべて。それぞれに固有の host_type、version（publishedVersion | acceptedVersion | submittedVersion）、license が含まれます — 決してまとめられません。is_oa: true が意味するのは「どこかに無料で閲覧できるコピーが存在する」ことだけであり、再利用権については何も示しません。そのため、Unpaywall がライセンスを示していない場合、推測せず license は null になります。PubMed Central のコピー（存在する場合）は、NCBI の ID Converter でコピーの存在は確認できますが利用条件が示されないため、license と version を明示的に null とした個別のエントリーとして追加されます。
  • pmc_full_text — NCBI の ID Converter が返す {has_full_text, pmcid, pmid, url}。
  • datasets — DataCite の relatedIdentifiers 検索（論文の DOI を引用するデータセット／ソフトウェア）が返す {total, returned, results[]}。results が max_datasets 件に切り詰められた場合でも、total は実際の上流件数です。
  • code — {zenodo[], paperswithcode}。Zenodo は metadata.related_identifiers.identifier で検索されます。paperswithcode（Hugging Face Papers。事実上の後継サービス）は、上流の検索結果が空の場合、{found: false, results: []} を返します — 空の結果は not_found であり、決して回答として扱われません（以前は、この上流からの単なる [] が、実際に「コードは存在しない」という回答であるかのように処理されていました）。
  • citing — Semantic Scholar からの {count, top[], note}。count はその論文の総引用数、top は引用数順に並べた、引用論文のうち最大 max_citing 件です。2 回の Semantic Scholar 呼び出しの一方が失敗し、もう一方が成功した場合、note にはレート制限などの部分的な失敗を正確に示すメッセージが含まれます — 決して黙って省略されません。
  • retraction — paper 用にすでに取得したものと同じ Crossref レコード（タイトルのマーカー、update-to による撤回通知、is-retracted-by 関係）から導出されます — API 呼び出しは追加されません。retracted: false は「記録上、撤回されていない」ことを意味するだけで、論文に問題がない証拠ではありません（収録状況は出版社によって異なります）。
  • sources_used / sources_failed — 各取得先には個別に並列アクセスします。応答が遅い、または停止している上流は理由とともに sources_failed に記録され、他の取得先からの結果はすべて返されます。
  • as_of — 呼び出し時点の ISO タイムスタンプ。

認証

API キーは不要です。ここに含まれるすべての上流サービスは、認証不要の公開 API です。Crossref、 OpenAlex、NCBI ID Converter では、礼儀ある利用者向けプールに登録する連絡先メールアドレスのみが求められます。このパックでは独自のアドレス（[email protected]）を指定します — crossref、openalex、unpaywall パックと同じ方式です。

データソース

• https://api.crossref.org/works/{doi} — タイトル、ジャーナル、ライセンス、撤回マーカー。
• https://api.openalex.org/works/doi:{doi} — 概念、被引用数。
• https://api.unpaywall.org/v2/{doi} — オープンアクセスの提供場所。各項目にバージョンとライセンスが含まれます。
• https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/tools/idconv/api/v1/articles/ — DOI/PMID ↔ PMCID の解決。NCBI は 2026 年にこの API を www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/idconv から移転しました。旧ホストはここに 301 リダイレクトされます。このパックは新しいホストに直接アクセスします。
• https://api.datacite.org/dois — 論文を引用しているデータセット／ソフトウェア（relatedIdentifiers.relatedIdentifier 検索）。
• https://zenodo.org/api/records — 論文に関連するレコード。検索フィールドは related_identifiers.identifier ではなく metadata.related_identifiers.identifier です。related_identifiers.identifier ではすべてのクエリで一致するレコードがひそかに 0 件になります（実際に検証済み。同じ DOI で 0 件と 19 件の差）。
• https://huggingface.co/api/papers/search — コード／実装の検索（停止した Papers with Code API の後継）。
• https://api.semanticscholar.org/graph/v1/paper/DOI:{doi} と /citations — 被引用数と引用論文。キー不要のリクエスト枠は、両エンドポイントを合わせて約 1 リクエスト／秒です。このパックでは、修正前はほぼ毎回どちらかが 429 エラーになっていたため、同じ処理内で両方を同時に呼び出すのではなく、約 1.1 秒ずらして順番に呼び出します。

OSF は 3 つ目のコード／資料ソースとして検討しましたが、採用しませんでした。公開 API には DOI でフィルタリングできるフィールドがありません（/v2/preprints/?filter[doi]=... は HTTP 400「not a filterable field」を返すことを実際に検証済みです）。現時点では、コード／資料の関連付けに Zenodo と Hugging Face Papers を使用します。

識別子の解決

• doi — そのまま使用します（doi.org URL または doi: プレフィックスは除去されます）。
• pmid — NCBI の ID Converter で DOI に解決します。
• arxiv_id — arXiv が自動登録した DataCite DOI（10.48550/arXiv.<id>）に解決します。これは 2022 年以降のほぼすべての arXiv 投稿をカバーしています。これは検索で確認するのではなく、構成によって生成するものです。登録済み DOI のない 2022 年より前の arXiv ID は、解決されず、後続の処理で not_found と報告されます。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "research-chain": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/research-chain/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供する内容

https://gateway.pipeworx.io/research-chain/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共有 Pipeworx メタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で利用できるツール）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、パック固有のツールに加えて共有ツールが約 30 個表示されます。接続の initialize 応答には正確な範囲が記載されており、その日の状況を確認する際の確かな情報源となります。

これは意図的な設計であり、偶然の多重化ではありません。スコープが限定された接続からでも、このパックが対象としていない質問に対して ask_pipeworx でカタログ全体に問い合わせられるのは、メタツールがあるためです。MCP サーバーを 2 つ目に追加する必要はありません。現時点では、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによるコンテキストコストがルーティングのメリットを上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、Pipeworx のフルゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL でも、同じゲートウェイと 1683 以上のデータソースにアクセスできます。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも ask_pipeworx を使えば、すべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合は、HTTP 経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/research_chain \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"doi":"10.1038/s41586-020-2649-2"}'

最初の呼び出しにはアカウントは必要ありません。ツールの詳細を確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/research_chain を呼び出します。ツールを検索するには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を呼び出します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージはローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイとの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "research-chain": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-research-chain"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認できます。

npx -y @pipeworx/mcp-research-chain

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、initialize／tools/list／tools/call に応答します。対象はこのパックのツールのみで、上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx を使用する

ツールを直接呼び出す代わりに、平易な英語で質問できます。これは上記のパックエンドポイントだけでなく、フルゲートウェイでも機能します。

ask_pipeworx({ question: "your question about Research Chain data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に入力します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT