Sgd

mcp-sgd

SGD（Saccharomyces Genome Database）MCP。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを1683以上のライブデータソースに接続するMCPゲートウェイです。

ツール

ツール	説明
get_gene	SGD（Saccharomyces Genome Database。出芽酵母の遺伝学に関する信頼できるリソース）で、単一の酵母（S. cerevisiae）の遺伝子／遺伝子座を検索します。体系名（例：YAL001C）、標準遺伝子名（例：TFC3）、またはSGDID（例：S000000001）を指定できます。標準名、体系名、SGDID、説明、遺伝子座の種類、別名を返します。キーは不要です。
search_genes	SGD（Saccharomyces Genome Database。出芽酵母／S. cerevisiaeの遺伝学に関する信頼できるリソース）で、フリーテキストのクエリを使って遺伝子、遺伝子座、対立遺伝子、その他のエンティティを検索します。一致した結果の名前、カテゴリ、hrefを返します。キーは不要です。
get_gene_go	SGD（Saccharomyces Genome Database）から、酵母（S. cerevisiae）の遺伝子／遺伝子座のGene Ontology（GO）アノテーションを取得します。体系名（例：YAL001C）、標準遺伝子名（例：TFC3）、またはSGDID（例：S000000001）を指定できます。GO ID、アスペクト（分子機能／生物学的プロセス／細胞構成要素）、根拠となる証拠を含むGO用語を返します。キーは不要です。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "sgd": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/sgd/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/sgd/mcp の tools/list は、上の表のツールに加えて、共通のPipeworxメタツールである ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で利用できるツール一式を返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック固有のツールとともに、およそ30個の共通ツールが一覧表示されます。接続時の initialize 応答には正確な範囲が記載されており、その日の状況を確認する際の正式な情報源となります。

これは意図的な仕様であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、このパックが対応していない質問にも、カタログ全体を横断して処理する ask_pipeworx を通じて回答できます。そのため、MCP サーバーを追加する必要はありません。現在、これらを含めずにパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費がルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、フルPipeworxゲートウェイに接続すると、このパックのツールだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらのURLも、同じゲートウェイと同じ1683以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも、ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTPで呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/sgd_get_gene \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"id":"YAL001C"}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/sgd_get_gene を使用します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を使用します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルのstdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworxアカウントも、ゲートウェイとの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "sgd": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-sgd"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認します。

npx -y @pipeworx/mcp-sgd

stdin/stdout経由でMCP通信を行い、このパックのツールのみを対象に initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共通メタツールは含まれません。ソースもツールも同じですが、ask_pipeworxによるルーティングはありません。

ask_pipeworxを使う

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。この方法は、上記のパックエンドポイントでもフルゲートウェイでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Sgd data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動で入力します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT