String Db

@pipeworx/string-db

STRING MCP — 約 12,000 の生物種にわたるタンパク質間相互作用ネットワーク。キー不要の REST。

Pipeworx の一部です — AI エージェントを 1683 以上のライブデータソースに接続する MCP ゲートウェイです。

ツール

• resolve(identifiers, species?, limit?) — 自由形式の遺伝子名を STRING 識別子にマッピングします
• interactions(identifiers, species?, required_score?, limit?, network_type?) — 相互作用するパートナー
• network(identifiers, species?, required_score?, network_type?) — ネットワーク画像 URL と表形式データ
• enrichment(identifiers, species?) — 遺伝子セットの機能エンリッチメント
• homology(identifiers, species?) — 他の生物種への相同性マッピング

species は NCBI taxonomy ID です（デフォルトはヒトの 9606）。

データソース

https://string-db.org/api/json/

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します：

{
  "mcpServers": {
    "string-db": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/string-db/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供する内容

https://gateway.pipeworx.io/string-db/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、Pipeworx 共通のメタツールである ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で使えるツール群も返します。そのため、表示されるツール数はこの表の数より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、パック独自のツールとともに、およそ 30 個の共通ツールが一覧表示されます。接続の initialize レスポンスに正確な範囲が記載されており、その日の状況を確認する際の正式な情報源となります。

これは意図的なものであり、誤って多重化されているわけではありません。メタツールを使うことで、このパックが対応していない質問にも、カタログ全体を対象にルーティングする ask_pipeworx を通じて回答できます。そのために MCP サーバーを追加する必要はありません。現時点では、これらのメタツールを含めずにパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマがもたらすコンテキストコストに対してルーティングの利点が見合わない場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度接続してください。

または、Pipeworx フルゲートウェイに接続すると、このパックのツールだけでなく、各パックのすべてのツールが直接一覧表示されます：

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと同じ 1683 以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。ask_pipeworx を使えば、どちらからでもすべてのツールを利用できます。

MCP クライアントがない場合：HTTP 経由で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/string_db_resolve \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"identifiers":["TP53","BRCA1","MYC"]}'

最初の呼び出しにアカウントは必要ありません。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/string_db_resolve を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイへの往復通信も不要です：

{
  "mcpServers": {
    "string-db": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-string-db"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認します：

npx -y @pipeworx/mcp-string-db

stdin/stdout 経由で MCP を通信し、このパックのツールのみを対象に initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共通メタツールは含まれません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx の使用

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。これは上記のパックエンドポイントでも、フルゲートウェイでも使えます：

ask_pipeworx({ question: "your question about String Db data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT