Ucsc Genome

@pipeworx/ucsc-genome

UCSC Genome Browser の参照ゲノムアセンブリ情報です。ある種にどのアセンブリが存在するか、各ビルドにどのアノテーショントラックがあるか、ゲノム区間上のトラックの実際の行データ、参照 DNA を確認できます。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを 1684 以上の稼働中のデータソースにつなぐ MCP ゲートウェイです。

ツール

• ucsc_genomes(search?, limit?) — UCSC のすべてのアセンブリ（約 238 件）。アセンブリ ID（hg38、mm39、danRer11）、生物名、学名、元のアセンブリ、リリースの説明が含まれます。他のすべての呼び出しでキーとして使う ID はここで取得します。
• ucsc_tracks(genome, search?, limit?) — 1 つのアセンブリ上のアノテーショントラックと、ucsc_track_data が必要とする INTERNAL トラック名を返します。ブラウザー UI に表示されるのは名前ではなくラベルです。「GENCODE V50」はトラック名 knownGene であり、両者を対応付ける規則はありません。
• ucsc_track_data(genome, track, chrom, start, end, maxItemsOutput?) — 区間上のトラックの行データです。エクソン構造を含む遺伝子モデル、ClinVar 変異、リピートなど、そのトラックが保持するデータを取得できます。
• ucsc_sequence(genome, chrom, start, end, revComp?) — 区間の参照 DNA と、GC 含量および N の数を返します。

認証

キーは不要です。登録も不要で、レート制限ヘッダーも確認されていません。UCSC は、公開エンドポイントに過度な負荷をかけるのではなく、頻繁に利用するユーザーにはミラーリングまたはローカルインストールを推奨しています。そのため、区間幅は適切な範囲に抑えてください。

データソース

• https://api.genome.ucsc.edu/list/ucscGenomes — アセンブリカタログ。
• https://api.genome.ucsc.edu/list/tracks?genome=hg38 — 1 つのアセンブリのトラックカタログ。
• https://api.genome.ucsc.edu/getData/track — 区間上のトラックの行データ。
• https://api.genome.ucsc.edu/getData/sequence — 参照 DNA。
• ドキュメント：https://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/api.html

注意点

すべての座標ツールで genome は必須で、デフォルト値はありません。 hg19（GRCh37）と hg38（GRCh38）は同じゲノムの異なる座標系ですが、どちらでもすべての位置が有効です。そのため、誤ったビルドを指定してもエラーにはならず、別の遺伝子座のアノテーションが正しいように返されます。BRCA1 は hg19 では chr17:41,196,311-41,277,500、hg38 では chr17:43,044,295-43,170,245 にあります。2018 年頃より古いもの（公表済みの表、臨床スプレッドシート、ほとんどの dbSNP ダンプ）は hg19 です。

座標は 0 始まり、終端を含まない形式です。Genome Browser UI は 1 始まり、終端を含む形式です。 ブラウザーのロケーションボックスからコピーした位置は、開始位置が 1 つ大きくなります。

染色体名には chr プレフィックスが必要です。 UCSC では chr17 を使います。Ensembl／NCBI 形式の 17 は拒否されます。

トラック検索では、意図的に一致箇所に応じた順位付けを行います。 hg38 には約 24,000 件のトラック（そのほとんどは ENCODE のサブトラック）があり、longLabels は文章形式です。そのため、「gencode」の単純な部分一致検索では 13,427 件が一致し、そのうち約 13,000 件は誤検出でした。wgEncodeBroadHistone… を小文字にすると、文字列に「gencode」がそのまま含まれるためです。順位付けでは、内部名の一致を shortLabel の一致より上位にし、shortLabel の一致を文章内の一致より上位にします。また、キャメルケースの切り替わりを単語境界として扱うため、nmdEscGencode と wgEncode… を区別できます。これがないと、答えの knownGene は 2,700 ページ目にありました。

複合トラックは、親オブジェクト内の 1 階層下にサブトラックを持ちます。 ucsc_tracks はこれらをフラット化します。そうしないと、hg38 で「clinvar」を検索しても ClinVar コンテナー内のサブトラックがすべて見つからず、「UCSC には ClinVar がない」という結果になります。

getData/track は、通常、行配列をトラック名をキーとして返します。 一部の複合トラックではサブトラック名がキーになるため、このパックは、実際には名前の不一致である結果を空として報告するのではなく、「レスポンス内の最初の配列」にフォールバックします。

無効なアセンブリやトラックを指定すると、JSON 本文に有用な error 文字列を含む HTTP 400 が返されます。 このパックはその文字列をそのまま表示します。「hg19 はゲノム hg38 の有効なトラックではありません」というメッセージが、診断内容のすべてだからです。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "ucsc-genome": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/ucsc-genome/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/ucsc-genome/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、Pipeworx 共通のメタツール — ask_pipeworx、 discover_tools、search_within、remember／recall、その他ゲートウェイ全体で使えるツール一式 — を返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック固有のツールに加えて、共通ツールが約 30 個表示されます。接続の initialize レスポンスに正確な範囲が記載されており、その日の状況を確認する際の正式な情報源となります。

これは意図的なもので、偶然に多重化されているわけではありません。メタツールを使うと、このパックが対応していない質問にも、カタログ全体を対象にルーティングする ask_pipeworx 経由で回答できます。そのため、2 つ目の MCP サーバーを追加する必要はありません。現時点では、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費がルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、Pipeworx のフルゲートウェイに接続して、このパックのツールだけでなく、すべてのパックのツールを直接一覧表示できます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと同じ 1684 以上のデータソースに接続します。異なるのは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも、ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントがない場合：HTTP で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/ucsc_genomes \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"search":"human"}'

最初の呼び出しにアカウントは必要ありません。任意のツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/ucsc_genomes を実行します。ツールを検索するには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントも、ゲートウェイへの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "ucsc-genome": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-ucsc-genome"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認できます。

npx -y @pipeworx/mcp-ucsc-genome

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、このパックのツールのみを対象に initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共通メタツールは含まれません。同じソース、同じツールを使用しますが、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx を使う

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。これは上記のパックエンドポイントでも、フルゲートウェイでも使用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Ucsc Genome data" })

ゲートウェイが適切なツールを選び、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT