Uniprot

@pipeworx/uniprot

UniProt MCP — EBI による、タンパク質配列と機能に関する標準的なナレッジベースです。キーは不要です。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを 1684 以上のライブデータソースに接続する MCP ゲートウェイです。

ツール

• search(query, format?, size?) — UniProtKB を検索します（Lucene 形式のクエリ）
• get(accession, format?) — アクセッション番号で単一のエントリーを取得します（例：P12345）
• proteomes_search(query, size?) — プロテオームを検索します
• taxonomy_search(query, size?) — UniProt が公開する NCBI 分類を検索します
• keyword(keyword_id) — UniProt のキーワード情報を取得します
• feature_summary(accession) — フィーチャー注釈（ドメイン、変異誘発など）の概要を取得します

データソース

https://rest.uniprot.org/ — 公開されており、API キーは不要です。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurf など）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/uniprot/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供するもの

https://gateway.pipeworx.io/uniprot/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、共有 Pipeworx メタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recall など、ゲートウェイ全体で使える一連のツール）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、単一パックのエンドポイントには、そのパック独自のツールに加え、共有ツールがおよそ 30 個表示されます。接続の initialize レスポンスには正確な範囲が記載されており、その日の状況を確認するための正式な情報源です。

これは意図的な設計であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、このパックでは扱えない質問にも、カタログ全体を対象にルーティングする ask_pipeworx を通じて回答できます。そのため、2 つ目の MCP サーバーを追加する必要はありません。現時点では、メタツールなしでパックのエンドポイントをマウントする方法はありません。追加のスキーマによるコンテキスト消費がルーティングの利点を上回る場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

または、Pipeworx のフルゲートウェイに接続すると、このパックのツールだけでなく、すべてのパックのツールが直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらの URL も、同じゲートウェイと 1684 以上の同じデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからも、ask_pipeworx を通じてすべてのツールを利用できます。

MCP クライアントを使わない場合：HTTP で呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/uniprot_search \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"gene:BRCA1 AND organism_id:9606"}'

最初の呼び出しではアカウントは不要です。ツールを確認するには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/uniprot_search を実行します。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行します。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルの stdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworx アカウントは不要で、ゲートウェイとの通信も発生しません。

{
  "mcpServers": {
    "uniprot": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-uniprot"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認できます。

npx -y @pipeworx/mcp-uniprot

stdin/stdout 経由で MCP を使用し、このパックのツールのみを対象に initialize／tools/list／tools/call に応答します。上記のゲートウェイ接続で追加される共有メタツールは含まれません。同じソース、同じツールを使いますが、ask_pipeworx によるルーティングはありません。

ask_pipeworx の使用

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。これは、上記のパックエンドポイントでもフルゲートウェイでも利用できます。

ask_pipeworx({ question: "your question about Uniprot data" })

ゲートウェイが適切なツールを選択し、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT