Wikipathways

mcp-wikipathways

WikiPathways MCP — オープンなコミュニティ経路データベースです。

Pipeworx の一部です。AI エージェントを1684以上のライブデータソースに接続するMCPゲートウェイです。

ツール

ツール	説明
search_pathways	WikiPathways（オープンなコミュニティ経路データベース）を検索し、生物学的経路を名前で探します。経路は、解糖、アポトーシス、シグナル伝達などのプロセスに関わる遺伝子／タンパク質／代謝物を示します。任意で、ラテン名または一般名を指定して生物種を絞り込めます。キーは不要です。KEGG／Reactomeを補完します。
list_pathways	1つの生物種について、WikiPathwaysのすべての経路を一覧表示します。ラテン名または一般名を指定してください（例：「Homo sapiens」、「human」、「mouse」）。各経路のID、名前、リンク、最終改訂日を返します。キーは不要です。
get_pathway	WikiPathwaysのID（例：「WP554」）を指定して、1つのWikiPathways経路のメタデータとビューアーリンクを取得します。名前、生物種、改訂日、人が閲覧できる図のURLを返します。キーは不要です。

クイックスタート

MCP クライアント（Claude Desktop、Cursor、Windsurfなど）に追加します。

{
  "mcpServers": {
    "wikipathways": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/wikipathways/mcp"
    }
  }
}

このエンドポイントが実際に提供する内容

https://gateway.pipeworx.io/wikipathways/mcp の tools/list は、上の表にあるツールに加えて、Pipeworx の共通メタツール（ask_pipeworx、discover_tools、search_within、remember／recallなど、ゲートウェイ全体で使えるツール一式）も返します。そのため、表示されるツール数はこの表より多くなります。現在、1つのパックのエンドポイントには、パック固有のツールに加えて共通ツールが約30個一覧表示されます。接続時の initialize レスポンスに正確な対象範囲が示されており、その日の時点での確かな情報です。

これは意図的な仕様であり、偶然の多重化ではありません。メタツールを使うと、このパックでは対応していない質問にも、カタログ全体を横断してルーティングする ask_pipeworx を介して回答できます。そのためにMCP サーバーをもう1つ追加する必要はありません。現時点では、メタツールなしでパックのエンドポイントを利用する方法はありません。追加のスキーマがもたらすコンテキストコストに対してルーティングの利点が見合わない場合は、複数のパックエンドポイントではなく、フルゲートウェイに一度だけ接続してください。

また、フル Pipeworx ゲートウェイに接続すると、このパックだけでなく、各パックのツールがすべて直接一覧表示されます。

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

どちらのURLも同じゲートウェイと同じ1684以上のデータソースに接続します。違いは、どのパックのツールが直接一覧表示されるかだけです。どちらからでも、ask_pipeworx を使ってすべてのツールにアクセスできます。

MCP クライアントをお持ちでない場合：HTTPで呼び出す

curl -X POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_pathways \
  -H 'Content-Type: application/json' \
  -d '{"query":"glycolysis"}'

最初の呼び出しにアカウントは不要です。ツールを調べるには、GET https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_pathways を実行してください。ツールを探すには、{"query":"..."} を指定して POST https://gateway.pipeworx.io/v1/tools/search_packs を実行してください。

スタンドアロン（ゲートウェイアカウント不要）

このパッケージは、ローカルのstdio MCP サーバーとしても実行できます。Pipeworxアカウントも、ゲートウェイとの往復通信も不要です。

{
  "mcpServers": {
    "wikipathways": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@pipeworx/mcp-wikipathways"]
    }
  }
}

または、直接実行して起動を確認してください。

npx -y @pipeworx/mcp-wikipathways

stdin／stdout経由でMCPを使用し、initialize／tools/list／tools/call に対して、このパックのツールのみを返します。上記のゲートウェイ接続で追加される共通メタツールは含まれません。同じソース、同じツールで、ask_pipeworxによるルーティングはありません。

ask_pipeworx の使用

ツールを直接呼び出す代わりに、自然な英語で質問できます。これは上記のパックエンドポイントでも、フルゲートウェイでも機能します。

ask_pipeworx({ question: "your question about Wikipathways data" })

ゲートウェイが適切なツールを選択し、引数を自動的に設定します。

詳細

• ドキュメントとガイド
• pipeworx.io

ライセンス

MIT