PubChem MCP Server

PubChem MCP Server

PubChem データベースから化合物データを取得するための Model Context Protocol（MCP）サーバーです。

概要

PubChem MCP Server は、AI モデルが PubChem データベースから化合物情報を照会できる Python 実装の MCP サーバーです。標準の MCP インターフェースを通じて、化合物の特性、2D 構造、3D 分子座標に簡単にアクセスできます。

機能

• 化合物名または PubChem CID で化合物を照会
• 以下を含む包括的な化合物データを取得：
  • IUPAC 名
  • 分子式
  • 分子量
  • SMILES 表記
  • InChI および InChIKey
• 複数の出力形式に対応：
  • JSON（デフォルト）
  • CSV
  • XYZ（3D 構造）
• パフォーマンスを向上させるキャッシュシステムを内蔵
• API の信頼性を高める自動再試行メカニズム
• PubChem で 3D 構造を利用できない場合のフォールバックとして、3D 構造を生成

要件

• Python 3.8+
• Requests ライブラリ
• RDKit（オプション。3D 構造の処理を強化する場合に使用）

インストール

ソースから

# Clone the repository
git clone https://github.com/yourusername/pubchem-mcp-server.git
cd pubchem-mcp-server/python_version

# Install the package
pip install -e .

# For enhanced 3D structure handling, install with RDKit
pip install -e ".[rdkit]"

MCP の設定

Claude またはその他の MCP 対応 AI モデルでサーバーを使用するには、MCP 設定ファイルに以下を追加します：

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "command": "python3",
      "args": ["/path/to/pubchem-mcp-server/python_version/mcp_server.py"],
      "env": {
        "PYTHONUNBUFFERED": "1"
      },
      "disabled": false,
      "autoApprove": [
        "get_pubchem_data",
        "download_structure"
      ]
    }
  }
}

利用可能なツール

get_pubchem_data

化合物の構造と特性のデータを取得します。

パラメーター：

• query（必須）：化合物名または PubChem CID
• format（任意）：出力形式。「JSON」（デフォルト）、「CSV」、または「XYZ」
• include_3d（任意）：3D 構造を含めるかどうか（format が「XYZ」の場合のみ有効）

使用例：

<use_mcp_tool>
<server_name>pubchem</server_name>
<tool_name>get_pubchem_data</tool_name>
<arguments>
{
  "query": "aspirin",
  "format": "JSON"
}
</arguments>
</use_mcp_tool>

download_structure

化合物の構造ファイルをダウンロードします。

パラメーター：

• cid（必須）：PubChem CID
• format（任意）：ファイル形式。「sdf」（デフォルト）、「mol」、または「smi」
• filename（任意）：ダウンロードする構造ファイルのカスタムファイル名

使用例：

<use_mcp_tool>
<server_name>pubchem</server_name>
<tool_name>download_structure</tool_name>
<arguments>
{
  "cid": "2244",
  "format": "sdf"
}
</arguments>
</use_mcp_tool>

プロジェクト構成

pubchem-mcp-server/
├── python_version/               # Python implementation
│   ├── mcp_server.py             # Main MCP server script
│   ├── setup.py                  # Package installation script
│   ├── pubchem_mcp_server/       # Core package
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── pubchem_api.py        # PubChem API interaction
│   │   ├── xyz_utils.py          # 3D structure and XYZ format utilities
│   │   ├── server.py             # MCP server implementation
│   │   ├── cli.py                # Command-line interface
│   │   └── async_processor.py    # Asynchronous request handling
└── LICENSE

キャッシュ

サーバーはパフォーマンス向上のため、キャッシュメカニズムを使用します：

• API レスポンスはメモリにキャッシュされます
• 3D 構造データは ~/.pubchem-mcp/cache/ にキャッシュされます

ライセンス

このプロジェクトは MIT License の下でライセンスされています。詳細については LICENSE ファイルをご覧ください。