PyMOL-MCP

PyMOL-MCP：PyMOL と Claude AI の統合

PyMOL-MCP は、Model Context Protocol（MCP）を介して PyMOL と Claude AI を接続し、Claude が PyMOL と直接やり取りして制御できるようにします。この強力な統合により、自然言語を使った対話形式での構造生物学、分子の可視化、解析が可能になります。

https://github.com/user-attachments/assets/687f43dc-d45e-477e-ac2b-7438e175cb36

機能

• 双方向通信：ソケットベースのサーバーを介して Claude AI を PyMOL に接続します
• インテリジェントなコマンド解析：PyMOL コマンドを自然言語処理します
• 分子可視化の制御：表現、色、ビューを操作します
• 構造解析：測定、アラインメントなどの解析を実行します
• コード実行：Claude から PyMOL で任意の Python コードを実行します

インストールガイド

前提条件

• システムに PyMOL がインストールされていること
• Claude for Desktop
• Python 3.10 以降
• Git

ステップ 1：UV パッケージマネージャーをインストールする

macOS の場合：

brew install uv

Windows の場合：

powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[YourUsername]\.local\bin;%Path%

その他のプラットフォームについては、UV インストールガイドをご覧ください。

ステップ 2：リポジトリをクローンする

git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp

ステップ 3：環境をセットアップする

Python 仮想環境を作成して有効化します。

python -m venv venv

macOS/Linux の場合：

source venv/bin/activate

Windows の場合：

venv\Scripts\activate

ステップ 4：依存関係をインストールする

仮想環境を有効化した状態で、次を実行します。

pip install mcp

ステップ 5：Claude Desktop を設定する

1. Claude Desktop を開きます
2. Claude > Settings > Developer > Edit Config に移動します
3. claude_desktop_config.json ファイルが開きます
4. MCP サーバーの設定を追加します。

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "[Full path to your venv python]",
      "args": ["[Full path to pymol_mcp_server.py]"]
    }
  }
}

例：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
      "args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
    }
  }
}

注： システム上の実際の絶対パスを使用してください。Windows では、バックスラッシュの代わりにスラッシュ（/）を使用してください。

ステップ 6：PyMOL プラグインをインストールする

1. PyMOL を開きます
2. Plugin → Plugin Manager に移動します
3. 「Install New Plugin」タブをクリックします
4. 「Choose file...」を選択し、クローンしたリポジトリに移動します
5. pymol-mcp-socket-plugin/__init__.py ファイルを選択します
6. 「Open」をクリックし、表示される手順に従ってプラグインをインストールします

使用方法

接続を開始する

1. PyMOL で：

   • Plugin → PyMOL MCP Socket Plugin に移動します
   • 「Start Listening」をクリックします
   • ステータスが「Listening on port 9876」に変わります

2. Claude Desktop で：

   • チャット中にツール欄にハンマーアイコンが表示されます
   • クリックすると PyMOL ツールを利用できます

コマンドの例

Claude に依頼できることの例を紹介します。

• 「PDB 1UBQ を読み込み、カートゥーン表示にして」
• 「二次構造に基づいてタンパク質に色を付けて」
• 「活性部位の残基をスティック表示で強調して」
• 「2 つの構造をアラインメントして違いを表示して」
• 「この 2 つの残基間の距離を計算して」
• 「このビューを高解像度画像として保存して」

トラブルシューティング

• 接続の問題：Claude から接続する前に、PyMOL プラグインがリッスン状態であることを確認してください
• コマンドエラー：PyMOL の出力ウィンドウにエラーメッセージが表示されていないか確認してください
• プラグインが表示されない：PyMOL を再起動し、プラグインが正しくインストールされていることを確認してください
• Claude が接続しない：Claude の設定ファイル内のパスが正しいことを確認してください

制限事項と注意事項

• ソケット接続を使用するには、PyMOL と Claude の両方を同じマシンで実行する必要があります
• 複雑な操作の中には、より簡単な手順に分割する必要があるものがあります
• 試験的な機能を使用する前に、必ず作業を保存してください
• Bio-MCP コミュニティに参加して、問題の解決、フィードバックの提供、Bio-MCPS の改善にご協力ください！ https://join.slack.com/t/bio-mcpslack/shared_invite/zt-31z4pho39-K5tb6sZ1hUvrFyoPmKihAA

貢献

貢献を歓迎します！お気軽にプルリクエストを送信してください。

ライセンス

このプロジェクトは MIT ライセンスの下でライセンスされています。詳細については LICENSE ファイルをご覧ください。