Rowan Mcp: A Server For Running Complex Computational Chemistry Tasks

Rowan MCP サーバー

Rowan の分子設計およびシミュレーションツールを簡単に実行できる MCP サーバーです。

---

インストール

オプション 1：自動インストール（手動インストールは不要です！）

これを MCP の設定に追加するだけで、自動的にインストールして実行します。

HTTP/SSE 設定：

{
  "mcpServers": {
    "rowan": {
      "type": "http",
      "url": "http://127.0.0.1:6276/sse"
    }
  }
}

次に、サーバーを起動します。

# Set your API key
export ROWAN_API_KEY="your_api_key_here"

# Start the HTTP server
uvx --from rowan-mcp rowan-mcp

オプション 2：手動インストール

先にパッケージをインストールする場合：

uv を使用：

uv add rowan-mcp

pip を使用：

pip install rowan-mcp

次に、設定して起動します。

{
  "mcpServers": {
    "rowan": {
      "type": "http", 
      "url": "http://127.0.0.1:6276/sse"
    }
  }
}

# Set API key and start server
export ROWAN_API_KEY="your_api_key_here"
rowan-mcp

API キーを取得

labs.rowansci.com にアクセス → アカウントを作成 → API キーを生成

利用を開始

AI に「アスピリンの pKa を計算して」または「カフェインの構造を最適化して」と依頼します。

---

できること

LLM に次のように依頼できます。

• 薬物特性を計算する：「アスピリンの薬物らしさを予測して」
• 分子構造を最適化する：「アスピリンの構造を最適化して」
• 化学的挙動を予測する：「酢酸の pKa はいくつ？」
• 計算を実行する：「ベンゼンの HOMO と LUMO を計算して」

システム要件

• Python 3.11 以降
• パッケージマネージャー：uv（推奨）または pip
• Rowan API キー（labs.rowansci.com で無料取得）
• MCP 対応クライアント（Claude Desktop など）

開発用コマンド（リポジトリをクローンした場合）：

# Run from source
export ROWAN_API_KEY="your_api_key_here"
uv run python -m rowan_mcp

---

利用可能なツール

合計：45 個の MCP ツール

• 専用ワークフロー関数 28 個（Rowan v2.1.9 のすべてのワークフロー）
• バッチワークフロー関数 1 個
• 分子検索ツール 3 個
• ワークフロー管理ツール 7 個
• タンパク質管理ツール 6 個

---

化学計算

• submit_basic_calculation_workflow - 複数のエンジン（omol25、xtb、psi4）によるエネルギー、最適化、振動数の計算
• submit_conformer_search_workflow - 複数の探索モード（rapid/careful/meticulous）による配座探索
• submit_conformers_workflow - 配座の生成と列挙（conformer_search とは異なります）
• submit_multistage_opt_workflow - 精度を段階的に高める多段階の構造最適化
• submit_scan_workflow - 波面伝播を用いた分子スキャン（二面角、結合、角度）
• submit_irc_workflow - 遷移状態の固有反応座標計算

分子特性

• submit_pka_workflow - pH 範囲と元素をカスタマイズできる微視的 pKa 計算
• submit_macropka_workflow - pH と電荷の範囲にわたる巨視的 pKa 計算
• submit_solubility_workflow - 複数の溶媒と温度における溶解度予測
• submit_redox_potential_workflow - 電気化学的な還元・酸化電位
• submit_descriptors_workflow - ML 対応の分子記述子と特徴量
• submit_tautomer_search_workflow - 互変異性体の列挙
• submit_admet_workflow - 創薬向けの ADME/Tox 特性予測
• submit_hydrogen_bond_basicity_workflow - 水素結合塩基性（pKBHX）の予測

反応性解析

• submit_fukui_workflow - 求電子性・求核性反応部位の Fukui 指数

電子構造

• submit_spin_states_workflow - 異なる多重度に対するスピン状態エネルギーの計算

分光・解析

• submit_ion_mobility_workflow - イオンモビリティ質量分析における衝突断面積（CCS）の予測
• submit_strain_workflow - 環およびケージの分子ひずみエネルギー計算

遷移状態・反応

• submit_double_ended_ts_search_workflow - 反応物と生成物の構造から遷移状態を探索
• submit_pose_analysis_md_workflow - ドッキングしたタンパク質・リガンド複合体の分子動力学シミュレーション

タンパク質・創薬

• submit_docking_workflow - 複数の実行プログラム（Vina、QVina2、Smina）を使用したタンパク質とリガンドのドッキング
• submit_batch_docking_workflow - バーチャルスクリーニング向けのハイスループットドッキング
• submit_protein_cofolding_workflow - 複数のタンパク質およびタンパク質とリガンドのコフォールディング予測
• submit_msa_workflow - タンパク質構造予測向けの多重配列アラインメント

バッチ処理

• batch_submit_workflow - 任意のワークフロータイプで複数の分子を送信し、ハイスループット処理を実行します

---

分子管理

• molecule_lookup - 分子名、CAS 番号、IUPAC 名を SMILES に変換します
• batch_molecule_lookup - 分子名を SMILES に一括変換します
• validate_smiles - SMILES 文字列を検証し、標準化します

タンパク質管理

• create_protein_from_pdb_id - PDB ID（例：'1HCK'）からタンパク質を作成します
• retrieve_protein - UUID でタンパク質データを取得します
• list_proteins - 利用可能なすべてのタンパク質を一覧表示します
• upload_protein - カスタムタンパク質構造をアップロードします
• delete_protein - ワークスペースからタンパク質を削除します
• sanitize_protein - タンパク質構造をクリーンアップして検証します

ワークフロー管理

• retrieve_workflow - ワークフローの完全なデータ、ステータス、結果を取得します（信頼できる唯一の情報源）
• workflow_stop - 実行中のワークフローを停止します
• workflow_delete - ワークスペースからワークフローを削除します
• retrieve_calculation_molecules - 計算結果から分子構造を抽出します
• list_workflows - フィルタリングオプションを使ってすべてのワークフローを一覧表示します
• workflow_update - ワークフローのパラメーターを変更します
• workflow_delete_data - メタデータを保持したままワークフローデータを削除します

要件

• Python 3.11+
• Rowan API キー
• MCP 対応の AI アシスタント（Claude Desktop など）

---

実験的機能：デスクトップ拡張機能（開発中）

コマンドラインでのセットアップを不要にする、Claude Desktop 向けのワンクリックデスクトップ拡張機能（.dxt）を開発中です。この機能は現在、MCP 拡張機能システムとの互換性を高めるために調整しています。

現時点では、上記の標準的なパッケージインストール方法をご利用ください。十分にテスト済みで、安定して動作します。

---

サポート

• ドキュメント：docs.rowansci.com
• または、お気軽にお問い合わせください！

---

引用

この MCP ツールを研究で使用する場合は、基盤となる Rowan プラットフォームを引用してください。

Rowan Scientific. https://www.rowansci.com (accessed 2025-07-01).

計算に使用した特定の計算エンジン、手法、ワークフローなど、引用に関する詳細情報は、Rowan の引用ガイドラインをご覧ください。

---

公開（メンテナー向けメモ）

PyPI に新しいバージョンを公開するには：

# Update version in pyproject.toml and rowan_mcp/__init__.py
# Build the package
uv build

# Publish to PyPI (requires API token)
uv publish

# Or publish to TestPyPI first
uv publish --index-url https://test.pypi.org/simple/

MCP インスペクター

# Start the server first
export ROWAN_API_KEY="your_api_key_here" 
uv run python -m rowan_mcp &

# Then inspect
npx @modelcontextprotocol/inspector http://127.0.0.1:6276/sse