Scanpy MCP server

⚠️ 重要なお知らせ：このリポジトリはメンテナンスされていません。MCP サーバーの最新バージョンについては、scmcphubをご覧ください。

Scanpy MCP サーバー

自然言語で scRNA-Seq 解析ソフトウェア Scanpy を利用できる MCP サーバーです！

🪩 何ができますか？

• 自然言語で scRNA-Seq データを読み書きできる IO モジュール
• フィルタリング、品質管理、正規化、スケーリング、高変動遺伝子、PCA、近傍探索などの前処理モジュール
• クラスタリング、差次的発現などのツールモジュール
• バイオリンプロット、ヒートマップ、ドットプロットなどのプロットモジュール

❓ 対象となるユーザー

• 自然言語で scRNA-Seq 解析を行いたいすべての方！
• 自分のアプリケーションで scanpy の関数を呼び出したいエージェント開発者

🌐 どこで使えますか？

MCP に対応したほとんどの AI クライアント、プラグイン、エージェントフレームワークで scanpy-mcp を使用できます。

• Cherry Studio などの AI クライアント
• Cline などのプラグイン
• Agno などのエージェントフレームワーク

🎬 デモ

scanpy-mcp を使い、AI クライアント Cherry Studio で自然言語によって scRNA-Seq の細胞クラスター解析を行うデモです。

https://github.com/user-attachments/assets/93a8fcd8-aa38-4875-a147-a5eeff22a559

🏎️ クイックスタート

インストール

PyPI からインストール

pip install scanpy-mcp

次を実行して動作を確認できます。

scmcp run

scnapy-server をローカルで実行する

MCP クライアントで次の設定を参照してください。

"mcpServers": {
  "scanpy-mcp": {
    "command": "scanpy-mcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}

scnapy-server をリモートで実行する

MCP クライアントで次の設定を参照してください。

サーバーで実行します

scmcp run --transport shttp --port 8000

次のように MCP クライアントを設定します。

http://localhost:8000/mcp

🤝 コントリビューション

ご質問があれば、Issue を作成するか、私（[email protected]）までご連絡ください。コードへのコントリビューションも歓迎します！