Scanpy-MCP

Scanpy-MCP

MCP を通じて Scanpy を使用し、自然言語で scRNA-Seq 解析を行うためのインターフェースです。

🪩 何ができますか？

• scRNA-Seq データの読み込みや書き込みなどの IO モジュール
• フィルタリング、品質管理、正規化、スケーリング、高変動遺伝子、PCA、近傍探索などの前処理モジュール
• クラスタリング、差次的発現などのツールモジュール
• バイオリンプロット、ヒートマップ、ドットプロットなどのプロットモジュール

❓ 対象ユーザー

• scRNA-Seq 解析を自然言語で行いたい方
• アプリケーションから scanpy の関数を呼び出したいエージェント開発者

🌐 どこで使えますか？

scanpy-mcp は、MCP をサポートするほとんどの AI クライアント、プラグイン、エージェントフレームワークで使用できます。

• Cherry Studio などの AI クライアント
• Cline などのプラグイン
• Agno などのエージェントフレームワーク

📚 ドキュメント

scmcphub のドキュメント全文は https://docs.scmcphub.org でご覧いただけます。

🎬 デモ

scanpy-mcp を使用し、AI クライアントの Cherry Studio で自然言語による scRNA-Seq 細胞クラスター解析を行うデモです。

https://github.com/user-attachments/assets/93a8fcd8-aa38-4875-a147-a5eeff22a559

🏎️ クイックスタート

インストール

PyPI からインストールします

pip install scanpy-mcp

次のコマンドを実行してテストできます

scanpy-mcp run

scnapy-mcp をローカルで実行する

MCP クライアントで以下の設定を参照してください。

パスを確認します

$ which scanpy 
/home/test/bin/scanpy-mcp

"mcpServers": {
  "scanpy-mcp": {
    "command": "//home/test/bin/scanpy-mcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}

scnapy-mcp をリモートで実行する

MCP クライアントで以下の設定を参照してください。

サーバーで実行します

scanpy-mcp run --transport shttp --port 8000

次のように、ローカルの AI クライアントで MCP クライアントを設定します。

"mcpServers": {
  "scanpy-mcp": {
    "url": "http://localhost:8000/mcp"
  }
}

🤝 コントリビューション

ご質問がある場合は、issue を提出するか、私（[email protected]）までご連絡ください。コードへの貢献も歓迎します！

引用

研究で scanpy-mcp を使用する場合は、以下の論文を引用してください。

Wolf, F., Angerer, P. & Theis, F. SCANPY: large-scale single-cell gene expression data analysis. Genome Biol 19, 15 (2018). https://doi.org/10.1186/s13059-017-1382-0