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Hydroxyl

Hydroxyl

ローカル
hydroxyl.app科学・教育01 週間前に更新
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Hydroxyl について

Hydroxyl は、化学構造を扱う研究者や AI アシスタント向けのローカル MCP サーバーです。サーバーからネットワーク通信を行わず、論文用の図の作成、構造チェック、分子情報の取得、形式変換ができます。

主な機能

  1. 01構造図を PNG または SVG で描画
  2. 02原子価と描画上の問題を確認
  3. 03分子式、質量、電荷、CIP ラベルの表示
  4. 04構造を molfile または canonical SMILES に変換
  5. 05エディターへのリンクを作成

活用シーン

  1. 01論文用の化学構造図を作成
  2. 02構造の警告と修正候補を確認
  3. 03構造の分子情報を取得
  4. 04対応形式間で構造を変換

MCP 対応

ローカルの stdio MCP サーバーは、化学構造の描画、確認、説明、変換、エディターでの表示を行う5つのツールを公開します。

設定

ローカルサーバーの設定はどのクライアントでも共通です。コピーしてクライアントの MCP 設定ファイルに貼り付けてください。

mcp.json · 共通設定
{
  "mcpServers": {
    "trebeljahr-hydroxyl": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "hydroxyl-mcp"
      ],
      "env": {
        "HYDROXYL_EDITOR_URL": "<HYDROXYL_EDITOR_URL>"
      }
    }
  }
}
起動コマンドnpx -y hydroxyl-mcp
設定が必要な環境変数
HYDROXYL_EDITOR_URLEditor that editor_link points at (default https://hydroxyl.app/editor/)

ローカルサーバーにはマシン上の実行環境（Node.js 18 以上など）が必要です。設定ファイルの場所はクライアントごとに異なります。

パッケージ
npmhydroxyl-mcp0.1.0

ツール

5

掲載時のツール一覧 · 2 週間前に更新

パラメーター型必須説明
dpianyいいえPNG の解像度。300（デフォルト）または 600。
namestringいいえエディターの構造辞書にある一般名。例："benzene"、"glycine"、"DMSO"。完全な名称から構造へのパーサーではないため、未知の名称は拒否されます。
styleenumいいえpublication（ACS 1996 設定、デフォルト）、nature（Nature Portfolio）、または screen。publication | nature | screen
viewsarrayいいえ各ビューにつきパネルを 1 つ、順番に表示します。skeletal（デフォルト）、kekule、explicitH、lewis、condensed、sumFormula。
widthanyいいえ最大幅：「single」または「double」のジャーナル欄（デフォルトは single）、または cm 単位の幅。
formatenumいいえpng（デフォルト）または svg。png | svg
smilesstringいいえSMILES 文字列（例："c1ccccc1"）。
molfilestringいいえMDL molfile（V2000 または V3000）。ヘッダー行を含むテキスト全体。
backgroundenumいいえPNG の背景は white（デフォルト）または transparent。SVG は常に透明です。white | transparent

詳細

hydroxyl-mcp

hydroxyl-mcp はローカルの Model Context Protocol サーバーです。Claude Desktop などのアシスタントが、論文掲載用の図として構造を描画し、確認して、変換できます。お使いのマシン上で stdio 経由で動作し、ネットワークへの接続は行いません。送信した構造はアシスタントのプロバイダーに送られ、当社に送られることはありません。

次の 5 つのツールがあります。

ツール入力出力
render_figure構造、表示方向、幅（single、double、または cm）、png または svg図、印刷時のサイズ、ラベルのサイズ、および 8 pt 未満のテキストに関する警告
check_structure構造エディターが検出する原子価と描画上の問題、および各問題に対するワンクリック修正
describe構造化学式、分子量、精密質量、正味電荷、CIP ラベル
convert構造molfile または正準 SMILES
editor_link構造エディターで構造を開くリンク

構造は smiles、molfile、name のいずれかです（caffeine など、エディターの挿入ボックスから指定する化合物）。

MCP クライアントに追加してください。npx が npm から hydroxyl-mcp パッケージを取得します （Node.js 22 以降）。Claude Desktop の場合は、claude_desktop_config.json を編集し（Settings → Developer → Edit Config）、アプリを再起動してください。

{
  "mcpServers": {
    "hydroxyl": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "hydroxyl-mcp"]
    }
  }
}

stdio サーバーを起動する他のクライアントでも、同じコマンドと引数を使用します。Claude Code の場合：

claude mcp add hydroxyl -- npx -y hydroxyl-mcp

editor_link は https://hydroxyl.app/editor/ を参照します。ローカルまたはセルフホスト可能なエディターへのリンクにするには、サーバーの環境変数に HYDROXYL_EDITOR_URL を設定してください。

エディター本体は hydroxyl.app にあります。ソースは github.com/trebeljahr/hydroxyl.app にあります。

ライセンス

MIT です。このパッケージは RDKit（BSD-3-Clause）と resvg-wasm（MPL-2.0）に依存し、Arimo フォント（OFL-1.1、テキストは dist/arimo-OFL.txt）を同梱しています。

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