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alterlab-bgpt-search

alterlab-bgpt-search

github.com/alterlab-ieu生産性7867 回インストール5 週間前に更新
リポジトリ

alterlab-bgpt-search について

alterlab-bgpt-searchは、論文の実験結果を構造化データで扱いたい研究者向けのスキルです。BGPTの全文データを検索し、DOIから論文レコードを取得できます。

主な機能

  1. 01構造化された論文エビデンスの検索
  2. 02DOIによるレコード取得
  3. 03方法と定量結果の確認
  4. 04サンプル数と品質評価の確認
  5. 05出典に結び付いた主張とメタデータ

活用シーン

  1. 01レビュー用エビデンステーブルの作成
  2. 02研究間の方法の比較
  3. 03サンプル数と効果量の確認
  4. 04既知の論文をDOIで取得

MCP 対応

BGPTは、search_papersとlookup_paperのツールを提供するホスト型リモートMCPサーバーです。このスキルではMCPクライアントからの接続方法を説明します。

インストール

コマンドをコピーしてターミナルで実行します。

$npx skills add https://github.com/alterlab-ieu/alterlab-academic-skills --skill alterlab-bgpt-search

インストール後、Claude Code で/alterlab-bgpt-searchを入力して読み込まれたか確認します。

同梱ファイルevals/evals.json

詳細

BGPT 論文検索

概要

BGPT は、全文論文から抽出した生の実験データをもとに構築された、厳選された科学論文データベースを検索するリモート MCP サーバーです。タイトルと抄録を返す従来の文献データベースとは異なり、BGPT は論文の実際の内容から得られた構造化データを返します。具体的には、各論文の方法、定量的な結果、サンプルサイズ、品質評価、25 項目以上のメタデータを「エビデンスユニット」として整理し、それぞれの主張を裏付ける実験、報告された統計、適用範囲、出典情報と結び付けています。

このスキルを使用する場面

タイトルや抄録ではなく、全文から得られる構造化された実験データに価値がある場合に BGPT を使用してください。

  • メタアナリシス、スコーピングレビュー、臨床ガイドライン用のエビデンステーブルを作成する
  • 複数の研究からサンプルサイズ、効果量、方法、プロトコル、結論を抽出する
  • 方法論を比較する。または品質スコア／エビデンス評価で論文を絞り込む
  • DOI が分かっている論文の構造化レコードを取得する（lookup_paper）
該当しない場合
シナリオ代わりに使用
最新ニュースや動向をリアルタイムでウェブに基づいて要約するalterlab-perplexity
MeSH 用語や PMID による、生物医学分野の幅広いタイトル／抄録検索alterlab-pubmed
手元の PDF からエビデンステーブルを作成するalterlab-pdf-extract
PRISMA に基づくスクリーニングとバイアスリスク評価を含む、完全なシステマティックレビューalterlab-literature-review
Zotero ライブラリの文献を整理する、または BibTeX をエクスポートするalterlab-pyzotero

セットアップ

BGPT はホスト型のリモート MCP サーバーです。ローカルへのインストールは不要です。2 種類のトランスポートを利用できます。

トランスポートエンドポイント
SSEhttps://bgpt.pro/mcp/sse
Streamable HTTPhttps://bgpt.pro/mcp/stream
Claude Code
claude mcp add --transport sse bgpt https://bgpt.pro/mcp/sse
# or Streamable HTTP:
claude mcp add --transport http bgpt https://bgpt.pro/mcp/stream
その他の MCP クライアント

リモートサーバーの URL を受け付けるクライアント（Cursor、Cline、Windsurf など）：

{
  "mcpServers": {
    "bgpt": { "url": "https://bgpt.pro/mcp/sse" }
  }
}

ローカルコマンドの起動しかできないクライアントでは、代わりに bgpt-mcp npm ブリッジを使用できます："command": "npx", "args": ["-y", "bgpt-mcp"]。

使用方法

サーバーは 2 つのツールを公開します。

ツールパラメーター
search_papersquery（必須）；num_results（1～100、デフォルトは 16）；days_back（直近 N 日以内の論文のみ）；output_format（evidence、full、legacy のいずれか）
lookup_paperdoi（必須）；output_format
Search BGPT for: "CRISPR gene editing efficiency in human cells", 10 results

各検索結果には次の情報が含まれます。

  • タイトル、著者、ジャーナル、発行年、DOI
  • 方法：実験手法、モデル、プロトコル
  • 結果：定量データと報告された統計を含む主な知見
  • サンプルサイズ：被験者／サンプルの数
  • 品質スコア：研究の品質評価
  • 限界と結論：出典となる節までたどれる情報付き

MCP クライアントがなくても、通常の HTTP で同じ検索を利用できます。JSON ボディ {"query": ..., "num_results": ..., "output_format": "evidence"} を指定して POST https://bgpt.pro/api/mcp-search を実行してください（無料枠を超えた後は "api_key" を追加します）。

統合前に確認してください。 BGPT のフィールドは機械抽出されたものです。メタアナリシスやガイドラインの表に反映する前に、使用するサンプルサイズ、効果量、品質評価を必ず原論文と照合してください。抽出ミスは、統合推定値に気付かれないまま波及する可能性があります。引用する際は、BGPT ではなく論文そのものを DOI で引用してください。

料金

  • 無料枠：最初の 50 件は API キー不要
  • 従量課金：実際に返された結果 1 件あたり $0.02（検索ごとではありません）。bgpt.pro/mcp で取得した API キーを使用します。返されたレコードごとに課金されるため、num_results は意図して設定してください。

補完的なスキル

以下との併用に適しています：

  • alterlab-literature-review — BGPT で構造化データを収集し、その後統合します
  • alterlab-pubmed — 幅広い論文検索には PubMed、詳細な実験データの取得には BGPT を使用します
  • alterlab-biorxiv — プレプリントの検索と全文からのデータ抽出を組み合わせます
  • alterlab-pyzotero — BGPT の検索結果から引用情報を管理します

AlterLab Academic Skills スイートの一部です。

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