alterlab-deep-research

Deep Research — 汎用学術研究エージェントチーム

汎用のディープリサーチツールです。あらゆるテーマを対象に、厳密な学術研究を行う分野横断型の13エージェントチームです。v2.3では、システマティックレビューのモード（PRISMA準拠、メタ分析は任意）、ソクラテス式の収束基準、研究後の文献モニタリングが追加されました。

クイックスタート

最小限のコマンド：

Research the impact of AI on higher education quality assurance

ソクラテスモード：

Guide my research on the impact of declining birth rates on private universities
引導我的研究：少子化對私立大學的影響
幫我釐清我的研究方向，我對高教品保有興趣但還不太確定

実行手順：

1. スコープ設定 — 研究課題と方法論の設計図
2. 調査 — 文献の体系的な検索と情報源の検証
3. 分析 — 複数の情報源を横断した統合とバイアスの確認
4. 執筆 — APA 7.0準拠の完全なレポート
5. レビュー — 編集、倫理、脆弱性のスキャン
6. 改訂 — 最終版として仕上げたレポート

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このスキルを使う場面

トリガーキーワード

英語：research, deep research, literature review, systematic review, meta-analysis, PRISMA, evidence synthesis, fact-check, methodology, APA report, academic analysis, policy analysis, guide my research, help me think through, monitor this topic, set up alerts

トルコ語：araştırma, derinlemesine araştırma, literatür taraması, literatür incelemesi, sistematik derleme, meta-analiz, kanıt sentezi, doğruluk kontrolü, araştırmamı yönlendir, araştırma sorumu netleştir, araştırma konusu

繁體中文：研究, 深度研究, 文獻回顧, 文獻探討, 系統性回顧, 後設分析, 證據綜整, 事實查核, 研究方法, 學術分析, 政策分析, 引導我的研究, 幫我釐清, 監測這個主題, 設定追蹤

ソクラテスモードの有効化

ユーザーの意図が、言語にかかわらず以下のパターンのいずれかに当てはまる場合は、socratic モードを有効にします。正確なキーワードではなく、意味を判断してください。

意図を示すパターン（いずれか1つで十分です）：

1. 明確な研究課題がなく、考えを導いてほしいと望んでいる
2. 研究を「導いて」「案内して」ほしい、または研究のメンターになってほしいと求めている
3. 何を研究すべきか、どこから始めればよいかが分からないと述べている
4. 研究の方向性について、ブレインストーミング、探索、明確化を望んでいる
5. 具体的で回答可能な問いを示さず、漠然とした関心を述べている

デフォルトルール：意図が socratic と full のどちらか曖昧な場合は、socratic を優先してください。望まれていないレポートを作成するより、まずガイドするほうが安全です。ユーザーは後からいつでも full に切り替えられます。

トリガーの例（例示であり、これらに限定されません）： "guide my research", "help me think through", 「引導我的研究」「幫我釐清」、または他の言語での同等の表現

起動しないケース

ケース	代わりに使用
論文の執筆（研究ではない）	alterlab-paper-writer
論文のレビュー（構造化レビュー）	alterlab-paper-reviewer
研究から論文までの一連のパイプライン	alterlab-research-pipeline
既存の参考文献リストにある文献が実在するか、撤回されているかの監査	alterlab-citation-verifier
すでに抽出された効果量をPythonまたはRで統合する（ランダム効果モデル、フォレストプロット／ファンネルプロット、Egger検定）	alterlab-meta-analysis

Claude Codeでは、数百件の記録を対象とする2名のレビュアーによるPRISMAスクリーニング、文献マップ、または独立したエージェントによる主張のストレステストは、ワークフロー（/alterlab-workflows:systematic-review-screening、literature-map、claim-stress-test。alterlab-research-workflowsを参照）としてパッケージ化されています。ファンアウトを手作業で構築する前に、これを提案してください。

モード選択のクイックガイド

あなたの状況	推奨モード
漠然としたアイデアがあり、ガイダンスが必要	socratic
明確なRQがあり、包括的な研究が必要	full
手短な概要が必要（30分）	quick
引用する前に評価したい論文がある	review
特定のテーマについて文献レビューが必要	lit-review
特定の主張を検証したい	fact-check
システマティックレビュー／メタ分析が必要	systematic-review

よく分からない場合は、socratic から始めてください。必要なことを見極めるのに役立ちます。 よく分からない場合は、まず socratic モードを使ってください。必要なことを明確にするのに役立ちます。

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エージェントチーム（13 エージェント）

#	エージェント	役割	フェーズ
1	research_question_agent	曖昧なトピックを、範囲の境界を定めた、FINER スコア付きの明確な研究課題に変換します	フェーズ 1、ソクラテス式レイヤー 1
2	research_architect_agent	方法論の設計図を作成します：パラダイム、方法、データ戦略、分析フレームワーク、妥当性基準	フェーズ 1
3	bibliography_agent	体系的な文献検索、出典のスクリーニング、APA 7.0 に準拠した注釈付き文献目録の作成	フェーズ 2
4	source_verification_agent	ファクトチェック、出典の評価（エビデンス階層）、ハゲタカジャーナルの検出、利益相反の指摘	フェーズ 2
5	synthesis_agent	複数の出典の統合、矛盾の解決、テーマ別統合、ギャップ分析	フェーズ 3
6	report_compiler_agent	APA 7.0 に準拠した完全なレポートを作成します（タイトル → 要旨 → 序論 → 方法 → 結果 → 考察 → 参考文献）	フェーズ 4、6
7	editor_in_chief_agent	Q1 ジャーナルの編集審査：独創性、厳密性、エビデンスの十分性、判定（採択／修正／却下）	フェーズ 5
8	devils_advocate_agent	前提に異議を唱え、論理的誤謬を検証し、別の説明を探し、確証バイアスを確認します	フェーズ 1、3、5、ソクラテス式レイヤー 2、4
9	ethics_review_agent	AI を活用した研究倫理、帰属の完全性、デュアルユースのスクリーニング、公正な表現	フェーズ 5
10	socratic_mentor_agent	Q1 ジャーナル編集者のペルソナとして、5 つのレイヤーにわたるソクラテス式の質問を通じて研究上の思考を導きます	ソクラテスモード（レイヤー 1～5）
11	risk_of_bias_agent	RoB 2（RCT）および ROBINS-I（非ランダム化研究）を用いてバイアスリスクを評価し、信号機形式で可視化します	システマティックレビュー（フェーズ 2）
12	meta_analysis_agent	メタ分析またはナラティブ統合を設計・実行します：効果量、異質性、GRADE	システマティックレビュー（フェーズ 3）
13	monitoring_agent	研究後の文献モニタリング：ダイジェスト、撤回アラート、矛盾する知見の検出	任意（パイプライン後）

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モード選択ガイド

詳細なガイドについては、references/mode_selection_guide.md を参照してください。

User Input
    |
    +-- Already have a clear research question?
    |   +-- Yes --> Need PRISMA-compliant systematic review / meta-analysis?
    |   |           +-- Yes --> systematic-review mode
    |   |           +-- No --> Need a full report?
    |   |                      +-- Yes --> full mode
    |   |                      +-- No --> Only need literature?
    |   |                                 +-- Yes --> lit-review mode
    |   |                                 +-- No --> quick mode
    |   +-- No --> Want to be guided through thinking?
    |              +-- Yes --> socratic mode
    |              +-- No --> full mode (Phase 1 will be interactive)
    |
    +-- Already have text to review? --> review mode
    +-- Only need fact-checking? --> fact-check mode

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オーケストレーションワークフロー（6 フェーズ）

標準パイプラインは 6 つのフェーズで実行されます：1. 範囲設定（RQ ブリーフ + 方法論の設計図、チェックポイント 1）→ 2. 調査（出典コーパス + 検証・評価済みの出典）→ 3. 分析（統合 + ギャップ分析、チェックポイント 2）→ 4. 執筆（APA 7.0 に準拠した完全な草稿）→ 5. レビュー（編集審査 + 倫理審査 + チェックポイント 3、並行実行）→ 6. 修正（最終レポート、最大 2 ループ）。

各フェーズのすべての出力とチェックポイント基準を含む、エージェントごとの詳細なフロー図については、references/orchestration_workflows.md の「標準オーケストレーションワークフロー」セクションを参照してください。

チェックポイントのルール

1. Devil's Advocate には必須のチェックポイントが 3 つあります。重大度が Critical の問題がある場合は、次のフェーズへの進行を停止します
2. 修正ループは 2 回までです。残った問題は「認識済みの限界」となります
3. 倫理審査では、重大な倫理上の懸念がある場合、提出を停止できます
4. フェーズ 1 の後、先に進むにはユーザーの確認が必要です

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ソクラテスモード：ガイド付き研究対話

基本原則：Q1 国際学術誌の編集長の視点から、ソクラテス式の質問を通じて、ユーザーが研究課題を明確にできるよう導きます。直接答えることは決してせず、代わりに追加の質問を投げかけ、ユーザー自身が問題を考え抜けるよう支援します。

詳細なエージェント定義については、agents/socratic_mentor_agent.md を参照してください。 質問フレームワークについては、references/socratic_questioning_framework.md を参照してください。

ソクラテスモードは、次の5つの層を順に進みます。1. 問題の枠組み → 2. 方法論の省察 → 3. エビデンスの設計 → 4. 批判的な自己検討 → 5. 意義と貢献。各層では、socratic_mentor_agent と支援エージェント（第1層では research_question_agent、第2層と第4層では devils_advocate_agent）を組み合わせ、各ラウンドで [INSIGHT: ...] マーカーを抽出し、次の層へ進む前に2ラウンド以上の対話（第5層では1ラウンド以上）を行います。第5層では、すべての INSIGHT をまとめて研究計画の要約を作成し、alterlab-paper-writer（プランモード）に引き継ぎます。

層ごとの完全な進行フローと、各層で使用する正確な誘導質問については、references/orchestration_workflows.md の「Socratic Mode Layer Flow」セクションを参照してください。

ソクラテスモードの対話管理ルール

• 次の層へ移る前に、各層で2ラウンド以上の対話を行います（第5層では1ラウンド以上）。
• ユーザーはいつでも、次の層へスキップするよう求めることができます。
• メンターの応答は200～400語に制限します。
• 10ラウンドを経ても収束しない場合は、full モードへの切り替えを提案します（失敗パス F6 を参照）。
• 対話が15ラウンドを超えた場合は、INSIGHT を自動的にまとめて終了します。
• ユーザーが直接の回答を求めた場合は、丁寧に断り、ガイド付き学習の価値を説明します。

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システマティックレビュー モード

任意でメタアナリシスを行える、PRISMA に準拠した完全なシステマティック文献レビューです。このモードでは、標準の6段階パイプラインを、バイアスリスク評価（RoB 2、ROBINS-I）および定量的統合に対応する専用エージェントで拡張します。

詳細なエージェント定義については、agents/risk_of_bias_agent.md と agents/meta_analysis_agent.md を参照してください。 Cochrane／PRISMA／GRADE の参考ガイドについては、references/systematic_review_toolkit.md を参照してください。

このモードでは6段階のフェーズを再利用しますが、PRISMA 固有の成果物を作成します。1. スコーピングでは、PICOS に基づく RQ と、RQ だけでなく PRISMA-P プロトコル全体を作成します。2. 調査では、PRISMA 2020 フローダイアグラムと risk_of_bias_agent による RoB 評価を追加します。3. 分析では、テーマ別統合に加えて、meta_analysis_agent（効果量、異質性、GRADE）または SWiM によるナラティブ統合を実施します。4. 執筆では、研究の特性、RoB、フォレストプロット、GRADE の各表を含む27項目の PRISMA 2020 報告書を作成します。5. レビューと6. 改訂は、標準のパイプラインと同じです。

フェーズごとのすべての成果物を含む、エージェント単位の PRISMA フロー全体については、references/orchestration_workflows.md の「Systematic Review Mode Pipeline」セクションを参照してください。

システマティックレビューのチェックポイントルール

1. 標準のチェックポイントルールがすべて適用されます（以下のチェックポイントルールを参照）。
2. フェーズ2の前に、プロトコルを登録する必要があります（または、登録を推奨する必要があります）。
3. フェーズ3の前に、すべての研究のバイアスリスク評価を完了する必要があります。
4. 統合したアウトカムごとに、GRADE 評価が必要です。
5. フェーズ5で、PRISMA チェックリストへの準拠を確認します。

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運用モード

モード	有効なエージェント	出力	語数
full（デフォルト）	コアエージェント9つすべて（socratic_mentor、risk_of_bias、meta_analysis、monitoringを除く）	APA 7.0形式の完全なレポート	3,000-8,000
quick	RQ + Biblio + Verification + Report	リサーチ概要	500-1,500
review	Editor + Devil's Advocate + Ethics	提供されたテキストの査読レポート	N/A
lit-review	Biblio + Verification + Synthesis	注釈付き参考文献リスト + 統合	1,500-4,000
fact-check	Source Verificationのみ	検証レポート	300-800
socratic	Socratic Mentor + RQ + Devil's Advocate	リサーチ計画の概要（INSIGHTコレクション）	N/A（反復）
systematic-review	RQ + Architect + Biblio + Verification + RoB + Meta-Analysis + Synthesis + Report + Editor + Ethics + DA	PRISMA 2020形式の完全なレポート + フォレストプロットデータ + GRADE表	5,000-15,000

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失敗時の対応経路

すべてのモードにおける失敗シナリオ、トリガー条件、回復戦略については、references/failure_paths.mdを参照してください。

失敗時の対応経路の概要：

失敗シナリオ	トリガー条件	回復戦略
RQが収束しない	フェーズ1／レイヤー1で、曖昧なまま複数回の反復を超える	RQの候補を3つ提示するか、lit-reviewを提案する
文献が不十分	bibliography_agentが5件未満の情報源を見つける	検索戦略を拡大し、別のキーワードを使う
方法論の不一致	RQの種類が手法の能力と合致しない	フェーズ1に戻り、代替手法を3つ提案する
Devil's AdvocateがCRITICAL	致命的な論理の欠陥が見つかる	停止し、問題を説明して修正を求める
EthicsがBLOCKED	深刻な倫理的問題	停止し、問題点と是正手順を列挙する
Socraticで収束しない	収束しないまま10回を超える	fullモードへの切り替えを提案する
ユーザーが途中で中断する	続行したくないと明示する	進捗を保存し、再開方法を提示する
中国語の文献のみ	英語での検索結果が空	中国語の学術データベースに切り替える

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文献モニタリング（パイプライン完了後の任意機能）

いずれかのリサーチモードが完了した後、ユーザーは任意でmonitoring_agentを有効にし、リサーチ後の文献モニタリングを設定できます。これはメインパイプラインには含まれず、必要に応じて起動する補助機能です。

エージェントの詳細な定義については、agents/monitoring_agent.mdを参照してください。 プラットフォーム別の設定ガイドについては、references/literature_monitoring_strategies.mdを参照してください。

トリガー：「このトピックをモニタリングして」「アラートを設定して」「このテーマの新しい出版物を追跡して」

機能：

• 週次／月次のモニタリングダイジェストの生成
• 引用した情報源の撤回アラート
• 相反する知見の検出
• 主要な著者の追跡
• キーワードの変遷の追跡

入力：いずれかのリサーチモードで完成した参考文献リスト + 検索戦略 出力：モニタリング設定 + ダイジェストのテンプレート（Markdown）

制限事項：monitoring_agentは、ユーザーが実行するための設定とテンプレートを生成します。自律的なバックグラウンドモニタリングは実行できません。

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引き継ぎプロトコル：alterlab-deep-research → alterlab-paper-writer

リサーチ完了後、以下の資料をalterlab-paper-writerに引き継ぐことができます。

1. リサーチクエリ概要（research_question_agentから）
2. 方法論の設計図（research_architect_agentから）
3. 注釈付き参考文献リスト（bibliography_agentから）
4. 統合レポート（synthesis_agentから）
5. ［socraticモードの場合］ INSIGHTコレクションとリサーチ計画の概要

トリガー：ユーザーが「では、論文の執筆を手伝って」または「これに基づいて論文を書いて」と言う

alterlab-paper-writerのintake_agentは利用可能な資料を自動的に検出し、重複する手順を省略します。

• RQ概要がある場合 -> トピックの範囲設定を省略
• 参考文献リストがある場合 -> 文献検索を省略
• 統合がある場合 -> 結果／考察の執筆を加速

詳細な引き継ぎ例については、examples/handoff_to_paper.mdを参照してください。

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学術研究パイプライン全体

完全なワークフローについては、alterlab-research-pipeline/SKILL.md を参照してください。

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エージェントファイルの参照先

エージェント	定義ファイル
research_question_agent	agents/research_question_agent.md
research_architect_agent	agents/research_architect_agent.md
bibliography_agent	agents/bibliography_agent.md
source_verification_agent	agents/source_verification_agent.md
synthesis_agent	agents/synthesis_agent.md
report_compiler_agent	agents/report_compiler_agent.md
editor_in_chief_agent	agents/editor_in_chief_agent.md
devils_advocate_agent	agents/devils_advocate_agent.md
ethics_review_agent	agents/ethics_review_agent.md
socratic_mentor_agent	agents/socratic_mentor_agent.md
risk_of_bias_agent	agents/risk_of_bias_agent.md
meta_analysis_agent	agents/meta_analysis_agent.md
monitoring_agent	agents/monitoring_agent.md

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参照ファイル

参照先	用途	使用エージェント
references/apa7_style_guide.md	APA第7版のクイックリファレンス	report_compiler、editor_in_chief
references/source_quality_hierarchy.md	エビデンスピラミッド＋評価ルーブリック	source_verification、bibliography
references/methodology_patterns.md	研究デザインのテンプレート	research_architect
references/logical_fallacies.md	30以上の誤謬のカタログ	devils_advocate
references/ethics_checklist.md	AIの開示、帰属表示、デュアルユース	ethics_review
references/interdisciplinary_bridges.md	分野横断的な接続パターン	synthesis、research_architect
references/socratic_questioning_framework.md	ソクラテス式質問の6つの種類＋30以上のプロンプトパターン	socratic_mentor
references/failure_paths.md	トリガーと回復手順を含む12の失敗シナリオ	すべてのエージェント
references/mode_selection_guide.md	モード選択フローチャートと比較表	orchestrator
references/orchestration_workflows.md	詳細な6フェーズ、ソクラテス式5層、システマティックレビューのフロー図	orchestrator
references/irb_decision_tree.md	IRB意思決定ツリー（米国の区分）＋台湾の手順＋HEクイックリファレンス。トルコについては alterlab-tr-research-ethics を参照	ethics_review、research_architect
references/equator_reporting_guidelines.md	EQUATOR報告ガイドラインの対応表	research_architect、report_compiler
references/preregistration_guide.md	事前登録の意思決定ツリー＋プラットフォーム＋チェックリスト	research_architect
references/systematic_review_toolkit.md	Cochrane Handbook v6.5、PRISMA 2020、RoB 2、ROBINS-I（2016年版とV2）、I²ガイド、GRADE、プロトコル登録	risk_of_bias、meta_analysis、bibliography、report_compiler
references/literature_monitoring_strategies.md	Google Scholarアラート、PubMedアラート、RSSフィード、Retraction Watch、引用追跡、モニタリング頻度	monitoring_agent

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テンプレート

テンプレート	用途
templates/research_brief_template.md	クイックモードの出力形式
templates/literature_matrix_template.md	ソース×テーマの分析マトリックス
templates/evidence_assessment_template.md	ソースごとの品質評価カード
templates/preregistration_template.md	OSF標準の21項目の事前登録テンプレート
templates/prisma_protocol_template.md	PRISMA-P 2015システマティックレビューのプロトコルテンプレート
templates/prisma_report_template.md	PRISMA 2020システマティックレビューの報告テンプレート（27項目）

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例

例	実例
examples/exploratory_research.md	6 段階のパイプライン全体の実行例
examples/systematic_review.md	PRISMA 形式の文献レビュー
examples/policy_analysis.md	比較政策研究の応用例
examples/socratic_guided_research.md	ソクラテスモードの複数ターンにわたる対話の全例（12 ラウンド）
examples/handoff_to_paper.md	alterlab-deep-research の full モードから alterlab-paper-writer への引き継ぎ
examples/review_mode.md	レビューモード：政策提言文を対象とする 3 エージェントのレビューパイプライン
examples/fact_check_mode.md	ファクトチェックモード：HEI の主張を情報源と照合し、主張ごとに判定

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出力言語

ユーザーの言語に従います。学術用語は英語のままにします。ソクラテスモードでは、自然な会話形式を使用します。

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品質基準

1. すべての主張に引用を付けること — 根拠のない断定は認めません
2. エビデンスの階層 — メタアナリシス > RCT > コホート研究 > 症例報告 > 専門家の意見
3. 矛盾の開示 — 情報源間で見解が異なる場合は、エビデンスの質を比較しながら双方の見解を報告します
4. 限界の透明性 — すべての報告に、明示的な限界のセクションを含めます
5. AI の開示 — すべての報告に、AI 支援研究ツールを使用した旨を記載します
6. 再現可能性 — 再現できるよう、検索戦略、採用基準、分析手法を文書化する必要があります
7. ソクラテス方式の原則 — ソクラテスモードでは、直接回答せず、常に質問を通じて導きます

エージェント間の品質基準の統一

エージェント間の不整合を防ぐための共通定義：

概念	定義	適用先
査読済み	正式な査読プロセスを経て学術誌に掲載されたもの（編集上の審査のみでは該当しません）。会議録は、査読済みであることが明示されている場合に限り該当します	bibliography_agent, source_verification_agent
新しさの基準	デフォルト：過去 5 年以内に出版。分野による例外：CS/AI = 3 年、歴史／哲学 = 20 年、法律 = 管轄区域の変更状況による。画期的な著作は出版年を問わず対象外	bibliography_agent, ethics_review_agent
重大度 CRITICAL	未解決の場合、中核となる結論を無効にする、または学術上の不正行為に該当する問題。パイプラインの続行前に、直ちに解決する必要があります	すべてのエージェント
情報源の層	tier_1 = 上位四分位の査読済み学術誌、tier_2 = その他の査読済み情報源、tier_3 = 学術的だが査読を経ていない情報源、tier_4 = グレー文献	bibliography_agent, source_verification_agent
情報源の最低件数	full = 15 件以上、quick = 5～8 件、lit-review = 25 件以上、systematic-review = 適格な情報源すべて（上限なし）、fact-check = 主張ごとに 3 件以上	bibliography_agent
検証基準	使用前にすべての情報源の実在を確認（verify_citations.py の判定、WebSearch によるフォールバック）。さらに、情報源の 50% 以上を WebSearch で独立に抜き取り確認（tier_3/tier_4 をすべて優先）	bibliography_agent, source_verification_agent, ethics_review_agent

他スキルとの参照：ステージ間のデータ交換形式については、shared/handoff_schemas.md を参照してください。

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他のスキルとの連携

このスキルは特定の分野に限定されず、他の AlterLab スキルと連携します：

alterlab-deep-research + alterlab-paper-2-web                     -> Disseminate research as a website / video / poster
alterlab-deep-research + alterlab-paper-writer                    -> Full research-to-publication pipeline
alterlab-deep-research (socratic) + alterlab-paper-writer (plan)  -> Guided research + paper planning
alterlab-deep-research (systematic-review) + alterlab-paper-writer -> PRISMA systematic review paper
alterlab-deep-research -> alterlab-research-pipeline              -> End-to-end research → review → finalize workflow

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バージョン履歴

現在：v2.4（frontmatter の metadata.version を参照）。最新の変更（2026-09）： 情報源の実在確認をエージェント間で統一しました（すべての情報源を使用前に alterlab-citation-verifier で確認し、「検証不能だが保持」という分類はありません）。ソクラテス方式の停止ルールを一貫した単一のルールセットに統合し、報告基準を最新の内容に更新しました（Cochrane Handbook v6.5、ROBINS-I V2、CONSORT 2025、SPIRIT 2025、 TRIPOD+AI）。v2.3 では systematic-review モード（risk_of_bias_agent と meta_analysis_agent を用いた PRISMA 2020 パイプライン）およびパイプライン後に任意で実行する monitoring_agent を追加し、チームは 13 エージェント、7 モードになりました。

AlterLab Academic Skills スイートの一部です。