alterlab-preprint-deposition

プレプリントの投稿 — サーバーを選び、投稿を準備し、公開版をリンクする

プレプリントの執筆／投稿側を扱います。完成した原稿をもとに、「プレプリントを投稿したい」という希望を、サーバーごとの具体的な計画に落とし込みます。分野に適したサーバーはどれか、入力するメタデータとカテゴリーは何か、選ぶべきライセンス（およびそれによって生じる義務）は何か、バージョン管理とプレプリントの DOI はどのように機能するか、投稿先のジャーナルはプレプリントを許可しているか、そして論文の公開後にプレプリントとどのようにリンクするかを検討します。

このスキルは、プレプリントを検索して取得する読み取り側のコネクター alterlab-arxiv と alterlab-biorxiv、およびデータリポジトリを選び、DMP を作成する alterlab-open-science を補完する、投稿側のスキルです。これらの検索／メタデータコードを再実装するものではありません。それらを呼び出します。

クイックスタート

I finished a CS paper — how do I post it to arXiv? Which category and license?
Should this biology manuscript go on bioRxiv or medRxiv?
Does Elsevier's journal X allow me to post a preprint before submission?
My preprint just got accepted — how do I link the published DOI to the arXiv version?
What license should I pick on arXiv if I might publish in a closed journal later?

→ 分野を特定する → サーバーを選ぶ（一覧表を参照） → メタデータをまとめる → ライセンスを選ぶ → 投稿前にジャーナルのポリシーを確認する → 受理後、公開版の DOI をプレプリントにリンクする。

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このスキルを使う場面

ユーザーがプレプリントについて何らかの手続きを行いたい場合、たとえば投稿先の選定、投稿先の決定、メタデータ／ライセンスの準備、ジャーナルや公開版との整合を取りたい場合に、このスキルを使います。主な用途は次のとおりです。

1. サーバーの選定 — 分野と原稿の種類に応じて、arXiv、bioRxiv、 medRxiv、ChemRxiv、SSRN、Research Square、OSF Preprints から選びます。references/server_selection.md を参照してください。
2. 投稿メタデータ — タイトル、著者と ORCID、要旨、arXiv の主カテゴリー とクロスリストカテゴリー、または bioRxiv／medRxiv の分野別コレクション、資金提供情報、各種申告事項を扱います。references/submission_metadata.md を参照してください。
3. ライセンスの選択 — 各サーバーが実際に提供しているライセンスから選び、その後に生じる義務を説明します（例：CC BY は撤回できません。後に投稿するジャーナルが、寛容なプレプリントライセンスに異議を唱える場合があります。資金提供者が CC BY を求める場合もあります）。references/licensing.md を参照してください。
4. バージョン管理と DOI — arXiv の各バージョン（v1、v2、…）は変更不可で恒久的です。取り下げは削除ではなく、取り下げを示す記録を伴う新しいバージョンとして扱われます。すべての arXiv 論文には DataCite DOI（10.48550/arXiv.<id>）も付与されます。bioRxiv／medRxiv では投稿時に Crossref DOI が割り当てられ（openRxiv のもと、2025 年 12 月以降はプレフィックス 10.64898、それ以前は 10.1101）、同じ DOI のまま改訂版を受け付けます。
5. ジャーナルのプレプリントポリシー — 投稿前に、Jisc Open Policy Finder API（旧 Sherpa Romeo）を照会し、対象ジャーナルの事前公開（プレプリント）ポリシーを確認します。references/journal_policy.md を参照してください。
6. 公開後のリンク — プレプリントを公開論文に結び付けます（サーバー上の出版社フィールドを使用します。キー不要の api.biorxiv.org /details/ レコードには、bioRxiv／medRxiv が論文を検出すると published DOI が記録されます）。

該当しない場合 — 隣接するリクエストは適切な兄弟スキルに案内する

リクエストの実際の内容…	案内先	ここではない理由
既存の arXiv プレプリントの検索／取得、arXiv ID の解決	alterlab-arxiv	閲覧側のコネクターです。このスキルは登録を行いますが、検索は行いません
文献レビュー用の既存の bioRxiv プレプリントの検索／取得	alterlab-biorxiv	閲覧側のコネクターです
データリポジトリ（Zenodo、Dryad、Figshare）の選択、助成金のDMPの作成、事前登録、FAIR	alterlab-open-science	これはデータ／DMP／リポジトリのポリシーに関するもので、原稿のプレプリント化ではありません
TÜBİTAK Apertaへの登録、açık bilim の義務、VYP	alterlab-aperta	独自のエンバーゴ規則がある、トルコの国内オープンサイエンス向けのルートです
引用文献が実際に存在するか／幻覚による DOI	alterlab-citation-verifier	存在確認であり、登録ではありません
参考文献全体のリンク切れ／404チェック	alterlab-link-health	HTTP の到達可能性の確認であり、プレプリントの投稿ではありません
投稿先ジャーナルの選定／ジャーナル投稿用のフォーマット設定	alterlab-open-science（OA ルート）、その後ジャーナル独自のガイド	このスキルが確認するのは、ジャーナルがプレプリントを許可しているかだけです

このスキルが答えるのは、**「この原稿をプレプリントとしてどのように、どこに登録すればよいか。また、ジャーナルへの投稿計画と両立するか」**です。原稿の品質や新規性、またはその研究を出版すべきかどうかについて、何らかの判断を示すものではありません。

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サーバー一覧（概要 — 詳細は references/server_selection.md）

サーバー	分野への適合性	投稿時の DOI	ライセンスの選択肢	モデレーション
arXiv（2026 年 7 月以降は独立した非営利団体）	物理学、数学、CS、計量生物学（q-bio）、q-fin、統計学、電気・システム工学（eess）、経済学	あり — DataCite 10.48550/arXiv.<id>、自動割り当て。arXiv ID が正式な識別子として維持されます	arXiv 非独占ライセンス、または CC BY / BY-SA / BY-NC-SA / BY-NC-ND 4.0 / CC0	モデレーション＋推薦（2026 年 1 月に強化）。CS のレビュー論文／ポジションペーパーには事前査読が必要です。英語の完全版が必須です
bioRxiv（openRxiv）	生命科学／生物学	あり — Crossref。2025 年 12 月以降は 10.64898/…（それ以前は 10.1101/…）	CC BY / BY-NC / BY-ND / BY-NC-ND / CC0 / 再利用不可	基本的なスクリーニング。すでにジャーナルに採択された原稿は対象外です
medRxiv（openRxiv）	臨床／健康科学	あり — bioRxiv と同じプレフィックス	bioRxiv と同じライセンスの選択肢	倫理、同意、試験登録に関する申告が必要です。症例報告、ナラティブレビュー、すでに採択された論文は対象外です
ChemRxiv	化学および隣接分野	あり — Crossref 10.26434/chemrxiv…、バージョンごと	CC BY / CC BY-NC / CC BY-NC-ND 4.0	基本的なスクリーニング。ACS、RSC、GDCh、CCS、CSJ が共同所有しています
SSRN（Elsevier）	社会科学、経済学、法学、人文学	あり — Crossref 10.2139/ssrn.<id>	著者が選択。SSRN の投稿規約に従います	簡易的なスクリーニング
Research Square	全分野。参加する Springer Nature / BMC ジャーナル向けの「In Review」に対応	あり	CC BY 4.0	著者情報、申告、健康リスクについてスクリーニングを行います
OSF Preprints	複数分野／学際分野およびコミュニティサーバー（PsyArXiv、SocArXiv など）	あり（OSF 経由の DOI）	プロバイダーによって異なります。一般 OSF：CC BY 4.0 または CC0。コミュニティサーバーでは「ライセンスなし」や NC/ND の派生形も選択できます	プロバイダーごと

上記のカテゴリ／ライセンスの各行には、各サーバーが投稿時に提示する選択肢を記載しています。 2026-09-23 に再確認済みです。ライセンスの影響（撤回不能性、ジャーナル投稿への影響、資金提供者の義務）については references/licensing.md を参照してください。トレードオフを示さずに「最適な」ライセンスだと断言してはいけません。

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ワークフロー

1. 分野を特定し、投稿先サーバーを選ぶ

原稿の分野を確認します。STEM の形式的分野（物理学／数学／コンピューターサイエンス／統計学／電気工学・システム科学／経済学／定量生物学／定量金融）→ arXiv。生物学 → bioRxiv。臨床／医療 → medRxiv。 化学 → ChemRxiv。社会科学／法学／経済学 → SSRN（または arXiv econ）。「In Review」を提供する Springer Nature／BMC のジャーナルに投稿する場合は、Research Square が統合された選択肢です。複数分野にまたがる場合、または分野固有のコミュニティサーバーを利用する場合は、OSF Preprints を選びます。例外ケースと完全な判断フローは references/server_selection.md にあります。

投稿予定日を案内する前に、サーバーの審査要件を確認してください。arXiv では現在、所属機関のメールアドレスに加えて同じ推薦ドメイン内で推薦対象となる論文を申告するか、個人による推薦が必要です（2026 年 1 月 21 日以降）。arXiv CS では、過去に査読を受けたことを示す証明がない限り、レビュー論文とポジションペーパーは投稿できません（2025 年 10 月 31 日以降）。また、bioRxiv／medRxiv は、すでにジャーナルに採択された原稿を掲載しません。

2. ジャーナルのポリシーを最初に確認する（投稿先ジャーナルが決まっている場合）

投稿前に、予定しているジャーナルがプレプリントを許可していることを確認します。scripts/journal_policy.py を使って Jisc Open Policy Finder API（https://api.openpolicyfinder.jisc.ac.uk/retrieve、item-type=publication、x-api-key ヘッダーにキーを設定）を照会します（旧 v2.sherpa.ac.uk の Sherpa Romeo API は 2026 年 7 月末に停止しました）。ジャーナルの事前公開（プレプリント）許可、条件（エンバーゴ、許可されるバージョン、必須の声明など）、および情報源へのリンクを提示します。キーを利用できない場合は、WebFetch で出版社のポリシーページを確認し、その旨を明記します。詳細：references/journal_policy.md。

主要な出版社の多くはプレプリントを許可していますが、条件はさまざまです（採択済みバージョンの投稿を禁止する場合や、DOI リンクまたは特定の告知文を求める場合があります）。記憶に頼ってポリシーを断言せず、ジャーナルごとに確認してください。

3. 投稿メタデータを準備する

サーバーに必要なメタデータをまとめます。タイトル、ORCID と所属機関を含む全著者、要旨、arXiv の主要カテゴリ＋任意のクロスリスト（または bioRxiv／medRxiv の分野別コレクション）、各種宣言（利益相反、研究資金、データ／コードの利用可能性、medRxiv の場合は倫理審査委員会（IRB）に関する情報）、および原稿ファイルです。arXiv では、論文を TeX で作成した場合は TeX／LaTeX のソースをアップロードしてください。TeX から生成した PDF は通常、arXiv で却下されます。また、論文が他の言語で書かれている場合は、英語版全文を含めてください。項目ごとの標準チェックリストは references/submission_metadata.md にあります。 既存の arXiv／bioRxiv レコードのメタデータを再利用するために検索する場合は、ここで再照会するのではなく、alterlab-arxiv／alterlab-biorxiv を利用してください。

4. ライセンスを慎重に選ぶ

選択したサーバーで実際に利用できるライセンスを提示し（一覧を参照）、ライセンスによる許諾内容を説明します。

• CC BY 4.0 — 再利用の自由度が最大です。撤回できません。オープンアクセスでないジャーナルの中には、寛容な条件のプレプリントを好ましく思わず、変更を求めるところもあります（すでに公開済みのバージョンの CC BY は撤回できません）。
• arXiv non-exclusive license 1.0 — arXiv 固有のライセンスです。著作権は保持したまま、arXiv に配布ライセンスを付与します。arXiv ではジャーナルとの摩擦が最も少ない選択肢です。
• CC BY-NC-*/-ND — 再利用の範囲がより限定されます。資金提供者のオープンアクセス義務（例：cOAlition S の Plan S は一般に CC BY を求めます）に適合するか確認してください。
• CC0 — パブリックドメインへの供与です。最も広く利用できますが、これも撤回できません。

arXiv は、選択したライセンスは撤回できず、変更もできないとしています。ただし、後のバージョンには別のライセンスを適用できる場合があります。ライセンスを推奨する前に、資金提供者の義務により特定のライセンスが必須となるか確認してください。たとえば Gates Foundation は、2025 年 1 月 1 日発効のポリシーにより、助成対象の原稿を CC BY 4.0 のプレプリントとして共有することを求めており、Plan S の資金提供者も CC BY を求めています。NIH（2025 年 7 月 1 日以降）および NSF（2026 年 1 月 22 日以降の助成金）のエンバーゴなしポリシーは、査読済みの採択原稿が対象であり、プレプリントは対象外です。完全な一覧と資金提供者の義務に関する注記：references/licensing.md。

5. 投稿後にバージョンを管理する

投稿後は、arXiv ID／プレプリント DOI とバージョンを記録します。 改訂版は 差し替え（arXiv）または新しいバージョン（bioRxiv／medRxiv）として公開されます。旧バージョンは公開されたまま変更されません。告知済みの arXiv 論文を「削除」するよう勧めてはいけません。これは不可能です。できるのは、削除通知付きの撤回バージョンを公開することだけです。

6. 採択後に出版済み論文へのリンクを追加する

論文が出版されたら、DOI をプレプリントにリンクします（arXiv の journal-ref／DOI フィールド。bioRxiv／medRxiv は多くのリンクを自動検出します）。api.biorxiv.org のコンテンツ API では、/details/{server}/{doi} レコードに、検出後の論文 DOI を示す published フィールドがあります。一方、DOI ごとの /pubs/{server}/{doi} 検索では現在 10.64898 DOI に対して何も返されないため、まず published を確認してください。これにより、プレプリントとその反対側のどちらからでも、正式版を見つけられるようになります。

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スクリプト

• scripts/journal_policy.py — ISSN またはタイトルを指定して、Jisc Open Policy Finder API に問い合わせ、ジャーナルのプレプリント／セルフアーカイブ方針を調べます（--api-key または OPEN_POLICY_FINDER_API_KEY 環境変数で無料キーが必要です。エンバーゴ期間や掲載場所を含む構造化された概要を出力し、オフライン時には手動確認を促す指示に切り替わります）。
• scripts/server_recommender.py — いくつかのフラグ（--field、--needs-doi、 --target-journal-known、--funder-requires-cc-by）を指定すると、references/server_selection.md のルールに基づき、トレードオフや利用可否に関する注意事項を添えて、推奨サーバーとライセンスの候補を出力します。
• scripts/preprint_link_check.py — キー不要の api.biorxiv.org /details/（ジャーナル名／日付については /pubs/）エンドポイントに問い合わせ、bioRxiv／medRxiv の DOI の存在を確認し、検出されたプレプリントから出版済み論文へのリンクを表示します。10.1101 と 10.64898 のどちらの DOI にも対応しています。

すべてのスクリプトは標準ライブラリを優先し（requests があればそれを使用し、なければ urllib を使用します）、素の uv run python で実行でき、Open Policy Finder への問い合わせを除いてキーは不要です。

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報告前のセルフチェック

• ジャーナルのプレプリント方針を（Open Policy Finder または公開中の出版社ページで）確認しましたか。それとも記憶に基づいて断定しましたか。出版社の方針は変更されるため、誤った「はい」は投稿の機会を失うおそれがあります。許されるのは前者だけです。
• サーバーが実際に提供しているライセンスの選択肢を明記し、撤回不能性とジャーナルとの摩擦のトレードオフを説明しましたか。単に「CC BY を使う」とだけ述べていませんか。
• 検索／取得の依頼は alterlab-arxiv／alterlab-biorxiv に、データリポジトリ／DMP の依頼は alterlab-open-science に、TÜBİTAK の依頼は alterlab-aperta に振り分け、この場で対応しないようにしましたか。
• すでに告知済みの arXiv プレプリントを「削除」するようユーザーに伝えていませんか。

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参考資料

• references/server_selection.md — 分野別の詳細なサーバー選択フローチャート。
• references/submission_metadata.md — サーバーごとのメタデータ項目チェックリスト。
• references/licensing.md — ライセンスの選択肢、撤回不能性、資金提供者の要件。
• references/journal_policy.md — Open Policy Finder API の使用方法と方針の読み方。

AlterLab Academic Skills スイートの一部です。