alterlab-research-pipeline

アカデミックパイプライン — 学術研究ワークフロー全体のオーケストレーター

研究の探索から最終原稿まで、学術パイプライン全体を管理する軽量なオーケストレーターです。実質的な作業は行わず、ステージの検出、モードの推奨、スキルのディスパッチ、遷移の管理、状態の追跡のみを行います。

v2.0 の主な改善点:

1. ユーザー確認チェックポイントの必須化 — 次のステップに進む前に、各ステージの完了についてユーザーの確認が必要です
2. 学術的誠実性の検証 — 論文の完成後、レビューに提出する前に、参考文献とデータの検証を 100% 完了する必要があります
3. 2 段階レビュー — 全体レビューと、修正後の重点検証レビュー
4. 最終的な誠実性チェック — 修正完了後、すべての引用とデータが 100% 正確であることを再検証します
5. 再現性 — 標準化されたワークフローにより、毎回一貫した品質保証を実現します
6. プロセスの記録 — パイプラインの完了後、人間と AI の協働の履歴を記録した「論文作成プロセス記録」PDF を自動生成します

クイックスタート

ワークフロー全体（最初から開始）：

I want to write a research paper on the impact of AI on higher education quality assurance

--> alterlab-research-pipeline が起動し、ステージ 1（RESEARCH）から開始します

途中から開始（既存の論文がある場合）：

I already have a paper, help me review it

--> alterlab-research-pipeline が途中からの開始を検出し、ステージ 2.5（INTEGRITY）から開始します

修正モード（査読者のフィードバックを受け取った場合）：

I received reviewer comments, help me revise

--> alterlab-research-pipeline が検出し、ステージ 4（REVISE）から開始します

実行の流れ:

1. ユーザーの現在のステージと利用可能な資料を検出します
2. 各ステージに最適なモードを推奨します
3. 各ステージに対応するスキルをディスパッチします
4. 各ステージの完了後、ユーザーに確認を促し、確認を待ちます
5. 進捗を継続的に追跡します。パイプラインステータスダッシュボードはいつでも利用できます

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トリガー条件

トリガーキーワード

英語: academic pipeline, research to paper, full paper workflow, paper pipeline, end-to-end paper, research-to-publication, complete paper workflow

トリガーされないケース

ケース	使用するスキル
資料の検索または文献レビューのみが必要	alterlab-deep-research
論文執筆のみが必要（研究フェーズは不要）	alterlab-paper-writer
論文のレビューのみが必要	alterlab-paper-reviewer
引用形式の確認のみが必要	alterlab-paper-writer（citation-check モード）
論文形式の変換のみが必要	alterlab-paper-writer（format-convert モード）

トリガーの除外条件

• ユーザーが単一の機能（資料の検索のみ、引用の確認のみなど）を必要としている場合、パイプラインは不要です。対応するスキルを直接トリガーしてください
• ユーザーがすでにスキルの特定のモードを使用している場合、パイプラインへ無理に移行させないでください
• パイプラインの使用は任意であり、必須ではありません

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パイプラインのステージ（10 ステージ）

ステージ	名前	呼び出されるスキル／エージェント	利用可能なモード	成果物
1	RESEARCH	alterlab-deep-research	socratic, full, quick	RQ ブリーフ、方法論、参考文献、統合
2	WRITE	alterlab-paper-writer	plan, full	論文の草稿
2.5	INTEGRITY	integrity_verification_agent	pre-review	整合性検証レポート＋修正済み論文
3	REVIEW	alterlab-paper-reviewer	full（Devil's Advocate を含む）	5 件の査読レポート＋編集判断＋改訂ロードマップ
4	REVISE	alterlab-paper-writer	revision	改訂稿、査読者への回答
3'	RE-REVIEW	alterlab-paper-reviewer	re-review	検証査読レポート：改訂回答チェックリスト＋残存課題
4'	RE-REVISE	alterlab-paper-writer	revision	第 2 改訂稿（必要な場合）
4.5	FINAL INTEGRITY	integrity_verification_agent	final-check	最終検証レポート（次へ進むには 100% の合格が必須）
5	FINALIZE	alterlab-paper-writer	format-convert	最終論文（デフォルトは MD＋DOCX。LaTeX について確認し、正確性を確認してから PDF を作成）
6	PROCESS SUMMARY	orchestrator	auto	論文作成プロセスの記録：MD＋LaTeX から PDF へ（バイリンガル）

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パイプライン状態マシン

1. Stage 1 RESEARCH -> ユーザーの確認 -> Stage 2
2. Stage 2 WRITE -> ユーザーの確認 -> Stage 2.5
3. Stage 2.5 INTEGRITY -> PASS -> Stage 3（FAIL -> 修正して再検証、最大 3 回）
4. Stage 3 REVIEW -> Accept -> Stage 4.5 / Minor|Major -> Stage 4 / Reject -> Stage 2 または終了
5. Stage 4 REVISE -> ユーザーの確認 -> Stage 3'
6. Stage 3' RE-REVIEW -> Accept|Minor -> Stage 4.5 / Major -> Stage 4'
7. Stage 4' RE-REVISE -> ユーザーの確認 -> Stage 4.5（査読には戻らない）
8. Stage 4.5 FINAL INTEGRITY -> PASS（課題ゼロ）-> Stage 5（FAIL -> 修正して再検証）
9. Stage 5 FINALIZE -> MD＋DOCX -> LaTeX について確認 -> 確認 -> PDF -> Stage 6
10. Stage 6 PROCESS SUMMARY -> 言語バージョンを確認 -> プロセス記録の MD を生成 -> LaTeX -> PDF -> 終了

状態遷移の定義については、references/pipeline_state_machine.md を参照してください。

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適応型チェックポイントシステム

基本ルール：各ステージの完了後、システムは必ずユーザーに確認を促し、確認を待つ必要があります。チェックポイントの提示内容は、状況とユーザーの関与度に応じて調整されます。

チェックポイントの種類

種類	使用するタイミング	内容
FULL	最初のチェックポイント、整合性確認の節目の後、最終化の前	成果物の全リスト＋判断ダッシュボード＋すべての選択肢
SLIM	重要でないステージで「続行」の応答が 2 回以上連続した後	1 行のステータス＋5 秒後に自動続行
MANDATORY	Integrity が FAIL の場合、査読判断時、Stage 5	スキップ不可。ユーザーの明示的な入力が必要

判断ダッシュボード（FULL チェックポイントで表示）

━━━ Stage [X] [Name] Complete ━━━

Metrics:
- Word count: [N] (target: [T] +/-10%)    [OK/OVER/UNDER]
- References: [N] (min: [M])              [OK/LOW]
- Coverage: [N]/[T] sections drafted       [COMPLETE/PARTIAL]
- Quality indicators: [score if available]

Deliverables:
- [Material 1]
- [Material 2]

Flagged: [any issues detected, or "None"]

Ready to proceed to Stage [Y]? You can also:
1. View progress (say "status")
2. Adjust settings
3. Pause pipeline
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

適応ルール

1. 最初のチェックポイント：常に FULL
2. 確認せずに「続行」が 2 回以上連続した後：ユーザーに状況を知らせる（「自動続行が [N] 回行われました。進捗を確認しますか？」）
3. 整合性確認の節目（Stage 2.5、4.5）：常に MANDATORY
4. 査読判断（Stage 3、3'）：常に MANDATORY
5. 最終化の前（Stage 5）：常に MANDATORY
6. その他すべてのステージ：FULL から開始し、ユーザーが「そのまま続行」と言った場合は SLIM に変更

チェックポイントのルール

1. 必須チェックポイントは自動でスキップできません：前のステージの結果が完璧でも、必須チェックポイントではユーザーの明示的な入力が必要です。
2. ユーザーは調整できます：FULL および必須チェックポイントでは、ユーザーは次のステップのモードや設定を変更できます。
3. 一時停止に対応：ユーザーはどのチェックポイントでも一時停止し、後から再開できます。
4. SLIM モード：ユーザーが「そのまま続けて」または「完全に自動で」と指示した場合、以降の重要度の低いチェックポイントは SLIM 形式（1 行のステータス表示＋自動続行）に切り替わりますが、通知は引き続き送信されます。
5. 意識維持ガード：自動続行が 4 回以上連続すると、ステージの種類にかかわらず、ユーザーの関与を確保するため FULL チェックポイントが挿入されます。

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エージェントチーム（3 エージェント）

#	エージェント	役割	ファイル
1	pipeline_orchestrator_agent	メインオーケストレーター：ステージを検出し、モードを推奨し、スキルを実行し、遷移を管理します	agents/pipeline_orchestrator_agent.md
2	state_tracker_agent	状態トラッカー：完了したステージ、作成した資料、修正ループの回数を記録します	agents/state_tracker_agent.md
3	integrity_verification_agent	整合性検証エージェント：参考文献・引用・データを 100% 検証します	agents/integrity_verification_agent.md

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オーケストレーターのワークフロー

オーケストレーターは各ステージで 4 つのステップからなるループを実行します。

1. 受付と検出 — ユーザーの資料を分析して開始ステージを選択します（資料なし -> Stage 1、論文の草稿 -> Stage 2.5、査読コメント -> Stage 4、最終草稿 -> Stage 5）。開始地点と目標を確認します。
2. モードの推奨 — ユーザーのタイプに応じて、各ステージのモードを推奨します（初心者 -> ソクラテス式／計画／ガイド付き、経験者 -> フル、時間に制約がある場合 -> クイック）。トレードオフを説明し、ユーザーが選べるようにします。
3. ステージの実行 — ステージのスキルを振り分け（作業自体は行いません）、完了を監視し、成果物をまとめ、state_tracker_agent を介して状態を更新した後、必須チェックポイントを提示します。
4. 遷移 — 確認後、ステージごとの引き継ぎプロトコルに従って成果物を引き渡し、次のステージを開始します。

検出の完全な判断ツリー、モード選択マトリックス、およびステージごとの引き継ぎ対応表については、references/orchestrator_workflow.md を参照してください。

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整合性および 2 段階査読プロトコル（v2.0）

Stage 2.5 — 初回整合性チェック（査読前）： WRITE の後、REVIEW の前に実施します。integrity_verification_agent の Mode 1 が Phases A-E を実行します（参考文献の存在を 100% 確認、引用と文脈のスポットチェックを 30% 以上、統計データを 100% 確認、オリジナリティ＋自己盗用を 30% 以上確認、主張のスポットチェックを 30%／最低 10 件）。PASS -> Stage 3、FAIL -> 修正項目リストを提示し、項目ごとに修正して再検証します（最大 3 ラウンド）。

Stage 4.5 — 最終整合性チェック（修正後）： RE-REVISE／RE-REVIEW-Accept の後、FINALIZE の前に実施します。Mode 2 が Phases A-E を全件確認し（引用と文脈を 100% 確認、主張を 100% 検証、MAJOR_DISTORTION がゼロ、UNVERIFIABLE がゼロであることが必須）、Stage 2.5 のすべての問題が解決済みであることを照合します。Stage 5 に進むには、問題がゼロの状態で PASS する必要があります。

Stage 3 — 初回査読： EIC + R1（方法論）+ R2（分野）+ R3（学際的視点）+ Devil's Advocate。出力：5 件の報告書 + 編集判断 + 修正ロードマップ + ソクラテス式修正コーチング。Accept -> Stage 4.5／Minor|Major -> Stage 4／Reject -> Stage 2 または終了。

Stage 3' — 検証査読： 修正済み草稿 + Response to Reviewers に対して re-review モードを実行します。出力：修正内容と回答の比較表 + 新たな問題のリスト + 新しい編集判断。Accept|Minor -> Stage 4.5／Major -> Stage 4'。

修正コーチング（Stage 3->4、最大 8 ラウンド）と残余コーチング（Stage 3'->4'、最大 5 ラウンド）では、EIC のソクラテス式対話を使用します。ユーザーは「そのまま直して」と指示してスキップできます。フェーズごとの完全な実行手順、結果の処理、コーチングの詳細については、references/integrity_and_review_protocols.md を参照してください。

中途エントリープロトコル

ユーザーはどのステージからでも開始できます。オーケストレーターは次の処理を行います。

1. 資料を検出する：ユーザーが提供した内容を分析し、利用可能な資料を特定します
2. 不足を特定する：対象ステージに必要な前提資料を確認します
3. 遡って補うことを提案する：重要な資料が不足している場合、前のステージに戻るべきか提案します
4. 直接開始する：資料が十分な場合、指定されたステージを直接開始します

重要：中途エントリーではステージ 2.5 をスキップできません

• ユーザーが論文を持ち込み、直接エントリーする場合は、ステージ 3（REVIEW）の前に必ずステージ 2.5（INTEGRITY）を実施します
• 例外は、ユーザーが以前の完全性検証レポートを提供し、内容が変更されていない場合のみです

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外部レビューのプロトコル（v2.5 で追加）

シナリオ：ユーザーが学術誌に投稿し、実際の人間の査読者からフィードバックを受け、そのコメントをパイプラインに持ち込みます。

トリガー：ユーザーが「査読者コメントを受け取りました」「査読者コメント」「改訂して再投稿」などと言った場合。

内部の模擬査読とは異なり、外部レビューでは、無条件に受け入れるのではなく、評価（受け入れる／一部受け入れる／却下する）が必要な、形式が統一されていない品質にもばらつきのある人間のコメントを扱います。4 段階のワークフローは、（1）コメントを受け取り、構造化して外部レビュー概要にまとめ、ユーザーの確認を得る、（2）戦略的な改訂指導（Major コメントごとに判断＋戦略＋リスク評価を行い、「すべて受け入れる」ことを既定とせず、最大 8 ラウンド）、（3）改訂と、査読者への回答書の項目別作成、（4）完全性／一貫性／真実性を自己検証する、です。能力の限界については正直に扱います。AI による検証は人間の査読者の満足を意味するものではなく、最終的な学術的判断は研究者に委ねられます。

詳細な比較表、各ステップのテンプレート（外部レビュー概要、査読者への回答書）、指導用の質問、4 つの能力限界に関する注意事項については、references/external_review_protocol.md を参照してください。

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進捗ダッシュボード

ユーザーはいつでも「status」または「pipeline status」と言うことで、次の内容を確認できます。

+=============================================+
|   Academic Pipeline v2.0 Status             |
+=============================================+
| Topic: Impact of AI on Higher Education     |
|        Quality Assurance                    |
+---------------------------------------------+

  Stage 1   RESEARCH          [v] Completed
  Stage 2   WRITE             [v] Completed
  Stage 2.5 INTEGRITY         [v] PASS (62/62 refs verified)
  Stage 3   REVIEW (1st)      [v] Major Revision (5 items)
  Stage 4   REVISE            [v] Completed (5/5 addressed)
  Stage 3'  RE-REVIEW (2nd)   [v] Accept
  Stage 4'  RE-REVISE         [-] Skipped (Accept)
  Stage 4.5 FINAL INTEGRITY   [..] In Progress
  Stage 5   FINALIZE          [ ] Pending
  Stage 6   PROCESS SUMMARY   [ ] Pending

+---------------------------------------------+
| Integrity Verification:                     |
|   Pre-review:  PASS (0 issues)              |
|   Final:       In progress...               |
+---------------------------------------------+
| Review History:                             |
|   Round 1: Major Revision (5 required)      |
|   Round 2: Accept                           |
+=============================================+

出力テンプレートについては、templates/pipeline_status_template.md を参照してください。

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改訂ループの管理

• ステージ 3（初回レビュー） -> ステージ 4（改訂） -> ステージ 3'（検証レビュー） -> ステージ 4'（再改訂、必要な場合） -> ステージ 4.5（最終検証）
• 再改訂は最大 1 ラウンド（ステージ 4'）：ステージ 3' で Major となった場合は、ステージ 4' で改訂した後、レビューには戻らず、そのままステージ 4.5 に進みます
• パイプラインでは alterlab-paper-writer の最大 2 回の改訂ルールを上書きします：パイプラインにおける改訂は、ステージ 4 とステージ 4'（各 1 ラウンド）に制限され、alterlab-paper-writer の最大 2 ラウンドのルールに置き換わります
• 未解決の問題は「認識済みの限界」として記録します
• 累積改訂履歴（各ラウンドの判断、対応項目、未解決項目）を提示します

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再現性

v2.0 の設計では、実行のたびに一貫した品質保証が実現されます。スキップできない必須のステージ 2.5 と 4.5 の完全性チェック、固定された 5 つの査読視点（EIC + R1/R2/R3 + Dev​​il's Advocate）、標準化された検証検索テンプレート、明示的な PASS/FAIL のしきい値（SERIOUS がゼロ + MEDIUM がゼロ + MAJOR_DISTORTION がゼロ + UNVERIFIABLE がゼロ）、および事後監査用に記録される各ステージの成果物が含まれます。パイプラインの終了時には、state_tracker_agent が完全な監査証跡を作成します。

標準化ワークフローの保証表と、パイプライン終了時の監査証跡テンプレート全体については、references/reproducibility_and_audit.md を参照してください。

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ステージ 6：プロセス概要プロトコル（v2.4 で追加）

トリガー：ステージ 5（FINALIZE）の完了後 目的：論文作成プロセスにおける人間と AI の協働の全履歴を記録し、ユーザーによる共有、報告、振り返りに活用します

ワークフロー：使用言語の希望を確認する（英語、ユーザーが使用する別の言語（例：トルコ語）、または両方） -> セッション履歴を確認し、ユーザーの発言、ステージごとの判断、反復の詳細、パイプラインの統計をまとめる -> Markdown（paper_creation_process.md / _en.md）を生成する -> LaTeX に変換し、tectonic で PDF をコンパイルする（概要に中国語、日本語、韓国語のテキストが含まれる場合に限り、xeCJK と Source Han Serif などの CJK フォントを使用）。記録の最後には、必須の協働品質評価を含めます。これは /insight 形式の最終章で、6 つの評価軸（方向性の設定、知的貢献、品質の管理、反復の規律、委任の効率、メタ学習）に基づいてユーザーを 1～100 点で評価し、率直で、根拠に基づいた建設的な分析を行います（効果的だった点／見逃した機会／推奨事項／人間と AI の付加価値／Claude の自己省察）。

ワークフローの全手順、必須コンテンツの表、6 軸のスコアカード、採点基準の段階、必須のサブセクション、評価原則、出力仕様については、references/process_summary_protocol.md を参照してください。

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品質基準

評価軸	要件
ステージの検出	ユーザーの現在のステージと利用可能な資料を正しく特定する
モードの推奨	ユーザーの好みと資料の状況に基づいて適切なモードを推奨する
資料の引き継ぎ	ステージ間で引き継ぐ資料が完全で、正しくフォーマットされている
状態の追跡	パイプラインの状態がリアルタイムで更新され、進捗ダッシュボードが正確である
必須チェックポイント	各ステージの完了後、ユーザーの確認が必須
必須の整合性チェック	ステージ 2.5 と 4.5 はスキップ不可であり、PASS が必須
越権の禁止	オーケストレーターは実質的な調査・執筆・レビューを行わず、振り分けのみを行う
強制の禁止	ユーザーはいつでもパイプラインを一時停止または終了できる（ただし、整合性チェックはスキップできない）
再現可能性	同じ入力であれば、異なるセッションでも同じワークフローに従う

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エラーからの復旧

ステージ	エラー	対応
受付	開始地点を特定できない	どのような資料があるか、目標は何かをユーザーに尋ねる
ステージ 1	alterlab-deep-research が収束しない	モードの切り替え（socratic -> full）または範囲の縮小を提案する
ステージ 2	研究の基盤が不足している	研究を補うため、ステージ 1 に戻ることを提案する
ステージ 2.5	3 回の修正ラウンド後も FAIL	検証できない項目を列挙し、続行するかどうかをユーザーに委ねる
ステージ 3	レビュー結果が Reject	大幅な再構成（ステージ 2）または中止の選択肢を提示する
ステージ 4	すべての項目で修正が未完了	未対応の項目を列挙し、続行するかどうかを尋ねる
ステージ 3'	検証で重大な問題が残っている	最終修正のため、ステージ 4' に進む
ステージ 4'	修正後も問題が残っている	「認識済みの制約事項」として記録し、ステージ 4.5 に進む
ステージ 4.5	最終検証が FAIL	修正して再検証する（最大 3 回）
すべて	ユーザーが途中で離脱する	パイプラインの状態を保存し、次回は中断地点から再開できる
すべて	スキルの実行に失敗する	エラーを報告し、再試行またはスキップを提案する

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エージェントファイルの参照先

エージェント	定義ファイル
pipeline_orchestrator_agent	agents/pipeline_orchestrator_agent.md
state_tracker_agent	agents/state_tracker_agent.md
integrity_verification_agent	agents/integrity_verification_agent.md

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参考ファイル

参考資料	目的
references/pipeline_state_machine.md	完全な状態遷移の定義：すべての合法な遷移、前提条件、アクション
references/orchestrator_workflow.md	4ステップのオーケストレーションループ全体：検出の判断ツリー、モード選択マトリックス、ステージごとの引き継ぎマッピング
references/integrity_and_review_protocols.md	ステージ 2.5/4.5 の整合性ゲートとステージ 3/3' の2段階レビュー：フェーズごとの実行手順とコーチングの詳細
references/external_review_protocol.md	外部（実際のジャーナル）レビューのワークフロー全体：受付テンプレート、戦略的コーチング、査読者への回答、対応可能範囲
references/reproducibility_and_audit.md	標準化されたワークフローの保証表と、パイプライン終了時の監査証跡テンプレート全体
references/process_summary_protocol.md	ステージ 6 のプロセス記録：ワークフロー、必須コンテンツ、コラボレーション品質評価のスコアカード、出力仕様
references/plagiarism_detection_protocol.md	フェーズ D の独創性検証プロトコル、自己盗用、AI テキストの特徴
references/mode_advisor.md	統合されたスキル横断の判断ツリー：ユーザーの意図を最適なスキルとモードに対応付け
references/claim_verification_protocol.md	フェーズ E の主張検証プロトコル：主張の抽出、出典の追跡、相互参照、判定分類
references/team_collaboration_protocol.md	複数人チームの調整：役割の定義、引き継ぎプロトコル、バージョン管理、競合の解決
shared/handoff_schemas.md	スキル横断のデータ契約：すべてのステージ間引き継ぎアーティファクトに対応する9つのスキーマ

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テンプレート

テンプレート	目的
templates/pipeline_status_template.md	進捗ダッシュボードの出力テンプレート

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例

例	説明内容
examples/full_pipeline_example.md	完全なパイプラインの会話ログ（整合性チェックと2段階レビューを含むステージ 1～5）
examples/mid_entry_example.md	ステージ 2.5 から開始する途中参加の例（既存論文 → 整合性チェック → レビュー → 改訂 → 最終化）

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出力言語

ユーザーの言語に従います。学術用語は英語のまま使用します。

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他のスキルとの連携

alterlab-research-pipeline dispatches the following skills (does not do work itself):

Stage 1: alterlab-deep-research
  - socratic mode: Guided research exploration
  - full mode: Complete research report
  - quick mode: Quick research summary

Stage 2: alterlab-paper-writer
  - plan mode: Socratic chapter-by-chapter guidance
  - full mode: Complete paper writing

Stage 2.5: integrity_verification_agent (Mode 1: pre-review)
Stage 4.5: integrity_verification_agent (Mode 2: final-check)

Stage 3: alterlab-paper-reviewer
  - full mode: Complete 5-person review (EIC + R1/R2/R3 + Devil's Advocate)

Stage 3': alterlab-paper-reviewer
  - re-review mode: Verification review (focused on revision responses)

Stage 4/4': alterlab-paper-writer (revision mode)
Stage 5: alterlab-paper-writer (format-convert mode)
  - Step 1: Ask user which academic formatting style (APA 7.0 / Chicago / IEEE, etc.)
  - Step 2: Auto-produce MD + DOCX
  - Step 3: Produce LaTeX (using corresponding document class, e.g., apa7 class for APA 7.0)
  - Step 4: After user confirms content is correct, tectonic compiles PDF (final version)
  - Fonts: Times New Roman (Latin scripts, including Turkish) + Courier New (monospace); add a CJK font such as Source Han Serif only when the paper contains Chinese, Japanese, or Korean text
  - PDF must be compiled from LaTeX (HTML-to-PDF is prohibited)

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関連スキル

スキル	関係
alterlab-deep-research	ディスパッチ先（ステージ 1 の研究フェーズ）
alterlab-paper-writer	ディスパッチ先（ステージ 2 の執筆、ステージ 4/4' の改訂、ステージ 5 の書式設定）
alterlab-paper-reviewer	ディスパッチ先（ステージ 3 の初回レビュー、ステージ 3' の検証レビュー）

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バージョン履歴

バージョン 2.7（2026-09-23）。以前の変更：references/changelog.md。