biomedical-search

生物医学検索

Valyu のセマンティック検索 API を利用し、自然言語クエリで主要な生物医学データベース（PubMed、bioRxiv、medRxiv、ClinicalTrials.gov、FDA の医薬品ラベル）を同時に検索します。

このスキルが強力な理由

• API パラメーターの解析不要：自然言語のクエリをそのまま渡すだけで、複雑な検索パラメーターを組み立てる必要はありません
• セマンティック検索：キーワードの一致だけでなく、クエリの意味を理解します
• 全文へのアクセス：文献、試験、医薬品ラベルの完全な内容を返します
• 画像リンク：利用可能な場合は、図や画像を含みます
• 包括的なカバレッジ：PubMed、bioRxiv、medRxiv、臨床試験、医薬品ラベルを同時に検索します
• 統合された結果：1 回のクエリで、すべての生物医学情報源から結果を取得できます

要件

1. Node.js 18 以降（組み込みの fetch を使用）
2. Valyu API キー（https://platform.valyu.ai から取得。10 ドル分の無料クレジット付き）

重要：スクリプトパスの解決

このドキュメントに記載されている scripts/search コマンドは、このスキルのインストールディレクトリからの相対パスです。

コマンドを実行する前に、次の方法でスクリプトを見つけてください。

BIOMEDICAL_SCRIPT=$(find ~/.claude/plugins/cache -name "search" -path "*/biomedical-search/*/scripts/*" -type f 2>/dev/null | head -1)

その後、すべてのコマンドでフルパスを使用してください。

$BIOMEDICAL_SCRIPT "CAR-T cell therapy" 20

API キーの設定手順

検索を実行して "setup_required": true を受け取った場合は、次の手順に従ってください。

1. ユーザーに API キーを尋ねます。 「生物医学データベースを検索するには、Valyu API キーが必要です。https://platform.valyu.ai から無料で取得できます（10 ドル分のクレジット付き）。」

2. ユーザーからキーを受け取ったら、次を実行します。

   scripts/search setup <api-key>
   

3. 元の検索を再試行します。

このスキルを使用する場面

• 生物医学情報を包括的に収集するとき
• 臨床研究と基礎科学を組み合わせるとき
• 試験、文献、公式な医薬品情報をまとめて探すとき
• エビデンスに基づく医療の研究
• 多角的な疾患理解

出力形式

{
  "success": true,
  "type": "biomedical_search",
  "query": "CAR-T cell therapy",
  "result_count": 20,
  "results": [
    {
      "title": "Title",
      "url": "https://...",
      "content": "Full content...",
      "source": "pubmed|biorxiv|medrxiv|clinical-trials|drug-labels",
      "relevance_score": 0.95,
      "images": ["https://example.com/figure1.jpg"]
    }
  ],
  "cost": 0.035
}

結果の処理

jq を使用する場合

# Get titles
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[].title'

# Get URLs
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[].url'

# Extract full content
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[].content'

# Filter by source type
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[] | select(.source == "clinical-trials") | .title'

よくある使用例

臨床研究の計画

# Gather evidence for clinical study design
scripts/search "phase 2 trials checkpoint inhibitors melanoma" 50

医薬品の安全性評価

# Search literature, labels, and trials for safety data
scripts/search "SGLT2 inhibitors cardiovascular safety" 40

治療プロトコルの作成

# Find current practice and emerging approaches
scripts/search "pembrolizumab dosing regimens NSCLC" 30

医療文書の執筆

# Comprehensive research for medical communications
scripts/search "JAK inhibitors rheumatoid arthritis efficacy" 60

エラー処理

すべてのコマンドは success フィールドを含む JSON を返します。

{
  "success": false,
  "error": "Error message"
}

終了コード：

• 0 - 成功
• 1 - エラー（詳細は JSON を確認してください）

API エンドポイント

• ベース URL：https://api.valyu.ai/v1
• エンドポイント：/search
• 認証：X-API-Key ヘッダー

アーキテクチャ

scripts/
├── search          # Bash wrapper
└── search.mjs      # Node.js CLI

Node.js 組み込みの fetch() を使用した直接 API 呼び出しで、外部依存関係はありません。

プロジェクトへの追加

AI プロジェクトを構築していて、生物医学検索をアプリケーションに直接統合したい場合は、Valyu SDK を使用してください。

Python との統合

from valyu import Valyu

client = Valyu(api_key="your-api-key")

response = client.search(
    query="your search query here",
    included_sources=["valyu/valyu-pubmed", "valyu/valyu-biorxiv", "valyu/valyu-medrxiv", "valyu/valyu-clinical-trials", "valyu/valyu-drug-labels"],
    max_results=20
)

for result in response["results"]:
    print(f"Title: {result['title']}")
    print(f"URL: {result['url']}")
    print(f"Content: {result['content'][:500]}...")

TypeScript との統合

import { Valyu } from "valyu-js";

const client = new Valyu("your-api-key");

const response = await client.search({
  query: "your search query here",
  includedSources: ["valyu/valyu-pubmed", "valyu/valyu-biorxiv", "valyu/valyu-medrxiv", "valyu/valyu-clinical-trials", "valyu/valyu-drug-labels"],
  maxResults: 20
});

response.results.forEach((result) => {
  console.log(`Title: ${result.title}`);
  console.log(`URL: ${result.url}`);
  console.log(`Content: ${result.content.substring(0, 500)}...`);
});

統合例と SDK リファレンスの詳細については、Valyu のドキュメントを参照してください。