biorxiv-search

bioRxiv 検索

Valyu のセマンティック検索 API を活用した自然言語クエリで、生物科学のプレプリントを収録した bioRxiv データベース全体を検索します。

このスキルが強力な理由

• API パラメーターの解析不要：自然言語のクエリをそのまま渡すだけで、複雑な検索パラメーターを組み立てる必要はありません
• セマンティック検索：キーワードの一致だけでなく、クエリの意味を理解します
• 全文へのアクセス：要旨だけでなく、論文の全文を取得します
• 画像リンク：論文の図や画像を含みます
• 幅広い収録範囲：生物科学分野の bioRxiv プレプリントすべてにアクセスできます

要件

1. Node.js 18 以降（組み込みの fetch を使用）
2. https://platform.valyu.ai で取得できる Valyu API キー（10 ドル分の無料クレジット付き）

重要：スクリプトのパス解決

このドキュメントに記載されている scripts/search コマンドは、このスキルのインストールディレクトリからの相対パスです。

コマンドを実行する前に、次のコマンドでスクリプトの場所を特定してください。

BIORXIV_SCRIPT=$(find ~/.claude/plugins/cache -name "search" -path "*/biorxiv-search/*/scripts/*" -type f 2>/dev/null | head -1)

次に、すべてのコマンドでフルパスを使用します。

$BIORXIV_SCRIPT "CRISPR gene editing" 15

API キーの設定手順

検索を実行して "setup_required": true が返された場合は、次の手順に従ってください。

1. ユーザーに API キーを求めます。 「bioRxiv を検索するには Valyu API キーが必要です。https://platform.valyu.ai で無料のキー（10 ドル分のクレジット付き）を取得してください」

2. ユーザーからキーを受け取ったら、次を実行します。

   scripts/search setup <api-key>
   

3. 元の検索を再試行します。

手順の例：

User: Search bioRxiv for CRISPR advances
→ Response: {"success": false, "setup_required": true, ...}
→ Claude asks: "Please provide your Valyu API key from https://platform.valyu.ai"
→ User: "val_abc123..."
→ Claude runs: scripts/search setup val_abc123...
→ Response: {"success": true, "type": "setup", ...}
→ Claude retries: scripts/search "CRISPR advances" 10
→ Success!

このスキルの使用場面

• まだ学術誌に掲載されていない生物学研究を探す
• 複数の分野にまたがる生命科学研究を探す
• 未公開の実験データにすばやくアクセスする
• 疾患メカニズムの研究
• 進化生物学および発生生物学の研究
• 生態学研究および保全生物学

出力形式

{
  "success": true,
  "type": "biorxiv_search",
  "query": "CRISPR gene editing",
  "result_count": 10,
  "results": [
    {
      "title": "Article Title",
      "url": "https://biorxiv.org/content/...",
      "content": "Full article text with figures...",
      "source": "biorxiv",
      "relevance_score": 0.95,
      "images": ["https://example.com/figure1.jpg"]
    }
  ],
  "cost": 0.025
}

結果の処理

jq を使用する場合

# Get article titles
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].title'

# Get URLs
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].url'

# Extract full content
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].content'

よくある使用例

分子生物学

# Find recent molecular biology papers
scripts/search "protein-protein interaction networks" 50

神経科学

# Search for neuroscience research
scripts/search "optogenetics in behavior studies" 20

ゲノミクス

# Find genomics papers
scripts/search "single cell RNA sequencing analysis" 15

発生生物学

# Search for developmental biology papers
scripts/search "embryonic stem cell differentiation" 25

エラー処理

すべてのコマンドは success フィールドを含む JSON を返します。

{
  "success": false,
  "error": "Error message"
}

終了コード：

• 0 - 成功
• 1 - エラー（詳細は JSON を確認してください）

API エンドポイント

• ベース URL：https://api.valyu.ai/v1
• エンドポイント：/search
• 認証：X-API-Key ヘッダー

アーキテクチャ

scripts/
├── search          # Bash wrapper
└── search.mjs      # Node.js CLI

Node.js 組み込みの fetch() を使って API を直接呼び出すため、外部依存関係はありません。

プロジェクトへの追加

AI プロジェクトを構築していて、bioRxiv Search をアプリケーションに直接統合する場合は、Valyu SDK を使用してください。

Python 統合

from valyu import Valyu

client = Valyu(api_key="your-api-key")

response = client.search(
    query="your search query here",
    included_sources=["valyu/valyu-biorxiv"],
    max_results=20
)

for result in response["results"]:
    print(f"Title: {result['title']}")
    print(f"URL: {result['url']}")
    print(f"Content: {result['content'][:500]}...")

TypeScript 統合

import { Valyu } from "valyu-js";

const client = new Valyu("your-api-key");

const response = await client.search({
  query: "your search query here",
  includedSources: ["valyu/valyu-biorxiv"],
  maxResults: 20
});

response.results.forEach((result) => {
  console.log(`Title: ${result.title}`);
  console.log(`URL: ${result.url}`);
  console.log(`Content: ${result.content.substring(0, 500)}...`);
});

統合例と SDK リファレンスの詳細については、Valyu のドキュメントをご覧ください。