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bioskills

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github.com/gptomicsエージェントワークフロー1.2k242 回インストール11 週間前に更新
リポジトリ

bioskills について

bioSkills Installer は、生物情報学スキル集を導入するメタスキルです。研究者やエージェントは全スキルをインストールするか、RNA-seq、バリアント検出、シングルセル解析などのカテゴリを選べます。

主な機能

  1. 01bioSkills 全体のインストール
  2. 02カテゴリを指定したインストール
  3. 03生物情報学の 62 カテゴリを収録
  4. 04エンドツーエンド解析ワークフローを収録

活用シーン

  1. 01RNA-seq 解析スキルを導入する
  2. 02エージェントにバリアント検出スキルを追加する
  3. 03シングルセル解析機能を設定する

インストール

コマンドをコピーしてターミナルで実行します。

$npx skills add https://github.com/gptomics/bioskills --skill bioskills

インストール後、Claude Code で/bioskillsを入力して読み込まれたか確認します。

同梱ファイルscripts/install-bioskills.sh

詳細

bioSkills インストーラー

バイオインフォマティクス解析用の bioSkills コレクション全体（62 カテゴリにわたる 425 個のスキル）をインストールするメタスキルです。

インストール

同梱のインストールスクリプトを実行して、すべての bioSkills をダウンロードしてインストールします。

bash scripts/install-bioskills.sh

または、特定のカテゴリだけをインストールします。

bash scripts/install-bioskills.sh --categories "single-cell,variant-calling,differential-expression"

インストールされる内容

以下をカバーする、62 カテゴリにわたる 425 個のスキルがインストールされます。

  • 配列とアラインメント（40）：sequence-io、sequence-manipulation、alignment、alignment-files、database-access
  • リード処理（11）：read-qc、read-alignment
  • RNA-seq と発現（14）：differential-expression、rna-quantification、expression-matrix
  • シングルセルと空間解析（25）：single-cell、spatial-transcriptomics
  • バリアント解析（21）：variant-calling、copy-number、phasing-imputation
  • エピゲノミクス（25）：chip-seq、atac-seq、methylation-analysis、hi-c-analysis
  • メタゲノミクスとマイクロバイオーム（13）：metagenomics、microbiome
  • ゲノミクスとアセンブリ（29）：genome-assembly、genome-annotation、genome-intervals、genome-engineering、primer-design
  • 制御と因果（13）：gene-regulatory-networks、causal-genomics、rna-structure
  • 時間的解析と生態学（11）：temporal-genomics、ecological-genomics
  • 免疫学と臨床（25）：immunoinformatics、clinical-databases、tcr-bcr-analysis、epidemiological-genomics
  • 専門オミクス（36）：proteomics、metabolomics、alternative-splicing、chemoinformatics、liquid-biopsy
  • RNA 生物学（20）：small-rna-seq、epitranscriptomics、clip-seq、ribo-seq
  • 系統発生学と進化（16）：phylogenetics、population-genetics、comparative-genomics
  • 構造とシステム（11）：structural-biology、systems-biology
  • スクリーニングとサイトメトリー（22）：crispr-screens、flow-cytometry、imaging-mass-cytometry
  • 経路解析と統合（14）：pathway-analysis、multi-omics-integration、restriction-analysis
  • インフラストラクチャ（39）：data-visualization、machine-learning、workflow-management、reporting、experimental-design、long-read-sequencing
  • ワークフロー（40）：エンドツーエンドのパイプライン（FASTQ から結果まで）

インストール後

インストールすると、実行中のタスクに応じてスキルが自動的に起動します。リクエスト例：

  • 「処理群と対照群の RNA-seq カウントがあります。差次的に発現する遺伝子を見つけてください」
  • 「この全ゲノムシーケンシングの BAM ファイルからバリアントをコールしてください」
  • 「シングルセル RNA-seq データをクラスタリングして、マーカー遺伝子を見つけてください」
  • 「このタンパク質配列の構造を予測してください」
  • 「これらのショットガンリードでメタゲノミクス分類を実行してください」

ソース

GitHub：https://github.com/GPTomics/bioSkills

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