chembl-search

ChEMBL 検索

Valyu のセマンティック検索 API を利用して、自然言語のクエリで生理活性分子、創薬ターゲット、結合データを含む ChEMBL データベース全体を検索します。

このスキルが強力な理由

• API パラメーターの解析が不要：複雑な検索パラメーターを組み立てる必要はなく、自然言語のクエリをそのまま渡せます
• セマンティック検索：キーワードの一致だけでなく、クエリの意味を理解します
• 全文へのアクセス：化合物とターゲットの完全な情報を返します
• 画像リンク：分子構造やデータの可視化へのリンクが含まれます
• 幅広いカバレッジ：創薬向けの ChEMBL 生理活性分子データすべてにアクセスできます

必要条件

1. Node.js 18 以降（組み込みの fetch を使用）
2. https://platform.valyu.ai で取得できる Valyu API キー（10 ドル分の無料クレジット）

重要：スクリプトのパス解決

このドキュメントの scripts/search コマンドは、このスキルのインストールディレクトリからの相対パスです。

コマンドを実行する前に、次のコマンドでスクリプトの場所を特定してください。

CHEMBL_SCRIPT=$(find ~/.claude/plugins/cache -name "search" -path "*/chembl-search/*/scripts/*" -type f 2>/dev/null | head -1)

その後、すべてのコマンドでフルパスを使用してください。

$CHEMBL_SCRIPT "kinase inhibitors" 15

API キーの設定手順

検索を実行して "setup_required": true が返された場合は、次の手順に従ってください。

1. API キーをユーザーに尋ねます。 「ChEMBL を検索するには、Valyu API キーが必要です。https://platform.valyu.ai で無料（10 ドル分のクレジット付き）で取得できます。」

2. ユーザーからキーを受け取ったら、次を実行します。

   scripts/search setup <api-key>
   

3. 元の検索を再試行します。

このスキルを使用する場面

• 創薬向けの生理活性化合物の検索
• ターゲットベースの化合物検索
• 化合物特性の最適化
• アッセイデータと生物活性の調査
• 構造活性相関の研究
• リード化合物の特定

出力形式

{
  "success": true,
  "type": "chembl_search",
  "query": "kinase inhibitors",
  "result_count": 10,
  "results": [
    {
      "title": "Compound/Assay Title",
      "url": "https://chembl.org/...",
      "content": "Compound data, targets, assay results...",
      "source": "chembl",
      "relevance_score": 0.95,
      "images": ["https://example.com/structure.png"]
    }
  ],
  "cost": 0.025
}

結果の処理

jq を使用する場合

# Get compound titles
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].title'

# Get URLs
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].url'

# Extract full content
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].content'

よくあるユースケース

創薬

# Find lead compounds
scripts/search "JAK2 selective inhibitors for myelofibrosis" 50

ターゲットの妥当性確認

# Search for target information
scripts/search "protein kinase B binding assays" 20

SAR 分析

# Find structure-activity relationships
scripts/search "benzimidazole derivatives anticancer activity" 15

作用機序の調査

# Search for mechanism data
scripts/search "allosteric modulators of NMDA receptors" 25

エラー処理

すべてのコマンドは success フィールドを含む JSON を返します。

{
  "success": false,
  "error": "Error message"
}

終了コード：

• 0 - 成功
• 1 - エラー（詳細は JSON を確認してください）

API エンドポイント

• ベース URL：https://api.valyu.ai/v1
• エンドポイント：/search
• 認証：X-API-Key ヘッダー

アーキテクチャ

scripts/
├── search          # Bash wrapper
└── search.mjs      # Node.js CLI

Node.js 組み込みの fetch() を使用した API の直接呼び出しで、外部依存関係はありません。

プロジェクトへの追加

AI プロジェクトを構築していて、ChEMBL Search をアプリケーションに直接統合したい場合は、Valyu SDK を使用してください。

Python との統合

from valyu import Valyu

client = Valyu(api_key="your-api-key")

response = client.search(
    query="your search query here",
    included_sources=["valyu/valyu-chembl"],
    max_results=20
)

for result in response["results"]:
    print(f"Title: {result['title']}")
    print(f"URL: {result['url']}")
    print(f"Content: {result['content'][:500]}...")

TypeScript との統合

import { Valyu } from "valyu-js";

const client = new Valyu("your-api-key");

const response = await client.search({
  query: "your search query here",
  includedSources: ["valyu/valyu-chembl"],
  maxResults: 20
});

response.results.forEach((result) => {
  console.log(`Title: ${result.title}`);
  console.log(`URL: ${result.url}`);
  console.log(`Content: ${result.content.substring(0, 500)}...`);
});

統合例と SDK リファレンスの詳細については、Valyu のドキュメントを参照してください。