Cleaning Up Research Sessions

研究セッションのクリーンアップ

概要

研究ワークフローで作成された中間ファイルを削除し、重要なデータはすべて保持します。

基本原則： ユーザーに確認しながら慎重にクリーンアップします。重要なものは決して削除しません。

使用するタイミング

次の場合にこのスキルを使用します：

• 研究セッションが完了し、統合されている
• 研究セッションのフォルダーをアーカイブまたは共有する準備をしている
• 研究フォルダーに一時ファイルや中間ファイルが蓄積している
• ユーザーから明示的にクリーンアップを依頼された

使用しない場合：

• 研究がまだ進行中である
• ユーザーが最終成果物をまだ確認していない
• 削除しても安全なファイルがわからない

必ず保持するファイル

以下は決して削除しないでください（保護対象リスト）：

主要な成果物：

• SUMMARY.md - 方法論を含む、強化された調査結果
• relevant-papers.json - 関連性の高い論文の絞り込み結果
• papers-reviewed.json - 完全なスクリーニング履歴
• papers/ directory - すべての PDF と補足ファイル
• citations/citation-graph.json - 引用関係

方法論のドキュメント：

• screening-criteria.json - ルーブリックの定義（存在する場合）
• test-set.json - ルーブリック検証用の論文（存在する場合）
• abstracts-cache.json - 再スクリーニング用のキャッシュ済み抄録（存在する場合）
• rubric-changelog.md - ルーブリックのバージョン履歴（存在する場合）

補助ドキュメント（存在する場合）：

• README.md - プロジェクトの概要
• TOP_PRIORITY_PAPERS.md - 厳選された優先リスト
• evaluated-papers.json - 詳細な構造化データ

プロジェクト設定：

• .claude/ directory - 権限と設定
• 作成された *.py ヘルパースクリプト - 再現性のために保持

クリーンアップ対象となる可能性のあるファイル

削除候補（確認が必要）：

中間検索結果：

• initial-search-results.json - スクリーニング前の PubMed 生検索結果
  • 削除しても安全な理由：データは papers-reviewed.json に含まれています
  • 保持する理由：再現性のために生の検索結果を確認できます

一時ファイル：

• *.tmp files
• *.swp files（vim のスワップファイル）
• .DS_Store（macOS）
• __pycache__/（Python キャッシュ）
• *.pyc（Python コンパイル済みファイル）

ログファイル：

• *.log files
• debug-*.txt files

クリーンアップのワークフロー

Step 1: 研究セッションを分析する

cd research-sessions/YYYY-MM-DD-description/

# List all files with sizes
find . -type f -exec ls -lh {} \; | awk '{print $5, $9}' | sort -rh

カテゴリごとにファイルを特定します：

• 主要な成果物（必ず保持）
• 方法論ファイル（保持すべき）
• 中間ファイル（クリーンアップ候補）
• 一時ファイル（削除しても安全）

Step 2: クリーンアップ計画をユーザーに提示する

削除するファイルを提示します：

🧹 Cleanup Analysis for: research-sessions/2025-10-11-btk-selectivity/

Files to KEEP (protected):
  ✅ SUMMARY.md (45 KB)
  ✅ relevant-papers.json (12 KB)
  ✅ papers-reviewed.json (28 KB)
  ✅ papers/ (14 PDFs, 32 MB)
  ✅ citations/citation-graph.json (5 KB)
  ✅ screening-criteria.json (2 KB)
  ✅ abstracts-cache.json (156 KB)

Files that CAN be removed (intermediate):
  🗑️  initial-search-results.json (8 KB) - Raw PubMed results
  🗑️  .DS_Store (6 KB) - macOS metadata

Total space to recover: 14 KB

Proceed with cleanup? (y/n/review)

選択肢：

• y - 中間ファイルを削除する
• n - クリーンアップをキャンセルし、すべて保持する
• review - 決定する前に各ファイルの内容を表示する

Step 3: 削除を確認する

ファイルを削除する前に必ず：

1. 保護対象リストに含まれていないことを確認する
2. SUMMARY.md から参照されていないことを確認する
3. ユーザーにもう一度確認する

確認の例：

About to delete:
- initial-search-results.json (8 KB)

This file contains raw PubMed search results. The data is preserved in
papers-reviewed.json, so this is safe to delete.

Confirm deletion? (y/n)

Step 4: クリーンアップを実行する

確認済みのファイルを削除します：

# Move to trash instead of rm (safer)
# On macOS:
mv initial-search-results.json ~/.Trash/

# On Linux:
mv initial-search-results.json ~/.local/share/Trash/files/

# Or use rm if user confirms
rm initial-search-results.json

結果を報告します：

✅ Cleanup complete!

Removed:
- initial-search-results.json (8 KB)
- .DS_Store (6 KB)

Space recovered: 14 KB

Protected files preserved:
- All 8 core files kept
- All 14 PDFs kept
- All methodology documentation kept

Step 5: 整合性を確認する

クリーンアップ後、重要なファイルを確認します：

# Check core files exist
test -f SUMMARY.md && echo "✓ SUMMARY.md"
test -f relevant-papers.json && echo "✓ relevant-papers.json"
test -f papers-reviewed.json && echo "✓ papers-reviewed.json"
test -d papers && echo "✓ papers/ directory"

# Verify JSON files are valid
jq empty relevant-papers.json && echo "✓ relevant-papers.json valid JSON"
jq empty papers-reviewed.json && echo "✓ papers-reviewed.json valid JSON"

ユーザーに報告します：

✅ Integrity check passed
   - All core files present
   - All JSON files valid
   - All PDFs intact

特別なケース

Case 1: サイズの大きい abstracts-cache.json

abstracts-cache.json が非常に大きい場合（>100 MB）：

⚠️  abstracts-cache.json is 256 MB

This file enables re-screening if you update the rubric. Options:
1. Keep (recommended if you might refine rubric)
2. Compress (gzip to ~50 MB, can decompress later)
3. Delete (only if research is final and won't be updated)

Choice? (1/2/3)

ユーザーが圧縮を選択した場合：

gzip abstracts-cache.json
# Creates abstracts-cache.json.gz

echo "Compressed abstracts-cache.json to $(du -h abstracts-cache.json.gz | cut -f1)"

Case 2: ヘルパースクリプト

研究中にユーザーがヘルパースクリプトを作成した場合：

📝 Found helper scripts:
   - screen_papers.py (created for batch screening)
   - deep_dive_papers.py (created for data extraction)

These scripts document your methodology. Recommendations:
- Keep for reproducibility
- Add comments if not already documented
- Reference in SUMMARY.md under "Reproducibility" section

Keep scripts? (y/n)

Case 3: 複数の研究セッション

複数のセッションをクリーンアップする場合：

# Find all research sessions
find research-sessions/ -maxdepth 1 -type d

# For each session:
for session in research-sessions/*/; do
    echo "Analyzing: $session"
    # Run cleanup analysis
done

ユーザーに確認します：

Found 5 completed research sessions.

Clean up all sessions? (y/n/select)
- y: Analyze and clean all sessions
- n: Cancel
- select: Choose which sessions to clean

安全対策

保護対象ファイルのリスト

決して削除しないパターンをハードコードしたリストとして管理します：

PROTECTED_PATTERNS = [
    'SUMMARY.md',
    'relevant-papers.json',
    'papers-reviewed.json',
    'papers/*.pdf',
    'papers/*.zip',
    'citations/citation-graph.json',
    'screening-criteria.json',
    'test-set.json',
    'abstracts-cache.json',
    'rubric-changelog.md',
    'README.md',
    'TOP_PRIORITY_PAPERS.md',
    'evaluated-papers.json',
    '*.py',  # Helper scripts
    '.claude/*',  # Project settings
]

ファイルを削除する前に：

def is_protected(filepath):
    """Check if file matches any protected pattern"""
    for pattern in PROTECTED_PATTERNS:
        if fnmatch(filepath, pattern):
            return True
    return False

# Never delete protected files
if is_protected(file_to_delete):
    print(f"⚠️  ERROR: {file_to_delete} is protected and cannot be deleted")
    return

ドライランモード

実行前に、削除対象を必ず表示します：

# Dry run (show only, don't delete)
echo "DRY RUN - No files will be deleted"

for file in $candidate_files; do
    if is_safe_to_delete "$file"; then
        echo "Would delete: $file ($(du -h $file | cut -f1))"
    fi
done

echo ""
echo "Proceed with actual deletion? (y/n)"

他のスキルとの連携

answering-research-questions ワークフローの後に：

1. フェーズ 8（統合）を完了する
2. ユーザーが SUMMARY.md と relevant-papers.json を確認する
3. 必要に応じて：cleaning-up-research-sessions を実行する
4. 研究フォルダーをアーカイブまたは共有する

answering-research-questions のフェーズ 8 に追加：

### Optional: Cleanup

After reviewing outputs, optionally clean up intermediate files:

"Research session is complete. Would you like me to clean up intermediate files?
I'll show you what will be deleted before removing anything."

If yes: Use `cleaning-up-research-sessions` skill

よくある間違い

papers-reviewed.json を削除する： これは重複排除データベースです。絶対に削除しないでください → ハードコードされたリストで常に保護してください abstracts-cache.json を削除する： 再スクリーニングに必要です → ユーザーに確認し、デフォルトでは保持してください ヘルパースクリプトを削除する： 再現性の確保に重要です → デフォルトでは保持し、削除するかユーザーに確認してください 削除するファイルをユーザーに見せない： ユーザーは計画を確認する必要があります → まず必ずドライランを表示してください 確認せずに削除する： リスクが高すぎます → 必ず最後に確認を求めてください クリーンアップ後に検証しない： ファイルが破損している可能性があります → 削除後に必ず整合性チェックを実行してください

クイックリファレンス

操作	コマンド
すべてのファイルをサイズとともに一覧表示する	find . -type f -exec ls -lh {} \; | sort -rh
JSON が有効か確認する	jq empty file.json
ゴミ箱に移動する（macOS）	mv file ~/.Trash/
ゴミ箱に移動する（Linux）	mv file ~/.local/share/Trash/files/
大きなファイルを圧縮する	gzip file
フォルダーのサイズを計算する	du -sh .

成功基準

クリーンアップが成功したと判断できる条件：

• 保護対象のファイルがすべて残っており、有効である
• 確認済みの中間ファイルのみが削除されている
• ユーザーが、何が削除されたか、またその理由を把握している
• 回収した容量が報告されている
• 整合性チェックに合格している
• 研究セッションが引き続き完全に機能する

セッションの例

User: "Can you clean up the research session folder?"

Agent: "I'll analyze the research session and show you what can be safely cleaned up."

[Analyzes folder]

Agent: "🧹 Cleanup Analysis for: research-sessions/2025-10-11-btk-selectivity/

Files to KEEP (protected):
  ✅ SUMMARY.md (45 KB) - Final findings
  ✅ relevant-papers.json (12 KB) - Filtered results
  ✅ papers-reviewed.json (28 KB) - Complete history
  ✅ papers/ (14 PDFs, 32 MB) - Downloaded papers
  ✅ citations/citation-graph.json (5 KB) - Citation network
  ✅ screening-criteria.json (2 KB) - Rubric definition
  ✅ abstracts-cache.json (156 KB) - Cached abstracts

Files that CAN be removed:
  🗑️  initial-search-results.json (8 KB) - Raw PubMed results
     → Data is preserved in papers-reviewed.json
  🗑️  .DS_Store (6 KB) - macOS metadata
     → Not needed

Total space to recover: 14 KB

Proceed with cleanup? (y/n/review)"

User: "y"

Agent: "Final confirmation - About to delete:
- initial-search-results.json (8 KB)
- .DS_Store (6 KB)

All protected files will be preserved. Confirm? (y/n)"

User: "y"

Agent: [Deletes files]

"✅ Cleanup complete!

Removed:
- initial-search-results.json (8 KB)
- .DS_Store (6 KB)

Space recovered: 14 KB

Running integrity check...
✅ All core files intact
✅ All JSON files valid
✅ All 14 PDFs present

Research session is ready for archiving or sharing."

次のステップ

クリーンアップ後：

• 研究フォルダーが整理され、アーカイブできる状態になっている
• フォルダーを共同研究者と共有する
• 長期保存用のストレージに移動する
• 必要に応じて、追加の研究を続ける