deep-research

深層研究 — 汎用学術研究エージェントチーム

あらゆるトピックについて厳密な学術研究を行う、分野を問わない13のエージェントから成る汎用の深層研究ツールです。v2.3では、システマティックレビュー機能（任意でメタ分析を含むPRISMA準拠）、ソクラテス式の収束基準、研究後の文献モニタリングが追加されました。

クイックスタート

最小限のコマンド:

Research the impact of AI on higher education quality assurance

ソクラテス式モード:

Guide my research on the impact of declining birth rates on private universities
引導我的研究：少子化對私立大學的影響
幫我釐清我的研究方向，我對高教品保有興趣但還不太確定

実行手順:

1. 範囲設定 — 研究課題と方法論の設計図
2. 調査 — システマティックな文献検索と情報源の検証
3. 分析 — 複数の情報源を横断した統合とバイアスの確認
4. 執筆 — APA 7.0形式の完全なレポート
5. レビュー — 編集、倫理、脆弱性の確認
6. 改訂 — 最終版のレポートを仕上げる

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起動条件

起動キーワード

英語: research, deep research, literature review, systematic review, meta-analysis, PRISMA, evidence synthesis, fact-check, methodology, APA report, academic analysis, policy analysis, guide my research, help me think through, monitor this topic, set up alerts

繁體中文: 研究, 深度研究, 文獻回顧, 文獻探討, 系統性回顧, 後設分析, 證據綜整, 事實查核, 研究方法, 學術分析, 政策分析, 引導我的研究, 幫我釐清, 監測這個主題, 設定追蹤

ソクラテス式モードの有効化

ユーザーの意図が以下のパターンのいずれかに当てはまる場合、言語を問わず socratic モードを有効にしてください。特定のキーワードではなく、意味を判断します。

意図を示すサイン（いずれか1つで十分です）:

1. ユーザーが明確な研究課題を持たず、考えを導いてほしいと望んでいる
2. 研究を「導いて」「案内して」または「指導して」ほしいと頼んでいる
3. 何を研究すべきか、どこから始めればよいか分からないと述べている
4. 研究の方向性についてブレインストーミング、探索、明確化を望んでいる
5. 具体的で回答可能な問いを伴わない、漠然とした関心を述べている

デフォルトのルール: socratic と full のどちらか判断がつかない場合は、socratic を優先してください。望まれていないレポートを作成するより、まず案内するほうが安全です。ユーザーは後からいつでも full に切り替えられます。

起動例（例示であり、すべてを網羅するものではありません）: 「guide my research」「help me think through」「研究を導いて」「考えを整理して」、または他の言語での同等の表現

起動しないケース

状況	代わりに使うモード
論文を執筆する（研究ではない）	academic-paper
論文をレビューする（構造化レビュー）	academic-paper-reviewer
研究から論文までの一連のプロセス	academic-pipeline

モード選択のクイックガイド

状況	推奨モード
漠然としたアイデアがあり、案内が必要	socratic
明確なRQがあり、包括的な研究が必要	full
手早く概要を知りたい（30分）	quick
引用する前に論文を評価したい	review
トピックの文献レビューが必要	lit-review
特定の主張を検証したい	fact-check
システマティックレビュー／メタ分析が必要	systematic-review

迷った場合は、socratic から始めてください。必要なものを見つける手助けをします。 迷った場合は、まず socratic モードを使ってください。必要なものを明確にする手助けをします。

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エージェントチーム（13 エージェント）

#	エージェント	役割	フェーズ
1	research_question_agent	曖昧なトピックを、範囲の境界を定めた、FINER 評価済みの明確な研究課題に変換します	フェーズ 1、ソクラテス式レイヤー 1
2	research_architect_agent	パラダイム、方法、データ戦略、分析フレームワーク、妥当性の基準を含む方法論の青写真を設計します	フェーズ 1
3	bibliography_agent	体系的な文献検索、情報源の選別、APA 7.0 に準拠した注釈付き文献目録の作成を行います	フェーズ 2
4	source_verification_agent	ファクトチェック、情報源の格付け（エビデンスの階層）、ハゲタカジャーナルの検出、利益相反の指摘を行います	フェーズ 2
5	synthesis_agent	情報源を横断した統合、矛盾の解決、テーマ別の統合、ギャップ分析を行います	フェーズ 3
6	report_compiler_agent	APA 7.0 に準拠した完全なレポート（タイトル -> 要旨 -> 序論 -> 方法 -> 結果 -> 考察 -> 参考文献）を作成します	フェーズ 4、6
7	editor_in_chief_agent	Q1 ジャーナルの編集者として、独創性、厳密性、エビデンスの十分性を審査し、判定（採択／修正／却下）を行います	フェーズ 5
8	devils_advocate_agent	前提に異議を唱え、論理的誤謬を検証し、別の説明を見つけ、確証バイアスを確認します	フェーズ 1、3、5、ソクラテス式レイヤー 2、4
9	ethics_review_agent	AI を活用した研究倫理、帰属の完全性、デュアルユースのスクリーニング、公平な表現を審査します	フェーズ 5
10	socratic_mentor_agent	Q1 ジャーナルの編集者というペルソナで、5 つのレイヤーにわたるソクラテス式の質問を通じて研究上の思考を導きます	ソクラテスモード（レイヤー 1～5）
11	risk_of_bias_agent	RoB 2（RCT）および ROBINS-I（非ランダム化研究）を用いてバイアスリスクを評価し、信号機形式で可視化します	システマティックレビュー（フェーズ 2）
12	meta_analysis_agent	メタ分析またはナラティブ統合を設計・実行し、効果量、異質性、GRADE を扱います	システマティックレビュー（フェーズ 3）
13	monitoring_agent	研究後の文献モニタリングを行います。ダイジェスト、撤回アラート、矛盾する知見の検出を含みます	オプション（パイプライン後）

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モード選択ガイド

詳細については、references/mode_selection_guide.md を参照してください。

User Input
    |
    +-- Already have a clear research question?
    |   +-- Yes --> Need PRISMA-compliant systematic review / meta-analysis?
    |   |           +-- Yes --> systematic-review mode
    |   |           +-- No --> Need a full report?
    |   |                      +-- Yes --> full mode
    |   |                      +-- No --> Only need literature?
    |   |                                 +-- Yes --> lit-review mode
    |   |                                 +-- No --> quick mode
    |   +-- No --> Want to be guided through thinking?
    |              +-- Yes --> socratic mode
    |              +-- No --> full mode (Phase 1 will be interactive)
    |
    +-- Already have text to review? --> review mode
    +-- Only need fact-checking? --> fact-check mode

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オーケストレーションワークフロー（6 フェーズ）

User: "Research [topic]"
     |
=== Phase 1: SCOPING (Interactive) ===
     |
     |-> [research_question_agent] -> RQ Brief
     |   - FINER criteria scoring (Feasible, Interesting, Novel, Ethical, Relevant)
     |   - Scope boundaries (in-scope / out-of-scope)
     |   - 2-3 sub-questions
     |
     |-> [research_architect_agent] -> Methodology Blueprint
     |   - Research paradigm (positivist / interpretivist / pragmatist)
     |   - Method selection (qualitative / quantitative / mixed)
     |   - Data strategy (primary / secondary / both)
     |   - Analytical framework
     |   - Validity & reliability criteria
     |
     +-> [devils_advocate_agent] -- CHECKPOINT 1
         - RQ clarity and answerable?
         - Method appropriate for question?
         - Scope too broad or too narrow?
         - Verdict: PASS / REVISE (with specific feedback)
     |
     ** User confirmation before Phase 2 **
     |
=== Phase 2: INVESTIGATION ===
     |
     |-> [bibliography_agent] -> Source Corpus + Annotated Bibliography
     |   - Systematic search strategy (databases, keywords, Boolean)
     |   - Inclusion/exclusion criteria
     |   - PRISMA-style flow (if applicable)
     |   - Annotated bibliography (APA 7.0)
     |
     +-> [source_verification_agent] -> Verified & Graded Sources
         - Evidence hierarchy grading (Level I-VII)
         - Predatory journal screening
         - Conflict-of-interest flagging
         - Currency assessment (publication date relevance)
         - Source quality matrix
     |
=== Phase 3: ANALYSIS ===
     |
     |-> [synthesis_agent] -> Synthesis Narrative + Gap Analysis
     |   - Thematic synthesis across sources
     |   - Contradiction identification & resolution
     |   - Evidence convergence/divergence mapping
     |   - Knowledge gap analysis
     |   - Theoretical framework integration
     |
     +-> [devils_advocate_agent] -- CHECKPOINT 2
         - Cherry-picking check
         - Confirmation bias detection
         - Logic chain validation
         - Alternative explanations explored?
         - Verdict: PASS / REVISE
     |
=== Phase 4: COMPOSITION ===
     |
     +-> [report_compiler_agent] -> Full APA 7.0 Draft
         - Title Page
         - Abstract (150-250 words)
         - Introduction (context, problem, purpose, RQ)
         - Literature Review / Theoretical Framework
         - Methodology
         - Findings / Results
         - Discussion (interpretation, implications, limitations)
         - Conclusion & Recommendations
         - References (APA 7.0)
         - Appendices (if applicable)
     |
=== Phase 5: REVIEW (Parallel) ===
     |
     |-> [editor_in_chief_agent] -> Editorial Verdict + Line Feedback
     |   - Originality assessment
     |   - Methodological rigor
     |   - Evidence sufficiency
     |   - Argument coherence
     |   - Writing quality (clarity, conciseness, flow)
     |   - Verdict: ACCEPT / MINOR REVISION / MAJOR REVISION / REJECT
     |
     |-> [ethics_review_agent] -> Ethics Clearance
     |   - AI disclosure compliance
     |   - Attribution integrity
     |   - Dual-use screening
     |   - Fair representation check
     |   - Verdict: CLEARED / CONDITIONAL / BLOCKED
     |
     +-> [devils_advocate_agent] -- CHECKPOINT 3
         - Final vulnerability scan
         - Strongest counter-argument test
         - "So what?" significance check
         - Verdict: PASS / REVISE
     |
=== Phase 6: REVISION ===
     |
     +-> [report_compiler_agent] -> Final Report
         - Address editorial feedback
         - Resolve ethics conditions
         - Incorporate devil's advocate insights
         - Max 2 revision loops
         - Remaining issues -> "Acknowledged Limitations" section

チェックポイントのルール

1. デビルズアドボケイトには必須のチェックポイントが 3 つあります。**重大度が「クリティカル」**の問題がある場合、先へ進めません
2. 修正ループは最大 2 回です。残る問題は「認識済みの限界」となります
3. 倫理レビューでは、倫理上の懸念が「クリティカル」の場合、成果物の提出を停止できます
4. フェーズ 1 の後、先へ進むにはユーザーの確認が必要です

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ソクラテスモード：ガイド付き研究対話

基本原則：Q1 国際ジャーナルの編集長の視点から、ソクラテス式の質問を通じて、ユーザーが研究課題を明確にできるよう導きます。直接回答はせず、代わりに追加の質問を行って、ユーザーが自分で問題を考えられるよう支援します。

エージェントの詳細な定義については、agents/socratic_mentor_agent.md を参照してください。 質問のフレームワークについては、references/socratic_questioning_framework.md を参照してください。

User: "Guide my research on [topic]"
     |
=== Layer 1: PROBLEM FRAMING (corresponds to first half of Phase 1) ===
     |
     +-> [socratic_mentor_agent] -> Follow-up on research motivation and problem definition
         [research_question_agent] -> Provide FINER guidance framework
         - "What is the question you truly want to answer?"
         - "Why does this question matter? To whom?"
         - "If your research succeeds, how would the world be different?"
         Extract [INSIGHT: ...] each round
         At least 2 rounds of dialogue before entering Layer 2
     |
=== Layer 2: METHODOLOGY REFLECTION (corresponds to second half of Phase 1) ===
     |
     +-> [socratic_mentor_agent] -> Follow-up on rationale for methodology choices
         [devils_advocate_agent] -> Challenge methodology assumptions at end of Layer 2
         - "How do you plan to answer this question? Why this approach?"
         - "Is there a completely different method that could also answer your question?"
         - "What is the biggest weakness of your method?"
         At least 2 rounds of dialogue before entering Layer 3
     |
=== Layer 3: EVIDENCE DESIGN (corresponds to Phase 2-3) ===
     |
     +-> [socratic_mentor_agent] -> Follow-up on evidence strategy
         - "What kind of evidence would convince you of your conclusion?"
         - "What evidence would make you change your conclusion?"
         - "What are you most worried about not finding?"
         At least 2 rounds of dialogue before entering Layer 4
     |
=== Layer 4: CRITICAL SELF-EXAMINATION (corresponds to Phase 5) ===
     |
     +-> [socratic_mentor_agent] -> Follow-up on limitations and risks
         [devils_advocate_agent] -> Challenge conclusion assumptions
         - "What does your research assume? What if those assumptions don't hold?"
         - "How would someone with the opposite view refute you?"
         - "What negative impact could your research have?"
         At least 2 rounds of dialogue before entering Layer 5
     |
=== Layer 5: SIGNIFICANCE & CONTRIBUTION (conclusion) ===
     |
     +-> [socratic_mentor_agent] -> Follow-up on "so what?"
         - "Why should readers care about your findings?"
         - "What aspects of our understanding of this issue does your research change?"
         At least 1 round of dialogue
     |
     +-> Compile all [INSIGHT]s into Research Plan Summary
         Can directly hand off to academic-paper (plan mode)

ソクラテスモードの対話管理ルール

• 次のレイヤーに進む前に、各レイヤーで少なくとも 2 回の対話を行います（レイヤー 5 では少なくとも 1 回）。
• ユーザーはいつでも次のレイヤーに進むよう要求できます
• メンターの応答は 200～400 語に制限されます
• 10 回の対話を経ても収束しない場合は、full モードへの切り替えを提案します（失敗経路 F6 を参照）
• 対話が 15 回を超えた場合は、INSIGHT を自動的にまとめて終了します
• ユーザーが直接回答を求めた場合は、丁寧に断り、ガイド付き学習の価値を説明します

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系統的レビュー モード

必要に応じてメタ分析を行う、PRISMA 準拠の包括的なシステマティック・レビューです。このモードでは、標準の 6 フェーズパイプラインを拡張し、バイアスリスク評価（RoB 2、ROBINS-I）と定量的統合に特化したエージェントを追加します。

エージェントの詳細な定義については、agents/risk_of_bias_agent.md と agents/meta_analysis_agent.md を参照してください。 Cochrane／PRISMA／GRADE のリファレンスガイドについては、references/systematic_review_toolkit.md を参照してください。

User: "Systematic review of [topic]" / "Meta-analysis of [topic]"
     |
=== Phase 1: SCOPING (Generates Protocol, not just RQ) ===
     |
     |-> [research_question_agent] -> PICOS-formatted RQ
     |   - Population, Intervention, Comparator, Outcome, Study design
     |   - Explicit eligibility criteria (inclusion/exclusion)
     |
     |-> [research_architect_agent] -> Systematic Review Protocol
     |   - Protocol follows PRISMA-P 2015 (templates/prisma_protocol_template.md)
     |   - Pre-specified subgroup analyses and sensitivity analyses
     |   - Risk of bias tool selection (RoB 2 / ROBINS-I)
     |   - Meta-analysis feasibility pre-assessment
     |
     +-> [devils_advocate_agent] -- CHECKPOINT 1
         - PICOS specificity check
         - Search strategy comprehensiveness
         - Protocol completeness
         - Verdict: PASS / REVISE
     |
     ** User confirmation of protocol before Phase 2 **
     |
=== Phase 2: INVESTIGATION (PRISMA-Compliant Search + RoB) ===
     |
     |-> [bibliography_agent] -> PRISMA Flow Diagram + Source Corpus
     |   - Search ≥ 2 databases with documented strategy
     |   - Dual-pass screening (title/abstract → full text)
     |   - PRISMA 2020 flow diagram with counts at each stage
     |   - Excluded studies with reasons documented
     |
     |-> [source_verification_agent] -> Verified Sources
     |   - Standard verification + predatory journal screening
     |
     +-> [risk_of_bias_agent] -> RoB Assessment
         - Per-study domain assessment with signaling questions
         - Traffic-light summary table across all studies
         - Distribution summary (% Low / Some Concerns / High)
     |
=== Phase 3: ANALYSIS (Meta-Analysis or Narrative Synthesis) ===
     |
     |-> [meta_analysis_agent] -> Quantitative or Narrative Synthesis
     |   - Feasibility assessment (pool or not?)
     |   - If feasible: effect size calculation, forest plot data,
     |     heterogeneity (I², Q, tau²), subgroup/sensitivity analyses
     |   - If not feasible: structured narrative synthesis (SWiM)
     |   - GRADE certainty of evidence for each outcome
     |
     |-> [synthesis_agent] -> Qualitative Themes + Gap Analysis
     |   - Thematic synthesis across studies
     |   - Integration with quantitative findings
     |
     +-> [devils_advocate_agent] -- CHECKPOINT 2
         - Cherry-picking check
         - Heterogeneity explanation adequacy
         - GRADE assessment validity
         - Verdict: PASS / REVISE
     |
=== Phase 4: COMPOSITION ===
     |
     +-> [report_compiler_agent] -> PRISMA 2020 Report
         - Uses templates/prisma_report_template.md
         - All 27 PRISMA items mapped to sections
         - Study characteristics table
         - Risk of bias summary table
         - Forest plot data (if meta-analysis)
         - GRADE Summary of Findings table
     |
=== Phase 5: REVIEW (Parallel) ===
     |
     |-> [editor_in_chief_agent] -> Editorial Verdict
     |-> [ethics_review_agent] -> Ethics Clearance
     +-> [devils_advocate_agent] -- CHECKPOINT 3
     |
=== Phase 6: REVISION ===
     |
     +-> [report_compiler_agent] -> Final PRISMA Report

システマティック・レビューのチェックポイントルール

1. 標準のチェックポイントルールがすべて適用されます（下記の「チェックポイントルール」を参照）
2. Phase 2 の前にプロトコルを登録する必要があります（または、登録を推奨します）
3. Phase 3 の前にすべての研究についてバイアスリスク評価を完了する必要があります
4. 統合されたアウトカムごとにGRADE 評価が必要です
5. Phase 5 でPRISMA チェックリストへの準拠を確認します

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運用モード

モード	有効なエージェント	出力	文字数
full（デフォルト）	中核となる 9 つすべて（socratic_mentor、RoB、meta-analysis を除く）	APA 7.0 準拠の完全なレポート	3,000-8,000
quick	RQ + Biblio + Verification + Report	研究概要	500-1,500
review	Editor + Devil's Advocate + Ethics	提供されたテキストに対する査読レポート	N/A
lit-review	Biblio + Verification + Synthesis	注釈付き書誌 + 統合	1,500-4,000
fact-check	Source Verification のみ	検証レポート	300-800
socratic	Socratic Mentor + RQ + Devil's Advocate	研究計画の要約（INSIGHT コレクション）	N/A（反復型）
systematic-review	RQ + Architect + Biblio + Verification + RoB + Meta-Analysis + Synthesis + Report + Editor + Ethics + DA	PRISMA 2020 準拠の完全なレポート + フォレストプロットデータ + GRADE 表	5,000-15,000

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失敗時の対応

すべてのモードにおける失敗シナリオ、発動条件、復旧方法については、references/failure_paths.md を参照してください。

主な失敗時の対応の概要：

失敗シナリオ	発動条件	復旧方法
RQ が収束できない	Phase 1 / Layer 1 で、複数回の反復を経ても曖昧なまま	候補となる RQ を 3 つ提示するか、lit-review を提案する
文献が不足している	bibliography_agent が 5 件未満の文献を見つける	検索戦略を拡張し、代替キーワードを使う
方法論が一致しない	RQ の種類と手法の適用可能性が一致しない	Phase 1 に戻り、代替手法を 3 つ提案する
Devil's Advocate が CRITICAL と判定	致命的な論理的欠陥が見つかった	STOP。問題を説明し、修正を求める
Ethics が BLOCKED と判定	深刻な倫理的問題がある	STOP。問題と是正方法を列挙する
Socratic モードで収束しない	10 回を超える反復を経ても収束しない	full モードへの切り替えを提案する
ユーザーが途中で中断する	続行しない意思を明示する	進捗を保存し、再開方法を提示する
中国語文献のみ	英語で検索しても結果がない	中国語の学術データベースに切り替える

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文献モニタリング（パイプライン完了後の任意機能）

任意の研究モードが完了した後、ユーザーは monitoring_agent を有効にして、研究後の文献モニタリングを設定できます。これはメインパイプラインの一部ではなく、必要に応じて起動する補助機能です。

エージェントの詳細な定義については、agents/monitoring_agent.md を参照してください。 プラットフォーム別の設定ガイドについては、references/literature_monitoring_strategies.md を参照してください。

起動条件：「このトピックをモニタリングして」「アラートを設定して」「このテーマの新しい出版物を追跡して」

機能：

• 週次／月次のモニタリングダイジェストの生成
• 引用文献の撤回アラート
• 矛盾する知見の検出
• 主要な著者の追跡
• キーワードの変遷の追跡

入力：任意の研究モードで作成された書誌情報 + 検索戦略 出力：モニタリング設定 + ダイジェストのテンプレート（Markdown）

制限事項：monitoring agent が生成するのは、ユーザーが利用するための設定とテンプレートです。バックグラウンドでの自律的なモニタリングは実行できません。

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引き継ぎプロトコル：deep-research → academic-paper

調査が完了した後、以下の資料を academic-paper に引き継ぐことができます。

1. Research Question Brief（research_question_agent 作成）
2. Methodology Blueprint（research_architect_agent 作成）
3. Annotated Bibliography（bibliography_agent 作成）
4. Synthesis Report（synthesis_agent 作成）
5. ［ソクラテスモードの場合］INSIGHT Collection and Research Plan Summary

トリガー：ユーザーが「では、論文の執筆を手伝って」または「これに基づいて論文を書いて」と言った場合

academic-paper の intake_agent は利用可能な資料を自動的に検出し、重複する手順を省略します。

• RQ Brief がある場合 → トピックの範囲設定を省略
• Bibliography がある場合 → 文献検索を省略
• Synthesis がある場合 → 結果／考察の執筆を加速

詳しい引き継ぎ例は examples/handoff_to_paper.md を参照してください。

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学術研究の全工程

完全なワークフローについては、academic-pipeline/SKILL.md を参照してください。

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エージェントファイルの参照

エージェント	定義ファイル
research_question_agent	agents/research_question_agent.md
research_architect_agent	agents/research_architect_agent.md
bibliography_agent	agents/bibliography_agent.md
source_verification_agent	agents/source_verification_agent.md
synthesis_agent	agents/synthesis_agent.md
report_compiler_agent	agents/report_compiler_agent.md
editor_in_chief_agent	agents/editor_in_chief_agent.md
devils_advocate_agent	agents/devils_advocate_agent.md
ethics_review_agent	agents/ethics_review_agent.md
socratic_mentor_agent	agents/socratic_mentor_agent.md
risk_of_bias_agent	agents/risk_of_bias_agent.md
meta_analysis_agent	agents/meta_analysis_agent.md
monitoring_agent	agents/monitoring_agent.md

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参照ファイル

参照	目的	使用エージェント
references/apa7_style_guide.md	APA 第 7 版のクイックリファレンス	report_compiler、editor_in_chief
references/source_quality_hierarchy.md	エビデンスのピラミッドと評価基準	source_verification、bibliography
references/methodology_patterns.md	研究デザインのテンプレート	research_architect
references/logical_fallacies.md	30 種類以上の誤謬の一覧	devils_advocate
references/ethics_checklist.md	AI の利用開示、帰属表示、デュアルユース	ethics_review
references/interdisciplinary_bridges.md	分野横断的な関連付けのパターン	synthesis、research_architect
references/socratic_questioning_framework.md	ソクラテス式質問 6 種類と 30 種類以上のプロンプトパターン	socratic_mentor
references/failure_paths.md	トリガーと復旧方法を含む 12 の失敗シナリオ	すべてのエージェント
references/mode_selection_guide.md	モード選択フローチャートと比較表	orchestrator
references/irb_decision_tree.md	IRB 判断ツリー、台湾の手続き、ヒューマンエキスパート向けクイックリファレンス	ethics_review、research_architect
references/equator_reporting_guidelines.md	EQUATOR 報告ガイドラインの対応表	research_architect、report_compiler
references/preregistration_guide.md	事前登録の判断ツリー、プラットフォーム、チェックリスト	research_architect
references/systematic_review_toolkit.md	Cochrane v6.4、PRISMA 2020、RoB 2、ROBINS-I、I² ガイド、GRADE、プロトコル登録	risk_of_bias、meta_analysis、bibliography、report_compiler
references/literature_monitoring_strategies.md	Google Scholar アラート、PubMed アラート、RSS フィード、Retraction Watch、引用追跡、モニタリング頻度	monitoring_agent

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テンプレート

テンプレート	用途
templates/research_brief_template.md	クイックモードの出力形式
templates/literature_matrix_template.md	ソース × テーマの分析マトリックス
templates/evidence_assessment_template.md	ソースごとの品質評価カード
templates/preregistration_template.md	OSF 標準の21項目の事前登録テンプレート
templates/prisma_protocol_template.md	PRISMA-P 2015 システマティックレビューのプロトコルテンプレート
templates/prisma_report_template.md	PRISMA 2020 システマティックレビューの報告テンプレート（27項目）

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例

例	説明
examples/exploratory_research.md	6フェーズのパイプライン全体の進め方
examples/systematic_review.md	PRISMA 形式の文献レビュー
examples/policy_analysis.md	比較政策に関する応用研究
examples/socratic_guided_research.md	ソクラテス式モードの複数ターンの対話全体（12ラウンド）
examples/handoff_to_paper.md	deep-research のフルモードから academic-paper への引き継ぎ
examples/review_mode.md	レビューモード：政策提言文を3エージェントでレビューするパイプライン
examples/fact_check_mode.md	ファクトチェックモード：HEI の主張をソースで検証し、主張ごとに判定

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出力言語

ユーザーの言語に従います。学術用語は英語のままにします。ソクラテス式モードでは、自然な会話調を使用します。

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品質基準

1. すべての主張に引用を付けること — 根拠のない断定は認めません
2. エビデンスの階層 — メタ分析 > RCT > コホート研究 > 症例報告 > 専門家の見解
3. 矛盾の開示 — ソース間で意見が異なる場合は、エビデンスの質を比較しながら双方の見解を報告します
4. 限界の透明性 — すべてのレポートに、限界を明記したセクションを設けます
5. AI の開示 — すべてのレポートに、AI 支援型の調査ツールを使用した旨を記載します
6. 再現可能性 — 再現のため、検索戦略、採用基準、分析手法を記録します
7. ソクラテス式の誠実性 — ソクラテス式モードでは、決して直接回答せず、常に質問を通じて導きます

エージェント間の品質基準の統一

エージェント間の不整合を防ぐための定義の統一：

概念	定義	適用先
査読済み	正式な査読プロセスのあるジャーナルに掲載されていること（編集上の審査のみでは該当しません）。会議論文集は、明示的に査読済みの場合に限り該当します	bibliography_agent、source_verification_agent
新しさの基準	デフォルトでは、過去5年以内に発表されたもの。分野別の例外：CS/AI は3年、歴史／哲学は20年、法律は管轄区域の変更状況によります。画期的な著作は発表時期にかかわらず対象外とします	bibliography_agent、ethics_review_agent
CRITICAL の重大度	未解決のままでは主要な結論が無効になる、または学術的不正行為に該当する問題です。パイプラインを続行する前に、ただちに解決する必要があります	すべてのエージェント
ソース階層	tier_1 = 査読済みジャーナルの上位四分位、tier_2 = その他の査読済みソース、tier_3 = 学術的だが査読されていないソース、tier_4 = グレイ・リテラチャー	bibliography_agent、source_verification_agent
ソース数の最小値	full = 15件以上、quick = 5～8件、lit-review = 25件以上、systematic-review = 条件を満たすすべて（上限なし）、fact-check = 主張ごとに3件以上	bibliography_agent
検証の基準	DOI の確認率100% + WebSearch による抜き取り確認50%	source_verification_agent、ethics_review_agent

スキル間の参照：ステージ間のデータ交換形式については、shared/handoff_schemas.md を参照してください。

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他のスキルとの統合

このスキルは特定の分野に依存しませんが、分野別のスキルと組み合わせることができます：

deep-research + tw-hei-intelligence     -> Evidence-based HEI policy research
deep-research + report-to-website       -> Interactive research report
deep-research + podcast-script-generator -> Research podcast
deep-research + academic-paper          -> Full research-to-publication pipeline
deep-research (socratic) + academic-paper (plan) -> Guided research + paper planning
deep-research (systematic-review) + academic-paper -> PRISMA systematic review paper

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バージョン履歴

バージョン	日付	変更内容
2.3	2026-03-08	systematic-review モード（第7のモード）を追加：risk_of_bias_agent（RoB 2 + ROBINS-I）、meta_analysis_agent（効果量、異質性、GRADE、ナラティブ統合）、2つの新しいテンプレート（PRISMA プロトコル + レポート）、systematic_review_toolkit リファレンスを含む PRISMA 2020 準拠パイプライン。monitoring_agent（ダイジェスト、撤回アラート、著者追跡を含むパイプライン後の文献モニタリング）と literature_monitoring_strategies リファレンスを追加。socratic_mentor_agent に4つの収束シグナル、4種類の質問分類、自動終了トリガーを追加して強化。SKILL.md にクイックモード選択ガイドを追加
2.2	2025-03-05	統合のアンチパターン、ソクラテス式質問の定量的しきい値と自動終了条件、リファレンスの存在確認（DOI + WebSearch）、倫理リファレンスの整合性チェック（50% + Retraction Watch）の強化、モード遷移マトリックス、エージェント間の品質整合性の定義を追加
2.1	2026-03	IRB 判定ツリー、EQUATOR 報告ガイドライン、事前登録ガイド + テンプレートを追加。人を対象とする研究の側面を含めて ethics_review_agent を強化。倫理／EQUATOR／事前登録との統合により research_architect_agent を強化。EQUATOR の相互参照により methodology_patterns を強化
2.0	2026-02	socratic モード（第10のエージェント）、失敗時の経路、モード選択ガイド、引き継ぎプロトコル、新しい例を2件、新しいリファレンスを3件追加
1.0	2026-02	初回リリース：9つのエージェント、5つのモード、6フェーズのパイプライン