drug-discovery-search

創薬検索

Valyu のセマンティック検索 API を活用した自然言語クエリで、主要な創薬データベース（ChEMBL、DrugBank、FDA の医薬品ラベル、Open Targets）をまとめて検索します。

このスキルが強力な理由

• API パラメーターの解析が不要：自然言語のクエリをそのまま渡すだけです。複雑な検索パラメーターを組み立てる必要はありません
• セマンティック検索：キーワードの一致だけでなく、クエリの意味を理解します
• 全文へのアクセス：化合物、標的、医薬品に関する情報をすべて返します
• 画像リンク：分子構造やデータの可視化を含みます
• 幅広いデータを網羅：ChEMBL、DrugBank、医薬品ラベル、Open Targets をまとめて検索します
• 結果を統合：すべての創薬情報ソースから、1 回のクエリで結果を取得できます

要件

1. Node.js 18 以降（組み込みの fetch を使用）
2. https://platform.valyu.ai で取得した Valyu API キー（無料クレジット 10 ドル分）

重要：スクリプトのパス解決

このドキュメントに記載されている scripts/search コマンドは、このスキルのインストールディレクトリからの相対パスです。

コマンドを実行する前に、次の方法でスクリプトの場所を確認してください。

DRUG_DISCOVERY_SCRIPT=$(find ~/.claude/plugins/cache -name "search" -path "*/drug-discovery-search/*/scripts/*" -type f 2>/dev/null | head -1)

次に、すべてのコマンドでフルパスを使用してください。

$DRUG_DISCOVERY_SCRIPT "JAK2 inhibitors" 20

API キーの設定手順

検索を実行して "setup_required": true が返された場合は、次の手順に従ってください。

1. ユーザーに API キーを尋ねます。 「創薬データベースを検索するには、Valyu API キーが必要です。https://platform.valyu.ai で無料の API キーを取得できます（クレジット 10 ドル分）。」

2. ユーザーからキーを受け取ったら、次を実行します。

   scripts/search setup <api-key>
   

3. 元の検索を再試行します。

このスキルを使用する場面

• 創薬に関するエンドツーエンドの情報収集
• 化合物や臨床試験を通じた標的の検証
• 医薬品開発に関する包括的な情報収集
• 標的データを用いた化合物の最適化
• 安全性と有効性の調査

出力形式

{
  "success": true,
  "type": "drug_discovery_search",
  "query": "JAK2 inhibitors",
  "result_count": 20,
  "results": [
    {
      "title": "Compound/Drug/Target Title",
      "url": "https://...",
      "content": "Full data including compounds, targets, mechanisms...",
      "source": "chembl|drugbank|drug-labels|open-targets",
      "relevance_score": 0.95,
      "images": ["https://example.com/structure.png"]
    }
  ],
  "cost": 0.035
}

結果の処理

jq を使用する場合

# Get titles
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[].title'

# Get URLs
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[].url'

# Extract full content
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[].content'

# Filter by source
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[] | select(.source == "chembl") | .title'

一般的なユースケース

標的の特定

# Find validated targets and compounds
scripts/search "BTK inhibitors for autoimmune diseases" 50

リード化合物の最適化

# Search SAR and compound data
scripts/search "EGFR inhibitors blood-brain barrier penetration" 40

医薬品の適応拡大

# Find repurposing opportunities
scripts/search "mTOR inhibitors cancer and aging" 30

安全性評価

# Gather safety and interaction data
scripts/search "tyrosine kinase inhibitors cardiac toxicity" 60

エラー処理

すべてのコマンドは、success フィールドを含む JSON を返します。

{
  "success": false,
  "error": "Error message"
}

終了コード：

• 0 - 成功
• 1 - エラー（詳細は JSON を確認してください）

API エンドポイント

• ベース URL：https://api.valyu.ai/v1
• エンドポイント：/search
• 認証：X-API-Key ヘッダー

アーキテクチャ

scripts/
├── search          # Bash wrapper
└── search.mjs      # Node.js CLI

外部依存関係を一切使用せず、Node.js 組み込みの fetch() で API を直接呼び出します。

プロジェクトへの追加

AI プロジェクトを構築しており、Drug Discovery Search をアプリケーションに直接統合する場合は、Valyu SDK を使用してください。

Python との統合

from valyu import Valyu

client = Valyu(api_key="your-api-key")

response = client.search(
    query="your search query here",
    included_sources=["valyu/valyu-chembl", "valyu/valyu-drugbank", "valyu/valyu-drug-labels", "valyu/valyu-open-targets"],
    max_results=20
)

for result in response["results"]:
    print(f"Title: {result['title']}")
    print(f"URL: {result['url']}")
    print(f"Content: {result['content'][:500]}...")

TypeScript との統合

import { Valyu } from "valyu-js";

const client = new Valyu("your-api-key");

const response = await client.search({
  query: "your search query here",
  includedSources: ["valyu/valyu-chembl", "valyu/valyu-drugbank", "valyu/valyu-drug-labels", "valyu/valyu-open-targets"],
  maxResults: 20
});

response.results.forEach((result) => {
  console.log(`Title: ${result.title}`);
  console.log(`URL: ${result.url}`);
  console.log(`Content: ${result.content.substring(0, 500)}...`);
});

統合例と SDK リファレンスの詳細は、Valyu のドキュメントを参照してください。