Finding Open Access Papers

オープンアクセス論文を探す

概要

Unpaywall を使って、ペイウォールの向こうにある論文の、合法的に利用できるオープンアクセス版を探します。

基本原則： ペイウォールのある論文の多くには、無料版（プレプリント、著者原稿、機関リポジトリ）があります。Unpaywall はそれらを見つけます。

使用するタイミング

以下の場合にこのスキルを使用します：

• DOI の解決先がペイウォールになっている
• 論文が PubMed Central で入手できない
• 出版社のサイトで購読が必要
• 関連性の高い論文（スコア ≥7）の全文が必要

全文へのアクセスを諦める前に使用してください

Unpaywall API

シンプルな REST API です。通常の利用であれば認証は不要です

基本リクエスト

curl "https://api.unpaywall.org/v2/DOI?email=YOUR_EMAIL"

パラメーター：

• DOI - 論文の DOI（必要に応じて URL エンコード）
• email - ユーザーのメールアドレス（必須。連絡および礼儀のため）

重要：調査セッションの開始時にユーザーのメールアドレスを尋ねてください。[email protected] や [email protected] のようなプレースホルダーのメールアドレスは使用しないでください。

例：

curl "https://api.unpaywall.org/v2/10.1038/[email protected]"

レスポンス形式

{
  "doi": "10.1038/nature12373",
  "title": "Paper Title",
  "is_oa": true,
  "best_oa_location": {
    "url": "https://europepmc.org/articles/pmc3858213",
    "url_for_pdf": "https://europepmc.org/articles/pmc3858213?pdf=render",
    "version": "publishedVersion",
    "license": "cc-by",
    "host_type": "repository"
  },
  "oa_locations": [
    {
      "url": "https://europepmc.org/articles/pmc3858213",
      "version": "publishedVersion"
    },
    {
      "url": "https://arxiv.org/abs/1234.5678",
      "version": "submittedVersion"
    }
  ]
}

主なレスポンスフィールド

is_oa（ブール値）

• true - オープンアクセス版が入手可能です
• false - 無料版が見つかりません

best_oa_location（オブジェクトまたは null）

• Unpaywall が推奨する最適なオープンアクセスの提供元
• プレプリントより出版済みの版を優先します
• 利用可能な場合は PDF の URL が含まれます

oa_locations（配列）

• 既知のすべてのオープンアクセス提供先
• リポジトリ、プレプリントサーバー、機関サイトが含まれます
• 品質／版の順に並んでいます

version の種類：

• publishedVersion - 最終出版版（最適）
• acceptedVersion - 著者の受理済み原稿（良好）
• submittedVersion - 査読前のプレプリント（有用）

実装パターン

1. ペイウォールに遭遇したら Unpaywall を確認

# Try DOI first
curl -L "https://doi.org/10.1234/example.2023"

# If paywall detected (403, subscription required, etc):
curl "https://api.unpaywall.org/v2/10.1234/[email protected]"

2. 最適な URL を抽出

# Parse JSON response
response=$(curl -s "https://api.unpaywall.org/v2/DOI?email=EMAIL")

# Check if OA available
is_oa=$(echo $response | jq -r '.is_oa')

if [ "$is_oa" = "true" ]; then
  # Get best PDF URL
  pdf_url=$(echo $response | jq -r '.best_oa_location.url_for_pdf // .best_oa_location.url')

  # Download
  curl -L -o "papers/paper.pdf" "$pdf_url"
fi

3. ユーザーに報告

OA が見つかった場合：

⚠️ Paper behind paywall at publisher
✓ Found open access version via Unpaywall!
   Source: Europe PMC (published version)
   PDF: https://europepmc.org/articles/pmc3858213?pdf=render
   → Downloading...

OA が見つからなかった場合：

⚠️ Paper behind paywall at publisher
✗ No open access version found via Unpaywall
   Options:
   - Request via institutional access
   - Contact authors for preprint
   - Continue with abstract only

4. 版の種類に基づいて優先順位を付ける

複数の提供先がある場合：

優先順位：

1. 出版社または PMC の publishedVersion
2. 機関リポジトリの acceptedVersion
3. プレプリントサーバー（arXiv、bioRxiv）の submittedVersion

evaluating-paper-relevance との統合

全文取得ワークフローに追加：

Stage 2: Fetch Full Text

Try in order:
A. PubMed Central (free full text)
B. DOI resolution → If paywall, try Unpaywall
C. Unpaywall direct lookup
D. Preprints (bioRxiv, arXiv)

更新後のワークフロー：

# 1. Try PMC
pmc_result=$(curl "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/...")
if has_pmc_fulltext; then
  fetch_pmc
  exit 0
fi

# 2. Try DOI
doi_result=$(curl -L "https://doi.org/$doi")
if is_paywall; then
  # 3. Try Unpaywall
  unpaywall_result=$(curl "https://api.unpaywall.org/v2/$doi?email=$EMAIL")
  if has_oa; then
    fetch_unpaywall_pdf
    exit 0
  fi
fi

# 4. No full text available
report_no_fulltext

レート制限

無料プラン（メールアドレスあり）：

• 1 日あたり 100,000 リクエスト
• 厳密なレート制限はありませんが、節度を守ってください
• リクエストにメールアドレスを含めてください（必須）

ベストプラクティス：

• リクエスト間に 100ms の間隔を空ける
• レスポンスをキャッシュする（同じ DOI を再確認しない）
• 実際に必要な論文のみを確認する

Python ヘルパーの例

import requests
import time

def find_open_access(doi, email):
    """
    Find open access version via Unpaywall
    Returns: (pdf_url, version, source) or (None, None, None)
    """
    url = f"https://api.unpaywall.org/v2/{doi}"
    params = {"email": email}

    try:
        response = requests.get(url, params=params, timeout=10)
        response.raise_for_status()
        data = response.json()

        if not data.get('is_oa'):
            return None, None, None

        best_loc = data.get('best_oa_location')
        if not best_loc:
            return None, None, None

        pdf_url = best_loc.get('url_for_pdf') or best_loc.get('url')
        version = best_loc.get('version', 'unknown')
        source = best_loc.get('host_type', 'unknown')

        return pdf_url, version, source

    except Exception as e:
        print(f"Error checking Unpaywall for {doi}: {e}")
        return None, None, None

# Usage
doi = "10.1038/nature12373"
pdf_url, version, source = find_open_access(doi, "[email protected]")

if pdf_url:
    print(f"Found {version} at {source}")
    print(f"PDF: {pdf_url}")
    # Download PDF
    response = requests.get(pdf_url)
    with open(f'papers/{doi.replace("/", "_")}.pdf', 'wb') as f:
        f.write(response.content)
else:
    print("No open access version found")

time.sleep(0.1)  # Rate limiting

よく見つかる提供元

リポジトリ：

• Europe PMC / PubMed Central
• 機関リポジトリ（大学のサイト）
• PubMed Central の国際ミラー

プレプリントサーバー：

• bioRxiv（生物学）
• medRxiv（医学）
• arXiv（物理学、CS、数学）
• ChemRxiv（化学）

出版社のサイト：

• オープンアクセスジャーナル
• ハイブリッドジャーナル（購読制ジャーナル内の OA 論文）
• 遅延オープンアクセス（エンバーゴ期間終了済み）

エラー処理

DOI が見つからない場合：

{
  "error": "true",
  "message": "DOI not found"
}

→ DOI の形式を確認し、別の識別子を試してください

ネットワークエラー：

• 指数バックオフで再試行する
• 最大 3 回まで試行する
• すべて失敗した場合はユーザーに報告する

不正な形式のレスポンス：

• is_oa フィールドを確認する
• best_oa_location がない場合は oa_locations 配列にフォールバックする

クイックリファレンス

タスク	コマンド
OA が利用可能か確認	curl "https://api.unpaywall.org/v2/DOI?email=EMAIL"
最適な PDF URL を取得	.best_oa_location.url_for_pdf を解析
すべての OA 提供元を一覧表示	.oa_locations[] を解析
版の種類を確認	.version フィールドを確認
PDF をダウンロード	curl -L -o paper.pdf "$pdf_url"

統合ポイント

呼び出し元：

• evaluating-paper-relevance - 全文が PMC にない場合
• answering-research-questions - 関連性の高い論文の場合

更新対象：

• papers-reviewed.json - OA が見つかったかどうかを記録
• SUMMARY.md - OA の提供元情報を含める

よくある間違い

プレースホルダーのメールアドレスを使用する： [email protected] または [email protected] を使用する → ユーザーに実際のメールアドレスを尋ねてください メールアドレスを含めない： 必須パラメーターです。リクエストは失敗します すべての論文をチェックする： 必要な場合にのみチェックしてください（スコア ≥7、PMC がない場合） バージョンの種類を無視する： プレプリントより出版済みバージョンのほうが優れています 単一のソースのみを確認する： 代替候補について oa_locations 配列を確認してください レート制限を設けない： 厳格な制限がなくても、間隔を空けてください

成功基準

以下を満たすと成功です：

• ペイウォールで保護された論文の OA 版が見つかり、ダウンロードされている
• バージョンの種類（出版済み／採択済み／投稿済み）が記録されている
• ソースとバージョンについてユーザーに伝えられている
• OA 版を利用できない場合に、代替手段が提示されている

次のステップ

OA 版が見つかった後：

• PDF を papers/ フォルダーにダウンロードする
• SUMMARY.md にソースとバージョンを記録する
• 詳細な分析を続ける
• OA 版がない場合：概要のみに基づいて進めることを要約に記載する