intake-project

Intake-Project スキル

標準原稿フォルダー構成

/manage-project init は新規プロジェクトのひな型を作成します。そのスクリプトが、QC スキルの出力先である qc/ フォルダーも含め、この構成の唯一の基準です。ひな型を作成していない既存プロジェクトを整理する場合は、以下のレイアウトを使用し、各成果物をいずれかの配置先、または init のひな型や他のスキルがすでに書き込むフォルダーに割り当ててください。

{project_root}/
├── HANDOFF.md                         # session handoff entry point
├── README.md                          # project overview
├── data/                              # raw data (NEVER edit; read-only)
├── analysis/                          # reproducible scripts (00_* → 04_*)
├── output/                            # analysis outputs: CSVs, PNGs, intermediates
├── qc/                                # QC reports the skills write (self-review, checklists, audits)
├── irb/                               # IRB/ethics docs
├── proposal/                          # original protocol / approved proposal
├── reviews/                           # external correspondence
├── manuscript/                        # SOURCE manuscript + drafting
│   ├── manuscript_v{N}.{md,docx,pdf}  # current canonical working version (top level)
│   ├── build_unified_docx.py          # or pandoc wrapper
│   ├── archive/                       # ALL prior versions v1 .. v{N-1}
│   ├── reviews/                       # review notes (QC reports go in qc/ at the root)
│   ├── figures/                       # figure scripts + rendered PNG/PDF
│   └── tables/                        # table scripts + rendered docx
└── submission/                        # per-journal packages
    └── {journal-slug}/                # e.g., chest/, kjr/
        ├── CHECKLIST.md
        ├── cover_letter.{md,docx,pdf}
        ├── title_page.docx            # separated for double-anonymized
        ├── manuscript_anonymized.{docx,pdf}
        ├── supplement.{docx,pdf}
        ├── strobe_checklist.md        # or PRISMA / CONSORT
        ├── circulation_email.md
        └── figures/                   # submission-ready DPI copies

ルール

• manuscript/ は原本、submission/{journal}/ は派生成果物です。 投稿用ファイルは manuscript/manuscript_v{N}.md から再生成してください。匿名化原稿やタイトルページを直接編集しないでください。
• 作業版は manuscript/manuscript_v{N}.{md,docx,pdf} の1つだけを標準版とします。 バージョンを更新したら、古い版はすぐに manuscript/archive/ へ移動してください。
• プロジェクトのルートにファイルを直接置かないでください。 置けるのは HANDOFF.md、README.md、プロジェクトのメモリーファイル（Phase 3）、/manage-project init が書き込む契約ファイル（SSOT.yaml または project.yaml、project_state.json、artifact_manifest.json）、およびフォルダーエントリーだけです。
• QC 成果物（セルフレビュー、報告チェックリスト、相互参照および参考文献の監査）は、原稿の最上位ではなく、プロジェクトルートの qc/ に配置してください。成果物を生成するスキルがここに書き込みます。
• 不採択後に投稿先を変更する場合： cp -r submission/{old} submission/{new} を実行してから、カバーレターを書き直し、書式を整えます。
• ダブル・アノニマイズ方式のジャーナル（Chest、AJRCCM）では、タイトルページと匿名化原稿を submission/{journal}/ の下に別々のファイルとして置く必要があります。
• 既存のプロジェクトラベルとファイル名は、ワークスペースですでに使用されている言語のままにしてください。

適用するタイミング

• プロジェクトの受け入れ時：ユーザーが簡易評価のみを希望している場合を除き、/manage-project init でひな型を作成します。
• 初回の投稿準備時：submission/{journal}/ を作成し、ファイルを配置します。
• プロジェクト途中の整理時：manuscript/ にバージョン付きファイルが3つを超えている場合、またはQC文書が最上位にある場合に整理します。
• セッション引き継ぎ前：構成が崩れている場合は整理します。

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ワークフロー

Phase 1：コンテキストの把握

1. 最上位のフォルダー名と重要なファイルを確認します。
2. 原稿と思われるファイル、表、図、プロトコル、分析出力を特定します。
3. 以下の情報を抽出します。
   • プロジェクトのタイトルまたは仮タイトル
   • 研究課題
   • データセットまたはコホートの手がかり
   • 共同研究者または所属機関
   • 投稿先・ジャーナルの手がかり

Phase 2：プロジェクトと段階の分類

以下を判定します。

• プロジェクトの種類：original | review | meta-analysis | case report | technical note | grant | peer review | challenge | career-doc
• 主な分野：radiology | medical AI | multimodal LLM | intervention | survival/prognostic | diagnostic accuracy | workflow
• 目標とする成果物：paper | abstract | grant | review | rebuttal | CV
• 想定される投稿先のジャーナルまたは媒体 — ファイルに記載がある場合のみ
• 現在の段階を1つ選択：idea | data assembly | analysis planning | analysis in progress | drafting | revision | submission prep | archived/unclear

フォルダーに複数の研究が混在している場合は、1つにまとめず、その旨を伝えてください。

確認ゲート： 分類（プロジェクトの種類、段階、目標とする成果物）をユーザーに提示してください。 ファイルを作成する前に確認を取ってください。誤分類すると、誤ったひな型の作成やスキルの振り分けにつながります。

Phase 3：不足している入力情報の確認

作業を妨げる依存関係と、よくある不足項目を確認します。

• 明確な研究課題がない
• 投稿先のジャーナルが決まっていない
• 分析計画がない
• 変数辞書がない
• 主張と結果の対応表がない
• 改訂稿のレビュー記録がない

不足している場合は、軽量な基準ファイル — PROJECT.md、STATUS.md、CLAIMS.md、 DATA_DICTIONARY.md、ANALYSIS_PLAN.md、REVIEW_LOG.md — のうち、プロジェクトの種類に必要なものだけを提案するか、作成してください。 PROJECT.md または STATUS.md を作成する場合は、${CLAUDE_SKILL_DIR}/references/memory_templates.md を読んでください。

Phase 4：標準化した概要の作成

次の構成で出力します。

## Project Intake Summary
Project: ...
Type: ...
Current stage: ...
Likely target: ...

### What exists
- ...

### What is missing
- ...

### Risks / ambiguities
- ...

### Recommended next actions (3-5, in dependency order)
1. ...
2. ...
3. ...

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引き継ぎルール

インテーク後：

• 文献的根拠が弱い場合は search-lit にルーティングします
• 研究課題はあるものの、設計の論理が不明確な場合は design-study にルーティングします
• フォルダーのスキャフォールディングが必要な場合は manage-project にルーティングします
• プロジェクトのフェーズが明確に drafting になってから write-paper にルーティングします