literature-search

文献検索

Valyu のセマンティック検索 API を利用して、自然言語クエリで主要な科学文献データベース（PubMed、arXiv、bioRxiv、medRxiv）を横断検索します。

このスキルが強力な理由

• API パラメーターの解析が不要：自然言語のクエリをそのまま渡すだけです。複雑な検索パラメーターを組み立てる必要はありません
• セマンティック検索：キーワードの一致だけでなく、クエリの意味を理解します
• 全文へのアクセス：抄録だけでなく、記事の全文を取得します
• 画像リンク：論文の図や画像も含まれます
• 包括的なカバレッジ：PubMed、arXiv、bioRxiv、medRxiv を同時に検索します
• 結果の統合：すべてのソースの結果を 1 つのクエリで取得します

要件

1. Node.js 18 以降（組み込みの fetch を使用）
2. Valyu API キー（https://platform.valyu.ai から取得できます。10 ドル分の無料クレジット付き）

重要：スクリプトパスの解決

このドキュメントの scripts/search コマンドは、このスキルのインストールディレクトリを基準とした相対パスです。

コマンドを実行する前に、次の方法でスクリプトの場所を特定してください。

LITERATURE_SCRIPT=$(find ~/.claude/plugins/cache -name "search" -path "*/literature-search/*/scripts/*" -type f 2>/dev/null | head -1)

その後、すべてのコマンドでフルパスを使用してください。

$LITERATURE_SCRIPT "CRISPR gene editing advances" 15

API キーの設定手順

検索を実行して "setup_required": true が返された場合は、次の手順に従ってください。

1. ユーザーに API キーを尋ねます。 「科学文献を検索するには、Valyu API キーが必要です。https://platform.valyu.ai から無料で取得できます（10 ドル分のクレジット付き）。」

2. ユーザーからキーを受け取ったら、次を実行します。

   scripts/search setup <api-key>
   

3. 最初の検索を再試行します。

このスキルを使用する場面

• あらゆる分野を対象とする包括的な文献レビュー
• トピックに関連するすべての研究の検索
• 分野横断的な科学的発見
• 生物医学、物理学、プレプリントの文献を組み合わせた検索
• 分野をまたぐ新たな研究の検索

出力形式

{
  "success": true,
  "type": "literature_search",
  "query": "CRISPR gene editing advances",
  "result_count": 15,
  "results": [
    {
      "title": "Article Title",
      "url": "https://...",
      "content": "Full article text with figures...",
      "source": "pubmed|arxiv|biorxiv|medrxiv",
      "relevance_score": 0.95,
      "images": ["https://example.com/figure1.jpg"]
    }
  ],
  "cost": 0.025
}

結果の処理

jq を使用する場合

# Get article titles
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[].title'

# Get URLs
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[].url'

# Extract full content
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[].content'

# Filter by source
scripts/search "query" 20 | jq -r '.results[] | select(.source == "arxiv") | .title'

よくあるユースケース

包括的な文献レビュー

# Search across all sources for thorough review
scripts/search "mechanisms of cellular senescence" 100

分野横断的な研究

# Find papers spanning multiple fields
scripts/search "quantum computing applications in drug discovery" 50

最近の動向

# Get latest preprints and publications
scripts/search "foundation models for protein folding" 30

医学研究

# Search biomedical literature comprehensively
scripts/search "immunotherapy checkpoint inhibitors resistance" 40

エラー処理

すべてのコマンドは success フィールドを含む JSON を返します。

{
  "success": false,
  "error": "Error message"
}

終了コード：

• 0 - 成功
• 1 - エラー（詳細は JSON を確認してください）

API エンドポイント

• ベース URL：https://api.valyu.ai/v1
• エンドポイント：/search
• 認証：X-API-Key ヘッダー

アーキテクチャ

scripts/
├── search          # Bash wrapper
└── search.mjs      # Node.js CLI

Node.js 組み込みの fetch() を使用して API を直接呼び出すため、外部依存関係はありません。

プロジェクトへの追加

AI プロジェクトを構築しており、文献検索をアプリケーションに直接統合する場合は、Valyu SDK を使用してください。

Python との統合

from valyu import Valyu

client = Valyu(api_key="your-api-key")

response = client.search(
    query="your search query here",
    included_sources=["valyu/valyu-pubmed", "valyu/valyu-arxiv", "valyu/valyu-biorxiv", "valyu/valyu-medrxiv"],
    max_results=20
)

for result in response["results"]:
    print(f"Title: {result['title']}")
    print(f"URL: {result['url']}")
    print(f"Content: {result['content'][:500]}...")

TypeScript との統合

import { Valyu } from "valyu-js";

const client = new Valyu("your-api-key");

const response = await client.search({
  query: "your search query here",
  includedSources: ["valyu/valyu-pubmed", "valyu/valyu-arxiv", "valyu/valyu-biorxiv", "valyu/valyu-medrxiv"],
  maxResults: 20
});

response.results.forEach((result) => {
  console.log(`Title: ${result.title}`);
  console.log(`URL: ${result.url}`);
  console.log(`Content: ${result.content.substring(0, 500)}...`);
});

統合例と SDK リファレンスの詳細については、Valyu のドキュメントを参照してください。