llm-wiki

LLM Wiki — Claude Code + Obsidian のための第二の脳

Andrej Karpathy の LLM Wiki パターン（gist）に着想を得ています。このスキルを使うと、Claude Code（または任意のエージェント CLI）が、ソースを与えるたびに永続的で相互にリンクされた Obsidian Vault を段階的に構築・管理する、規律ある Wiki メンテナーになります。知識は積み重なります。質問する時点で、相互参照、矛盾、統合がすでにそろっています。

核となる原則

LLM とドキュメントを組み合わせたワークフローの多くはRAGです。質問時に断片を検索し、その場で一から統合して、忘れてしまいます。一方、Wiki は蓄積型です。ソースは一度だけ読み込まれ、永続的な Markdown ナレッジベースに統合され、最新の状態に保たれます。あなたが情報を整理して質問し、LLM が読み込み、分類し、相互参照して、管理します。

Obsidian は IDE です。LLM はプログラマーです。Wiki はコードベースです。

使用する場面

• 個人：目標、健康、心理、日記、自己改善を記録する
• 調査：論文、記事、レポート、進化する仮説など、あるトピックを数週間にわたって深く調べる
• 読書の伴走：読み進めながら章を保存し、登場人物、テーマ、プロットの流れをまとめたファン Wiki 風のガイドを作る
• ビジネス／チーム：Slack、議事録、通話内容を取り込む社内 Wiki。誰もやりたがらない管理作業を LLM が担う
• 競合分析、デューデリジェンス、旅行計画、講義ノート、趣味の深掘り

**次の場合は使用しないでください：**固定されたドキュメントについて一度きりの Q&A が必要な場合（RAG を使用してください）、時間をかけてソースを追加する予定がない場合、または Obsidian をワークフローに組み込みたくない場合。

アーキテクチャ（三つのレイヤー）

vault/
├── raw/                    # Layer 1 — IMMUTABLE source of truth
│   ├── <source files>      # Articles, papers, PDFs, images, data
│   └── assets/             # Downloaded images from clipped articles
├── wiki/                   # Layer 2 — LLM-owned knowledge base
│   ├── index.md            # Content catalog (LLM updates every ingest)
│   ├── log.md              # Append-only timeline (## [YYYY-MM-DD] <op> | <title>)
│   ├── entities/           # Person/Org/Place pages
│   ├── concepts/           # Ideas, theories, frameworks
│   ├── sources/            # One summary page per ingested source
│   ├── comparisons/        # Cross-source analysis pages
│   └── synthesis/          # High-level syntheses, theses, overviews
├── CLAUDE.md               # Schema + conventions (Claude Code)
└── AGENTS.md               # Same content, for Codex/Cursor/Antigravity

• レイヤー 1（raw/） — あなたが管理します。LLM は読み取りのみで、書き込みはしません。
• レイヤー 2（wiki/） — LLM が管理します。ページを作成、更新し、相互参照を追加します。あなたは内容を読みます。
• レイヤー 3（CLAUDE.md / AGENTS.md） — スキーマです。規約、ワークフロー、フロントマターのルールを定めます。あなたと LLM が共同で進化させます。

三つの主要な操作

1. 取り込み — LLM がソースを読み、要点についてあなたと話し合い、ソースの概要を作成し、関連する 10～15 個のページを更新して、インデックスを更新し、ログに追記します。references/ingest-workflow.md を参照してください。
2. 質問 — LLM がまず index.md を読み、関連するページを掘り下げ、引用付きで情報を統合します。良い回答はWiki に保存し直すことで、調査内容を積み重ねられます。references/query-workflow.md を参照してください。
3. Lint — 健全性を確認します。矛盾、古くなった主張、孤立したページ、欠けている相互参照、独自ページがない言及済みの概念、ウェブ検索で補うデータの不足を調べます。references/lint-workflow.md を参照してください。

クイックスタート

# 1. Initialize a vault (in Obsidian's vault directory)
python scripts/init_vault.py --path ~/vaults/research --topic "LLM interpretability"

# 2. Drop a source into raw/, then ingest
/wiki-ingest ~/vaults/research/raw/anthropic-monosemanticity.pdf

# 3. Ask questions (answers can be re-filed into the wiki)
/wiki-query "how does monosemanticity compare to mechanistic interpretability?"

# 4. Periodic health check
/wiki-lint

# 5. See the timeline
/wiki-log --last 10

スラッシュコマンド（このプラグインに同梱）

コマンド	目的
/wiki-init	スキーマファイルと初期構成を含む、新しい Vault を初期化する
/wiki-ingest <path>	ソースを読み、話し合い、Wiki を更新してログに記録する
/wiki-query <question>	Wiki を検索して回答を統合し、結果を Wiki に保存するか確認する
/wiki-lint	健全性を確認する — 矛盾、孤立したページ、古くなった主張、不足項目
/wiki-log	最近のログ項目を表示する（log.md に unix ツールを使用）

サブエージェント（このプラグインに同梱）

エージェント	起動される場面
wiki-ingestor	委任された取り込みフロー — ソースを読み、更新案を提示し、あなたの承認後に適用する
wiki-linter	健全性確認のワークフローを独立して実行し、検出事項を報告する
wiki-librarian	インデックスを優先して検索し、引用付きで情報を統合して質問に回答する

Python ツール（scripts/）

すべてのツールは標準ライブラリのみを使用します（pip によるインストールは不要です）。python scripts/<tool>.py --help で実行してください。

スクリプト	目的
init_vault.py	フォルダー構造を作成し、CLAUDE.md、AGENTS.md、index.md、log.md を初期配置します
ingest_source.py	補助ツール：ソースファイルからテキスト／フロントマターを抽出し、LLM によるレビューに備えます
update_index.py	Wiki ページのフロントマター（カテゴリ、日付、ソース数）から index.md を再生成します
append_log.py	標準形式のログエントリー ## [YYYY-MM-DD] <op> | <title> を追記します
wiki_search.py	Wiki ページを BM25 で検索します（index.md だけでは不十分な場合の単独フォールバック）
lint_wiki.py	オーファン（被リンクのないページ）、古いページ、欠落している相互参照、リンク切れを検出します
graph_analyzer.py	リンクグラフの統計情報（ハブ、オーファン、クラスター、連結されていないコンポーネント）を計算します
export_marp.py	Wiki ページ（またはサブツリー）を Marp スライドデッキにレンダリングします

ツール間の互換性

Vault のスキーマは、CLAUDE.md（Claude Code）または AGENTS.md（Codex／Cursor／Antigravity／OpenCode）にあります。同じ内容をどちらでも使用できます。このプラグインには両方のテンプレートが含まれています。ツールごとのセットアップ手順については、references/cross-tool-setup.md を参照してください。

CLAUDE.md       → Claude Code
AGENTS.md       → Codex CLI, Cursor, Antigravity, OpenCode, Gemini CLI
.cursorrules    → legacy Cursor (pre-AGENTS.md)

スクリプトは純粋な Python 標準ライブラリなので、どこでも同じように実行できます。ツールごとに変更が必要なのはローダーファイルだけです。

Obsidian のセットアップ（推奨）

• Obsidian Web Clipper — ブラウザー拡張機能です。ウェブ記事を Markdown に変換し、raw/ に保存します
• 画像をローカルにダウンロード — Settings → Files and links → Attachment folder path = raw/assets/。Settings → Hotkeys → 「Download attachments for current file」に Ctrl+Shift+D を割り当てます
• グラフビュー — ハブ／オーファンを確認できます。構造上の問題を見つけるために欠かせません
• Marp プラグイン — Wiki ページから Markdown ベースのスライドデッキを直接作成します
• Dataview プラグイン — ページのフロントマター（タグ、日付、ソース数）を使った動的なテーブル／リストを作成します
• Git — Vault は通常の Markdown リポジトリです。バージョン管理してください

セットアップの詳しい手順：references/obsidian-setup.md

これが機能する理由（通常の RAG との比較）

通常の RAG	LLM Wiki
クエリのたびに知識を再発見する	知識が蓄積されます
相互参照を毎回再計算する	相互参照は事前に記述され、維持されます
矛盾は質問した場合にのみ明らかになる	取り込み中に矛盾が指摘されます
探索内容はチャット履歴に埋もれる	役立つ回答は新しいページとして再保存されます
埋め込みインフラストラクチャによってスケールする	Markdown と index.md、および任意のローカル検索によってスケールします

ソースが約 100 件、ページが数百件程度であれば、index.md とファイルシステム検索で十分です。それ以上になったら、qmd などのローカル検索ツールを追加するか、scripts/wiki_search.py を使用してください。

関連スキル（context: fork を介して連携）

このスキルには context: fork が設定されているため、ほかのスキルから連携できます。

• para-memory-files — PARA メソッドによるメモリーです。Wiki にソースを提供する長期的な個人メモリーとして相互補完します
• obsidian-vault（mattpocock）— 軽量な Obsidian ノート補助ツールです。このスキルはその上に構築される、維持管理された Wiki のレイヤーです
• rag-design — Wiki が約 500 ページを超えたら、rag-design を使って検索レイヤーを追加します
• mcp-design — Wiki を MCP ツールとして公開します
• agent-communication — 複数エージェントによる Wiki の保守（取り込み担当＋リンター＋司書）に使用します

参考ドキュメント

• references/wiki-schema.md — Vault の全体レイアウト、ページのフロントマター、命名規則
• references/page-formats.md — エンティティ、概念、ソース、比較、統合のテンプレート
• references/ingest-workflow.md — wiki-ingestor エージェントが従う、取り込みの詳細なワークフロー
• references/query-workflow.md — クエリのパターン、引用形式、回答の再保存
• references/lint-workflow.md — ヘルスチェックのヒューリスティック
• references/obsidian-setup.md — Obsidian のプラグイン、ホットキー、Vault の設定
• references/cross-tool-setup.md — ツールごとのセットアップ（Codex、Cursor、Antigravity など）
• references/memex-principles.md — Bush の Memex と、LLM によって保守に関する考え方が変わる理由

テンプレート（assets/）

• CLAUDE.md.template、AGENTS.md.template、.cursorrules.template — 各ツール用のスキーマローダー
• index.md.template、log.md.template — 初期インデックスとログ
• page-templates/ — エンティティ、概念、ソースの要約、比較、統合
• example-vault/ — 参考またはコピーして使える、小規模な作成例

絶対ルール

LLM が raw/ 内のファイルを編集することは決してありません。 ソースは不変です。LLM による書き込みはすべて wiki/ に行います。ソースを修正する必要がある場合は、自分で raw/ 内のファイルを修正してから、再取り込みしてください。