open-targets-search

Open Targets 検索

Valyu のセマンティック検索 API を利用した自然言語クエリで、Open Targets の薬剤と疾患の関連性およびターゲット検証データの完全なデータベースを検索します。

このスキルの強み

• API パラメーターの解析が不要：自然言語のクエリをそのまま渡すだけで検索できます。複雑な検索パラメーターを構築する必要はありません
• セマンティック検索：キーワードの一致だけでなく、クエリの意味を理解します
• 全文データへのアクセス：エビデンススコア付きの、ターゲットと疾患の関連データ全体を返します
• 画像リンク：利用可能な場合はデータの可視化も含まれます
• 網羅的なカバレッジ：Open Targets の薬剤と疾患の関連データすべてにアクセスできます

必要条件

1. Node.js 18 以降（組み込みの fetch を使用）
2. Valyu API キー（https://platform.valyu.ai から取得できます。10 ドル分の無料クレジット付き）

重要：スクリプトのパス解決

このドキュメントに記載されている scripts/search コマンドのパスは、このスキルのインストールディレクトリを基準としています。

コマンドを実行する前に、次の方法でスクリプトの場所を確認してください。

OPEN_TARGETS_SCRIPT=$(find ~/.claude/plugins/cache -name "search" -path "*/open-targets-search/*/scripts/*" -type f 2>/dev/null | head -1)

その後、すべてのコマンドで完全なパスを使用してください。

$OPEN_TARGETS_SCRIPT "JAK2 inhibitors" 15

API キーの設定手順

検索を実行し、"setup_required": true を受け取った場合は、次の手順に従ってください。

1. ユーザーに API キーを求めます。 「Open Targets を検索するには、Valyu API キーが必要です。https://platform.valyu.ai から無料で取得できます（10 ドル分のクレジット付き）。」

2. ユーザーからキーを受け取ったら、次を実行します。

   scripts/search setup <api-key>
   

3. 元の検索を再試行します。

このスキルの用途

• 疾患のターゲット検証
• 薬剤と疾患の関連性の確認
• 研究におけるターゲットの優先順位付け
• ターゲットの遺伝学的エビデンス
• ターゲットと疾患の経路解析
• 治療仮説の検証

出力形式

{
  "success": true,
  "type": "open_targets_search",
  "query": "JAK2 inhibitors",
  "result_count": 10,
  "results": [
    {
      "title": "Target-Disease Association",
      "url": "https://platform.opentargets.org/...",
      "content": "Association data, evidence, scores...",
      "source": "open-targets",
      "relevance_score": 0.95,
      "images": ["https://example.com/pathway.png"]
    }
  ],
  "cost": 0.025
}

結果の処理

jq を使用する場合

# Get association titles
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].title'

# Get URLs
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].url'

# Extract full content
scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].content'

一般的なユースケース

ターゲット検証

# Find target evidence
scripts/search "kinase targets in inflammatory diseases" 50

薬剤の再利用

# Search for repurposing opportunities
scripts/search "drugs targeting IL-6 pathway" 20

遺伝学的エビデンス

# Find genetic associations
scripts/search "loss of function variants protective effects" 15

疾患メカニズム

# Search for mechanistic insights
scripts/search "immune checkpoint targets in cancer" 25

エラー処理

すべてのコマンドは、success フィールドを含む JSON を返します。

{
  "success": false,
  "error": "Error message"
}

終了コード：

• 0 - 成功
• 1 - エラー（詳細は JSON を確認してください）

API エンドポイント

• ベース URL：https://api.valyu.ai/v1
• エンドポイント：/search
• 認証：X-API-Key ヘッダー

アーキテクチャ

scripts/
├── search          # Bash wrapper
└── search.mjs      # Node.js CLI

Node.js 組み込みの fetch() を使って API を直接呼び出します。外部依存関係はありません。

プロジェクトへの追加

AI プロジェクトを構築していて、Open Targets Search をアプリケーションに直接統合したい場合は、Valyu SDK を使用してください。

Python との統合

from valyu import Valyu

client = Valyu(api_key="your-api-key")

response = client.search(
    query="your search query here",
    included_sources=["valyu/valyu-open-targets"],
    max_results=20
)

for result in response["results"]:
    print(f"Title: {result['title']}")
    print(f"URL: {result['url']}")
    print(f"Content: {result['content'][:500]}...")

TypeScript との統合

import { Valyu } from "valyu-js";

const client = new Valyu("your-api-key");

const response = await client.search({
  query: "your search query here",
  includedSources: ["valyu/valyu-open-targets"],
  maxResults: 20
});

response.results.forEach((result) => {
  console.log(`Title: ${result.title}`);
  console.log(`URL: ${result.url}`);
  console.log(`Content: ${result.content.substring(0, 500)}...`);
});

統合例と SDK リファレンスの全容については、Valyu ドキュメントを参照してください。