mcpField
O
opencite

opencite

github.com/neuromechanist生産性5038 回インストール今日更新
リポジトリ

opencite について

OpenCiteは、研究者向けの学術文献検索・引用管理コマンドラインツールです。複数の学術ソースの結果を統合して重複を除き、論文取得、PDF変換、一括処理にも対応します。

主な機能

  1. 01複数の文献ソースを検索
  2. 02検索結果の重複排除
  3. 03引用関係の探索
  4. 04PDFの取得と変換
  5. 05論文の一括取得

活用シーン

  1. 01基礎論文や最新論文の検索
  2. 02ある研究を引用する論文の追跡
  3. 03読む論文のダウンロードと変換
  4. 04BibTeX形式の参考文献作成

インストール

コマンドをコピーしてターミナルで実行します。

$npx skills add https://github.com/neuromechanist/research-skills --skill opencite

インストール後、Claude Code で/openciteを入力して読み込まれたか確認します。

同梱ファイル

SKILL.md と一緒にインストールされる参考資料やスクリプト。

references/
api-keys-and-config.md
cli-reference.md
common-workflows.md

詳細

OpenCite CLI

OpenCite は、学術文献の検索と引用管理を行う CLI ツールです。Semantic Scholar、OpenAlex、PubMed、arXiv、bioRxiv/medRxiv の検索結果を集約して重複を除去し、書式を整えて出力します。また、PDF の取得、PDF から Markdown への変換、一括処理にも対応しています。

インストール

# Recommended
uv pip install opencite

# Alternative: run without installing
uvx opencite --version

PDF 変換機能（markitdown と markit-mistral）はデフォルトで含まれています。MISTRAL_API_KEY が設定されている場合、markit-mistral が数式、表、複雑なレイアウトを処理します。それ以外の場合は、無料でローカル実行可能な markitdown が代わりに使用されます。

開発環境の場合：

uv sync --extra dev

リサーチのワークフロー

文献調査、論文の取得、または特定のトピックに関する資料の読解には、次のエンドツーエンドのワークフローに従ってください。

1. 関連する論文を検索する

依頼内容に応じて検索方法を選択します。

  • 代表的な論文／基礎となる論文：uvx opencite canonical "topic" --max 10
  • 最近の論文または特定の論文：uvx opencite search "query" --max 20 --sort citations
  • 引用グラフの探索：uvx opencite cite "DOI" --direction both
  • 必要に応じて検索方法を組み合わせます（例：背景情報には canonical、最近の研究には search を使用）
2. 論文を評価して選択する

引用数、関連性、新しさ、オープンアクセスで利用できるかどうかを考慮して検索結果を確認します。概要を提示し、取得する論文を確認します。

3. ダウンロードして変換する

複数の論文の場合（推奨）： 検索結果を JSON として保存し、batch-fetch を使用します。

uvx opencite search "topic" --max 10 -f json -o results.json
uvx opencite batch-fetch --from-json results.json --convert -o ./papers --summary report.json

batch-fetch --convert は次のディレクトリ構造を自動的に作成します。

papers/
├── pdf/          # downloaded PDFs
└── markdown/     # converted markdown files
    └── img/      # per-paper image directories (mistral only)

個別の論文の場合：

uvx opencite pdf "10.1234/example" -o papers/pdf/ --convert

注：pdf --convert は PDF と同じ場所に Markdown ファイルを配置し、画像は抽出しません。画像を抽出して整理されたサブディレクトリ構造にするには、batch-fetch を使用してください。

4. 読んで統合する

変換された Markdown ファイルを読んで、より詳しく分析します。

  • 複数の論文にわたる主要な知見を要約する
  • 共通するテーマや見解の相違を特定する
  • batch-fetch を使用した場合、Markdown は papers/markdown/ に、抽出された画像（markit-mistral のみ）は papers/markdown/img/ 配下の論文ごとのサブディレクトリに保存されます
  • 引用用の BibTeX を生成する：uvx opencite lookup "DOI" -f bibtex --append-bib refs.bib

コマンドの概要

コマンド用途
search複数の API を対象に、クエリに一致する論文を検索します
lookupDOI、PMID、PMCID、またはその他の識別子で特定の論文を検索します
cite指定した識別子の論文を引用している論文、またはその論文に引用されている論文を取得します
canonicalトピックに関する引用数の多い基礎的な論文を検索します
pdf識別子で指定した論文の PDF をダウンロードします
convertローカルの PDF ファイルを Markdown に変換します
ids識別子の種類（DOI、PMID、PMCID）を相互変換します
batch-fetch複数の論文の PDF をダウンロードし、必要に応じて変換します
configopencite の設定を管理します（init、show、path）

オプションの一覧は、references/cli-reference.md を参照してください。

設定の基本

設定を初期化し、解決された値を確認します。

uvx opencite config init   # create ~/.opencite/config.toml template
uvx opencite config show   # display resolved config (keys masked)

主な環境変数：

  • SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY - Semantic Scholar API
  • PUBMED_API_KEY - NCBI/PubMed API
  • OPENALEX_API_KEY - OpenAlex API（2026 年 2 月以降必須）
  • MISTRAL_API_KEY - 強化版 PDF から Markdown への変換（任意）

出版社のトークンや読み込みの優先順位を含む設定の詳細は、references/api-keys-and-config.md を参照してください。

エラー処理

  • レート制限：Semantic Scholar には厳しいレート制限（1 req/sec）があります。レート制限エラーが発生した場合は、待ってから再試行してください。
  • API キーがない場合：コマンドはキーがないことを警告しますが、利用可能なソースには引き続きクエリを実行します。
  • タイムアウト：コマンドを再試行するか、--source で別のソースを指定してください。
  • PDF が見つからない場合：opencite は、試したソースとそれぞれで失敗した理由を報告します。ペイウォールのある論文には、機関経由のアクセスまたは出版社の API トークンが必要な場合があります。

参考資料

コメント

Markdown 対応