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paper-lookup

paper-lookup

github.com/crazymsn生産性2347 回インストール22 週間前に更新
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paper-lookup について

検索内容に応じて10の学術論文データベースから選択し、REST APIを呼び出す文献検索スキルです。論文、著者の業績、引用関係、オープンアクセスPDFや全文の検索に使え、照会先と生の結果を提示します。

主な機能

  1. 01検索目的に応じたデータベース選択
  2. 02複数データベースを組み合わせた検索
  3. 03DOI、PMID、arXiv IDなどの識別子に対応
  4. 04メタデータ、引用、オープンアクセス全文の検索
  5. 05照会先、エンドポイント、応答の提示

活用シーン

  1. 01分野横断でテーマに関する論文を検索
  2. 02DOIで論文を調べ、オープンアクセス版を探す
  3. 03著者の業績や引用関係を調べる
  4. 04プレプリントを探す、または入手可能な全文を取得

インストール

コマンドをコピーしてターミナルで実行します。

$npx skills add https://github.com/crazymsn/academic-skills --skill paper-lookup

インストール後、Claude Code で/paper-lookupを入力して読み込まれたか確認します。

同梱ファイル

SKILL.md と一緒にインストールされる参考資料やスクリプト。

references/
arxiv.md
biorxiv.md
core.md
crossref.md
medrxiv.md
openalex.md
pmc.md
pubmed.md
semantic-scholar.md
unpaywall.md

詳細

論文検索

REST API を介して、10 の学術論文データベースを利用できます。ユーザーのクエリに最適なデータベースを判断して呼び出し、結果を返してください。

基本的なワークフロー

  1. クエリを理解する -- ユーザーが何を求めているかを確認します。DOI で特定の論文を探しているのか、あるトピックに関する論文なのか、著者の出版物なのか、オープンアクセスの PDF なのか、全文なのかを判断します。これによって、利用するデータベースが決まります。

  2. データベースを選択する -- 以下のデータベース選択ガイドを使用します。複数のデータベースを利用するとよいクエリも多くあります。たとえば、PubMed で論文を検索してから、Unpaywall でオープンアクセス版を確認します。

  3. リファレンスファイルを読む -- 各データベースのエンドポイントの詳細、クエリ形式、呼び出し例は、references/ 内のリファレンスファイルに記載されています。API を呼び出す前に、該当するファイルを読んでください。

  4. API を呼び出す -- お使いのプラットフォームで使用する HTTP フェッチツールについては、以下の API の呼び出し セクションを参照してください。

  5. 結果を返す -- 常に以下を返してください。

    • 各データベースからの生の JSON（arXiv の場合は解析済み XML）レスポンス
    • クエリしたデータベースと、使用した具体的なエンドポイントの一覧
    • クエリで結果が得られなかった場合は、省略せずその旨を明記してください

データベース選択ガイド

ユーザーの意図に合ったデータベースを選択してください。

用途別
ユーザーの質問内容主なデータベース併せて検討するデータベース
生物医学トピックに関する論文PubMedSemantic Scholar、OpenAlex
生物医学論文の全文PMCCORE
生物学のプレプリントbioRxivSemantic Scholar、OpenAlex
ヘルスケア／医学分野のプレプリントmedRxivSemantic Scholar、OpenAlex
物理学、数学、またはコンピューターサイエンス分野のプレプリントarXivSemantic Scholar、OpenAlex
全分野にわたる論文OpenAlexSemantic Scholar、Crossref
DOI で特定の論文を検索CrossrefUnpaywall、Semantic Scholar
論文のオープンアクセス PDFUnpaywallCORE、PMC
引用グラフ（誰が誰を引用しているか）Semantic ScholarOpenAlex
著者の出版物Semantic ScholarOpenAlex
論文の推薦Semantic Scholar--
全文（全分野）COREPMC（生物医学分野のみ）
学術誌／出版社のメタデータCrossrefOpenAlex
資金提供者の情報CrossrefOpenAlex
PMID／PMCID／DOI の相互変換PMC（ID Converter）Crossref
日付の新しいプレプリントbioRxiv、medRxivarXiv
複数データベースを使うクエリ
ユーザーの質問内容クエリするデータベース
論文に関するすべての情報（メタデータ＋引用＋OA）Crossref + Semantic Scholar + Unpaywall
包括的な文献検索PubMed + OpenAlex + Semantic Scholar
論文を見つけて読むPubMed（検索）+ Unpaywall（OA リンク）+ PMC または CORE（全文）
プレプリントと出版済みバージョンbioRxiv/medRxiv + Crossref
引用指標を含む著者の概要Semantic Scholar + OpenAlex

「CRISPR に関する論文を探して PDF も取得して」のように、クエリに複数のニーズが含まれる場合は、関連するデータベースに並行してクエリしてください。

一般的な識別子の形式

データベースによって識別子のシステムは異なります。クエリに失敗した場合は、識別子の形式が間違っている可能性があります。

識別子形式例使用先
DOI10.xxxx/xxxxx10.1038/nature12373すべてのデータベース
PMID整数34567890PubMed、PMC、Semantic Scholar
PMCIDPMC + 数字PMC7029759PMC、Europe PMC
arXiv IDYYMM.NNNNN2103.15348arXiv、Semantic Scholar
OpenAlex IDW + 数字W2741809807OpenAlex
Semantic Scholar ID40 文字の 16 進数649def34f8be...Semantic Scholar
ORCID0000-XXXX-XXXX-XXXX0000-0001-6187-6610OpenAlex、Crossref
ISSNXXXX-XXXX0028-0836Crossref、OpenAlex

ID の相互参照： Semantic Scholar は、プレフィックスを付けることで DOI、PMID、PMCID、arXiv ID を受け付けます（例：DOI:10.1038/nature12373、PMID:34567890、ARXIV:2103.15348）。OpenAlex はプレフィックス付きの DOI と PMID を受け付けます（doi:10.1038/...、pmid:34567890）。PMC ID Converter を使うと、PMID、PMCID、DOI の相互変換ができます。

API キーとアクセス

これらのデータベースのほとんどは完全にオープンです。一部では、API キーを使うとレート制限が緩和されます。

API キーが必要、または利用すると便利なデータベース
データベース環境変数必須？登録先
NCBI（PubMed、PMC）NCBI_API_KEYいいえ（キーなしでは 3 req/s、キーありでは 10）https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/settings/
CORECORE_API_KEY全文には必須https://core.ac.uk/services/api
Semantic ScholarS2_API_KEYいいえ（キーなしでは共有プールを使用）https://www.semanticscholar.org/product/api#api-key-form
OpenAlexOPENALEX_API_KEY推奨https://openalex.org/settings/api
完全にオープンなデータベース（キー不要）
データベース備考
bioRxiv / medRxiv認証不要、公開されているレート制限なし
arXiv認証不要、最大 3 秒に 1 リクエスト
Crossref認証不要。配慮されたプールを利用するには mailto パラメーターを追加（レート制限が 2 倍）
Unpaywall認証不要。email パラメーターが必要
API キーの読み込み
  1. まず環境を確認します -- キーがすでにエクスポートされている場合があります（例：$NCBI_API_KEY）。
  2. 次に .env を確認します -- 現在の作業ディレクトリにある .env を確認します。
  3. キーなしで進めます -- ほとんどの API は、レート制限が低くても引き続き利用できます。不足しているキーと入手方法をユーザーに伝えてください。

API 呼び出し

お使いの環境の HTTP フェッチツールを使って、REST エンドポイントを呼び出します。

プラットフォームHTTP フェッチツール代替手段
Claude CodeWebFetchBash 経由の curl
Gemini CLIweb_fetchシェル経由の curl
Windsurfread_url_contentターミナル経由の curl
Cursor専用のフェッチツールなしrun_terminal_cmd 経由の curl
Codex CLI専用のフェッチツールなしshell 経由の curl
Cline専用のフェッチツールなしexecute_command 経由の curl

フェッチツールが失敗した場合は、利用可能なシェルツール経由で curl に切り替えてください。

特殊なケース
  • arXiv は JSON ではなく Atom XML を返します。 パースするか、curl を使って関連フィールドを抽出してください。利用可能であれば、簡単なパーサーにパイプすることも検討してください。
  • PMC の eFetch は、全文について JATS XML を返します。 これは想定どおりです。全文記事は XML 形式です。
  • Crossref と Unpaywall では、配慮された高速プールを利用するために mailto パラメーターまたはメールアドレスを含めると便利です。
リクエストのガイドライン
  • NCBI API（PubMed、PMC）：キーなしでは最大 3 req/sec、キーありでは 10 req/sec です。リクエストは順番に送信してください。
  • arXiv：最大 3 秒に 1 リクエストです。余裕をもって待ってください。
  • Crossref：5 req/sec（公開プール）、10 req/sec（mailto を指定した配慮されたプール）です。
  • 厳格な制限がないその他の API では、複数のデータベースに並行してクエリを送信できます。
  • HTTP 429（レート制限）が返された場合は、少し待ってから一度だけ再試行してください。
エラーからの復旧
  1. 識別子の形式を確認する -- 共通識別子形式の表を使用してください。PMIDはarXivでは機能せず、arXiv IDはPubMedで直接使用できません。
  2. 別の識別子を試す -- あるデータベースでDOIが機能しない場合は、代わりにタイトルまたはPMIDを試してください。
  3. 別のデータベースを試す -- PubMedでコンピューターサイエンスの論文が見つからない場合は、Semantic ScholarまたはOpenAlexを試してください。
  4. 失敗を報告する -- どのデータベースで失敗したか、エラーの内容、代わりに試したことをユーザーに伝えてください。

出力形式

次のような形式で回答してください。

## Databases Queried
- **PubMed** -- esearch + esummary for "CRISPR gene therapy"
- **Unpaywall** -- DOI lookup for 10.1038/...

## Results

### PubMed
[raw JSON response or formatted results]

### Unpaywall
[raw JSON response]

結果が非常に大きい場合は、最も関連性の高い部分を提示し、さらにデータがあることを記載してください。ただし、ユーザーが求めているため、デフォルトでは未加工のJSON全体を表示してください。

利用可能なデータベース

APIを呼び出す前に、関連するリファレンスファイルを読んでください。

生物医学文献
データベースリファレンスファイル対象
PubMedreferences/pubmed.md3,700万件以上の生物医学文献引用、抄録、MeSH用語
PMCreferences/pmc.md1,000万件以上の全文生物医学論文（JATS XML）、ID変換
プレプリントサーバー
データベースリファレンスファイル対象
bioRxivreferences/biorxiv.md生物学のプレプリント（日付／DOIで閲覧、キーワード検索なし）
medRxivreferences/medrxiv.md医療科学のプレプリント（日付／DOIで閲覧、キーワード検索なし）
arXivreferences/arxiv.md物理学、数学、コンピューターサイエンス、生物学、経済学のプレプリント（キーワード検索、Atom XML）
学際的なインデックス
データベースリファレンスファイル対象
OpenAlexreferences/openalex.md2億5,000万件以上の研究成果、著者、機関、トピック、引用データ
Crossrefreferences/crossref.md1億5,000万件以上のDOIメタデータ、ジャーナル、資金提供者、参考文献
Semantic Scholarreferences/semantic-scholar.md2億件以上の論文、引用グラフ、AI生成のTLDR、推奨
オープンアクセスと全文
データベースリファレンスファイル対象
COREreferences/core.md世界中のOAリポジトリにある3,700万件以上の全文
Unpaywallreferences/unpaywall.mdあらゆるDOIのOAステータスとPDFリンク

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