pubmed-literature-search

PubMed 医学文献検索

NCBI E-utilities API を使用して、PubMed と PubMed Central の 3,600 万件を超える生物医学文献を検索します。このスキルを使うと、AI エージェントはブール演算子、MeSH 用語の展開、著者や雑誌による絞り込み、日付範囲の指定、全文への直接アクセスリンクを利用した高度な文献検索を実行できます。これにより、システマティックレビューの力を臨床および研究の AI ワークフローに直接取り入れられます。

クイックインストール

npx skills add Open-Medica/open-medical-skills --skill pubmed-literature-search

機能

• 高度なブール検索：AND、OR、NOT 演算子と、フィールドごとの修飾子（タイトル、抄録、著者、雑誌、MeSH）を使用して、PubMed の 3,600 万件を超える文献データベース全体を検索します
• MeSH 用語との連携：標準化された医学用語を使った検索が可能です。MeSH 階層のより細分化された記述子も取り込めるよう、用語を自動的に展開します
• 文献メタデータの取得：著者、雑誌、出版日、DOI、PubMed ID、抄録本文、MeSH 見出し、出版物の種類を取得します
• 全文へのアクセスリンク：論文がオープンアクセスで入手できる場合は PubMed Central（PMC）経由のリンクを提供し、利用できない場合は DOI リゾルバーのリンクにフォールバックします
• 日付範囲とフィルターのサポート：出版年、論文の種類（RCT、メタアナリシス、レビュー、症例報告）、言語、種（ヒト／動物）で結果を絞り込めます

臨床での使用例

• システマティックレビュー：心不全に対する SGLT2 阻害薬のシステマティックレビューを準備する研究者は、MeSH 用語を含む複雑なブール検索式を作成し、該当するすべての文献と抄録を取得して、スクリーニング用に構造化された結果をエクスポートできます。PubMed を手作業で何時間も閲覧する必要がなくなります。
• 診療現場でのエビデンス検索：珍しい薬物反応に遭遇した病院勤務医は、特定の薬剤と有害事象を関連付ける症例報告やファーマコビジランス研究をすばやく検索し、数秒で抄録の要約を受け取れます。
• 診療ガイドラインの作成支援：診療ガイドライン委員会は、特定の介入に関するすべての RCT とメタアナリシスをプログラムから検索し、日付範囲や質の指標で絞り込んで、委員会での検討用に構造化されたエビデンステーブルを作成できます。
• 研究の空白領域の特定：研究費申請を計画する医師研究者は、あるテーマに関する既存の文献を検索して最新の出版物を特定し、エビデンスが不足している領域を把握して、新たな研究の必要性を示すことができます。

安全性とエビデンス

• **安全性分類：**安全。このスキルは公開されている読み取り専用データベース（NCBI PubMed）を検索します。臨床上の判断を行ったり、患者データを変更したり、治療を処方したりすることはありません。返されるデータはすべて、出版済みの査読付き文献です。
• **エビデンスレベル：**高。PubMed は、米国国立医学図書館（NLM）が管理する、生物医学文献のゴールドスタンダードのデータベースです。E-utilities API は、世界中の数千の研究機関が利用する公式のプログラム用インターフェースです。

使用例

メトホルミンと心血管アウトカムに関する最近のメタアナリシスを検索する：

Search PubMed for meta-analyses published in the last 5 years
examining metformin's effect on cardiovascular mortality in
type 2 diabetes. Use MeSH terms and restrict to English-language
articles.

まれな薬物有害反応の症例報告を検索する：

Search PubMed for case reports of pembrolizumab-induced
myocarditis. Include the abstract text and PMC full-text links
where available. Sort by most recent first.

技術的な詳細

• **カテゴリ：**研究
• **作成者：**OMS Contributors（原作：Augmented-Nature）
• **ライセンス：**MIT
• **API：**NCBI E-utilities（ESearch、EFetch、ESummary、ELink）
• **レート制限：**NCBI では、API キーなしの場合は毎秒 3 リクエスト、無料の NCBI API キーを使用する場合は毎秒 10 リクエストが許可されています
• **依存関係：**HTTP クライアント（curl/fetch）、XML/JSON パーサー

参考資料

• NCBI E-utilities ドキュメント：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25501/
• PubMed ヘルプガイド：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/
• MeSH ブラウザー：https://meshb.nlm.nih.gov/
• NCBI API キーの登録：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/settings/

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