taxonomy-builder

タクソノミービルダー（ルーター、互換モード）

トリガーとルーティング

• トリガー: taxonomy、taxonomy builder、分類、テーマツリー、taxonomy.yml。
• 使用する場合: 調査／スナップショットの構造化段階（文章なし）で、papers/core_set.csv がすでにあり、マッピング可能で読者にわかりやすいテーマ構造を生成する必要がある場合。
• スキップする場合: すでに承認済みでマッピング可能なタクソノミーがある場合（無意味な再構成はしないでください）。
• ネットワーク: なし。
• ガードレール: 汎用的なプレースホルダーの分類項目は避け、2階層以上を保ち、各ノードに具体的な説明を付けてください。

papers/core_set.csv から outline/taxonomy.yml を作成します。

P0 互換性に関する注記：

• 出力仕様は変わりません（outline/taxonomy.yml、YAML リスト、2階層以上、具体的な説明）。
• 厳選されたドメインタクソノミーは、現在 Python の文章ではなく assets/domain_packs/*.yaml に保存されています。
• scripts/run.py は決定論的な足場／ヘルパーとして機能します。ドメインパックを検出し、利用可能な場合は読み込み、それ以外の場合は汎用ビルダーにフォールバックします。

読み込み順

1. references/overview.md
2. references/taxonomy_principles.md
3. ドメインパックが適用される場合は、references/domain_pack_<domain>.md と assets/domain_packs/<domain>.yaml を読み込みます
4. それ以外の場合は、references/archetypes_generic.md を読み込みます
5. references/examples_good.md と references/examples_bad.md を参照し、命名と説明の品質を調整します

現在の互換パック：

• llm_agents
• gen_image
• embodied_ai
• rag_evaluation

明示的なブラッシュアップマーカー

手動でブラッシュアップしたタクソノミーを確認した後にのみ、outline/taxonomy.refined.ok を作成してください。このマーカーは、タクソノミー、その上流の根拠資料、生成スクリプトより新しい場合にのみ有効です。古くなったマーカーは削除され、再生成の前に既存のタクソノミーがバックアップされます。

入力

• papers/core_set.csv（必須）
• オプション：papers/papers_dedup.jsonl
• オプション：DECISIONS.md、GOAL.md、queries.md

出力

• outline/taxonomy.yml

アセット仕様

• assets/taxonomy_schema.json：ドメインパック／出力要件の機械可読形式の構造
• assets/domain_packs/*.yaml：サポート対象ドメインの互換ドメインパック

スクリプトの役割

決定論的な補助に限り、scripts/run.py を使用してください。

• プレースホルダーではないユーザーのタクソノミーを上書きしない
• 現在の CLI フラグ／出力パスを維持する
• GOAL.md／queries.md が検出仕様に明示的に一致する場合にのみ、サポート対象のドメインタクソノミーを読み込む
• ドメインパックがない場合に備え、汎用フォールバックビルダーを維持する

手動でブラッシュアップする場合

以下に該当する場合は、ユニットを DONE とする前に、生成されたタクソノミーをブラッシュアップしてください。

• 最上位の分類項目が、章レベルの問いではなくキーワードのまとまりに見える
• 葉の名前が汎用的（Overview、Benchmarks、Open Problems、Misc）
• 説明に対象範囲の手がかりや代表的な論文の参照がない
• ドメイン検出で誤ったパックが選択された

クイックスタート

• uv run python .codex/skills/taxonomy-builder/scripts/run.py --help
• uv run python .codex/skills/taxonomy-builder/scripts/run.py --workspace <workspace>

実行時の注意

互換モードで実行する場合、scripts/run.py は現在、以下を読み込みます。

• 必須のコーパス入力として papers/core_set.csv
  • 汎用コーパスのシグナル用に、存在する場合は papers/papers_dedup.jsonl
  • ドメインパック選択の正式な意図として GOAL.md と queries.md。コーパス内の語句の共起によって、それらを上書きすることはできません

スクリプト

クイックスタート

• uv run python .codex/skills/taxonomy-builder/scripts/run.py --workspace <workspace>

すべてのオプション

• --workspace <dir>
• --top-k <int>
• --min-freq <int>
• --unit-id <id>
• --inputs <a;b;...>
• --outputs <a;b;...>
• --checkpoint <C*>

例

• uv run python .codex/skills/taxonomy-builder/scripts/run.py --workspace <workspace>

トラブルシューティング

• 誤ったドメインパックが選択された場合は、Python を変更する前に GOAL.md、queries.md、およびパックの detect ルールを確認してください。
• outline/taxonomy.yml にプレースホルダーではない実際のタクソノミーがすでに含まれている場合、スクリプトは意図的に上書きせず終了します。
• 一致するパックがない場合、スクリプトは汎用ビルダーにフォールバックします。