tooluniverse-claude-code-plugin

Claude Code 用 ToolUniverse プラグインのインストール

ToolUniverse プラグインをワンステップでインストールします。1000 以上のツール、120 以上のリサーチスキル、スラッシュコマンド、リサーチエージェントを備えた MCP サーバーを、すべて自動設定します。

前提条件（最初に一度だけ確認）

uv --version      # must exist; if not:  curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh
claude --version  # Claude Code CLI; if not: https://claude.com/claude-code

インストール

# 1. Register the ToolUniverse marketplace from GitHub
claude plugin marketplace add mims-harvard/ToolUniverse

# 2. Install the plugin
claude plugin install tooluniverse@tooluniverse

以上です。Claude Code を再起動してください。MCP サーバーは、初回使用時に uvx tooluniverse 経由で自動起動します（初回の起動には約 30 秒かかりますが、その後はすぐに起動します）。

推奨：自動更新を有効にする

サードパーティのマーケットプレイスでは、デフォルトで自動更新が無効になっています。有効にしないと、新しいツールやスキルを使えるのは、claude plugin update tooluniverse の実行を覚えていたときだけです（「更新」を参照）。一度だけ、次の手順で有効にしてください。

python3 -c "
import json, pathlib, sys
p = pathlib.Path.home() / '.claude/plugins/known_marketplaces.json'
d = json.loads(p.read_text())
if 'tooluniverse' not in d:
    sys.exit('Run the marketplace add command above first')
d['tooluniverse']['autoUpdate'] = True
p.write_text(json.dumps(d, indent=2))
print('autoUpdate enabled for tooluniverse')
"

同等の対話式の手順：/plugin → Marketplaces → tooluniverse → Enable auto-update。

有効にすると、Claude Code は各セッションの開始後、バックグラウンドでマーケットプレイスとプラグインの更新を確認し（最大約 10 分のランダムな遅延があります）、インストール済みのプラグインをディスク上で自動更新します。更新が適用されると /reload-plugins のプロンプトが表示されるか、次回起動時に反映されます。以後、手動で claude plugin update を実行する必要はありません。

これはマシンごとのローカル状態であり、プラグイン自体のマニフェストからデフォルト設定として配布することはできません。marketplace.json に autoUpdate フィールドはありません。Claude Code は、公開元がユーザーのマシンにサイレント自動更新を強制できないよう、意図的にインストールごとの信頼境界として管理しています。

重要：以前にグローバルインストールしたスキルを削除する

以前に ToolUniverse のスキルをグローバルにインストールした場合（tooluniverse-install-skills 経由、または手動コピー）、削除してください。プラグインにはすべてのスキルが含まれているため、グローバルコピーがあるとプラグインのスキルルーティングに干渉します。

# Check for global skills
ls ~/.claude/skills/tooluniverse-* 2>/dev/null | wc -l

# Remove them (the plugin replaces them)
rm -rf ~/.claude/skills/tooluniverse-*
rm -rf ~/.claude/skills/create-tooluniverse-skill
rm -rf ~/.claude/skills/setup-tooluniverse

ツールのバージョンを固定する（任意、再現性を確保したい場合）

MCP サーバーは uvx 経由で PyPI パッケージ tooluniverse を実行します。長期にわたる分析でツールの動作を固定するには、プラグインの .mcp.json でパッケージのバージョンを指定します。引数を次のように変更してください。

"args": ["[email protected]"]

1.2.2 を https://pypi.org/project/tooluniverse/ で公開されている任意のバージョンに置き換えてください。適用するには Claude Code を再起動します（.mcp.json の場所は、下記の「API キー」に記載されています）。

動作確認

claude plugin list
# Expect: tooluniverse  (enabled)

Claude Code 内で、自然な言葉で質問するだけです。

What are the top mutated genes in breast cancer?
Research the drug metformin.

ルータースキルが適切な専門スキルに自動で振り分けるため、コマンドの接頭辞は必要ありません。

利用できる機能

コンポーネント	機能	起動方法
MCP サーバー	find_tools、get_tool_info、execute_tool 経由で 1000 以上のツールを利用できます	自動で読み込まれます。操作は不要です
/tooluniverse:research	このチャット内で複数のデータベースを調査します（各ステップを確認できます）	スラッシュコマンド
/tooluniverse:translate-id	関連するすべての名前空間から ID を特定します	スラッシュコマンド
/tooluniverse:cross-validate	3 つ以上の独立したデータベースを横断して主張を検証します	スラッシュコマンド
/tooluniverse:compare	分野に適した列を使って、複数の項目を並べて比較します	スラッシュコマンド
/tooluniverse:literature-sweep	PubMed、EuropePMC、Semantic Scholar を横断して、評価付きの簡易レビューを行います	スラッシュコマンド
/tooluniverse:verify-references	引用文献が実在し、正確に説明されているかを、撤回状況も含めて確認します	スラッシュコマンド
/tooluniverse:self-review	現在の作業または指定された作業を、本来の目標に照らしてレビューします。明示的に求められない限り、定性的な評価を行い、スコアは付けません	スラッシュコマンド
/tooluniverse:setup-keys	ToolUniverse の API キーを設定します	スラッシュコマンド
/tooluniverse:researcher	research と同じ調査を、フォークされたサブエージェントに委任します	スラッシュコマンド
120 以上のスキル	構造化されたワークフロー（創薬研究、バリアント解釈、ファーマコビジランス、CRISPR スクリーニング、統計モデリングなど）	質問に応じて自動的に有効になります

API キー（任意ですが、推奨）

ほとんどのツールはキーなしで動作します。より高度なアクセスを利用するには、必要なキーを MCP サーバーの env ブロックに追加します。インストール済みプラグインの .mcp.json を探します。

# Show component inventory + on-disk location:
claude plugin details tooluniverse

# Or find the file directly:
find ~/.claude/plugins -name '.mcp.json' -path '*tooluniverse*'

# Typical install location after marketplace install:
# ~/.claude/plugins/cache/tooluniverse/tooluniverse/<version>/.mcp.json

{
  "mcpServers": {
    "tooluniverse": {
      "command": "uvx",
      "args": ["tooluniverse"],
      "env": {
        "PYTHONIOENCODING": "utf-8",
        "NCBI_API_KEY": "your_key",
        "NVIDIA_API_KEY": "your_key",
        "ONCOKB_API_TOKEN": "your_token"
      }
    }
  }
}

API キーの完全な一覧：setup-tooluniverse スキル → API_KEYS_REFERENCE.md。

更新

上記で自動更新を有効にしている場合、バックグラウンドで自動的に更新されるため、操作は不要です。

そうでない場合は、手動で更新します。

claude plugin update tooluniverse
# Also refresh the MCP server's tool cache:
uv cache clean tooluniverse

Claude Code を再起動します。

アンインストール

claude plugin uninstall tooluniverse
claude plugin marketplace remove tooluniverse

代替インストール方法

クローンしてローカルにインストール（エアギャップ環境またはフォーク）

git clone https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse.git
cd ToolUniverse
claude plugin marketplace add ./
claude plugin install tooluniverse@tooluniverse

リリース zip をダウンロード（git 不要）

https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/releases から tooluniverse-plugin-vX.Y.Z.zip をダウンロードして展開し、次を実行します。

claude plugin marketplace add /path/to/unzipped-dir
claude plugin install tooluniverse@tooluniverse

トラブルシューティング

症状	対処方法
marketplace add が「no marketplace.json」エラーで失敗する	プラグインのサブディレクトリではなく、mims-harvard/ToolUniverse（owner/repo）を使っていることを確認します。
uvx: command not found	uv をインストールし（前提条件を参照）、ターミナルを開き直します。
MCP サーバーが起動しない	ターミナルでテストします：uvx tooluniverse。そこで失敗する場合は、uv または Python の問題です。
プラグインはインストールされたが、ツールが表示されない	Claude Code を再起動します。初回起動時にパッケージがダウンロードされます（約 30 秒）。
requires-python >= 3.10	uv python install 3.12
ツールが古いように感じる	uv cache clean tooluniverse を実行してから、Claude Code を再起動します。
新しいリリースが反映されない／ツールが古いバージョンで動作する	uv tool list | grep tooluniverse を実行します。一覧に表示される場合、グローバルの uv tool install がプラグインの uvx を優先させています（uvx は最新の公開バージョンより、インストール済みのツールを優先します）。対処方法：uv tool uninstall tooluniverse を実行してから再起動します。このインストールを行っていない通常のユーザーには、常に最新バージョンが自動的に適用されます。

解決しない場合：https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/issues

自動診断と修復

上の表で解決しない場合、このスキルをエージェントに渡して「tooluniverse-claude-code-plugin スキルを読み、プラグインのインストールを診断して修復してください」と依頼するか、以下のチェックを順番に実行します。いずれも安全で、繰り返し実行しても問題ありません。失敗した項目の FIX を適用してから、Claude Code を再起動します。

# 1. Is uv/uvx installed?  (most common cause of "no tools at all")
command -v uvx || echo "FIX: curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh"

# 2. Can the MCP package actually resolve + run?  (non-hanging proxy for the server)
uvx --from tooluniverse tu --version || echo "FIX: uv/Python issue — see steps 1 and 5"

# 3. Running an OLD version even after updating?  (non-obvious!)
uv tool list | grep -q tooluniverse \
  && echo "FIX: uv tool uninstall tooluniverse   (a global install shadows the plugin's uvx)" \
  || echo "ok: nothing shadowing uvx"

# 4. A new pip version was released but tools still stale?  force a refresh
uv cache clean tooluniverse        # or one-shot: uvx --refresh tooluniverse --version

# 5. Python too old (requires >= 3.10)?
uv python install 3.12

# 6. Global skills interfering with the plugin's routing?
ls ~/.claude/skills/tooluniverse-* 2>/dev/null && echo "FIX: rm -rf ~/.claude/skills/tooluniverse-*"

# 7. Is the plugin actually enabled?
claude plugin list | grep tooluniverse || echo "FIX: claude plugin install tooluniverse@tooluniverse"

エージェントは一連のチェックをすべて実行し、それぞれの FIX を適用して、再起動するよう案内できます。内部の仕組みを理解する必要はありません。

プラグインのメンテナー向け

このスキルでは、ユーザー向けのインストール手順を説明します。プラグインのソースはリポジトリ内の /plugin にあり、独自の .claude-plugin/plugin.json と .mcp.json を備えています。ルートの .claude-plugin/marketplace.json により、claude plugin marketplace add mims-harvard/ToolUniverse を直接実行できます。このファイルには "source": "./plugin" としてプラグインが記載されています。

プラグインのリリースを作成する場合：

• 最も簡単な方法は、main 上で plugin/ または .claude-plugin/ に変更を加えるコミットメッセージに [release:patch]（または :minor／:major）を含めることです。auto-release.yml が scripts/release-plugin.sh を実行し、plugin/.claude-plugin/plugin.json とルートの .claude-plugin/marketplace.json のバージョンを更新して、コミットとタグ付けを行います。タグのプッシュを受けて release-plugin.yml が zip と GitHub Release を作成します。（または、Actions UI から「Auto-release plugin」を実行します。）
• 次のバージョンの基準は max(plugin.json, latest vX.Y.Z tag) です。そのため、マニフェストのバージョンがタグのバージョンより古くなっていても、既存のタグと衝突しません。
• プラグインの自動更新は、バージョン更新コミットが main に取り込まれると、タグや zip の作成とは独立して、すぐにユーザーに適用されます。

pip パッケージ（PyPI 上の tooluniverse）は、これとは別のリリース系列です。pyproject.toml のバージョンを更新すると、publish-pypi.yml がパッケージを公開し、続いて publish-mcp-registry.yml が実行されます。プラグインと pip のバージョンを同時に更新する必要はありません。ユーザーの uvx tooluniverse は最新の公開 pip バージョンを自動的に解決するため、プラグインのみ、または pip のみのリリースも問題ありません。