tooluniverse-cs-setup

Claude Science 用に ToolUniverse をセットアップする

上流の ToolUniverse には、Claude Code プラグイン（MCP サーバー＋uvx＋スラッシュコマンド）が含まれています。Claude Science では機能の読み込み方法が異なるため、このスキルでは同等の機能をネイティブに導入します。tooluniverse pip パッケージが 2500 以上のツールを提供し、ワークフローライブラリは、動的に読み込まれる単一のスキル tooluniverse-research にパッケージ化されています。uv も MCP サーバーもプラグインマーケットプレイスも必要ありません。

このスキルを読み込むと、カーネルに tu_build_research_bundle() が定義されます（セルは tooluniverse conda 環境で実行してください）。

インストール／更新の全手順 — 4 ステップ

1. conda 環境を作成する（すでに存在する場合はスキップしてください）：

manage_environments(mode="create", name="tooluniverse", python_version="3.11", packages=["pip"])

2. ツールをインストール（またはアップグレード）する — pip パッケージがツールレイヤーです：

manage_packages(mode="install", environment="tooluniverse", packages=["tooluniverse"], use_pip=True)

再現性を確保するには、["tooluniverse==1.3.0"] のようにバージョンを固定します。

3. ワークフローバンドルをステージングする — 現在のリポジトリを取得してファイルツリーを再構築します（python セルで、環境は tooluniverse）：

res = tu_build_research_bundle(staging="./tu_staging")
res  # {out_dir, n_workflows, n_files, dropped, files_head}

これにより、リポジトリの tarball をダウンロードし、すべての tooluniverse-* ワークフローを解析して（プラグイン／インストーラーの項目は除外）、./tu_staging/out/ に SKILL.md、kernel.py、index.json、workflows/*.md を書き込みます。

4. スキルを公開する — ステージングしたツリーをカタログにプッシュします（repl ツールで実行してください。host.skills.* は python ではなく、こちらで利用できます）：

import os
SKILL = "tooluniverse-research"
out = os.path.abspath("./tu_staging/out")
if any(s["name"] == SKILL for s in host.skills.list()):
    host.skills.delete(SKILL)                       # clean rebuild
for root, _d, fs in os.walk(out):
    for f in fs:
        p = os.path.join(root, f)
        rel = os.path.relpath(p, out)
        host.skills.edit(SKILL, rel, open(p, encoding="utf-8").read())
print(host.skills.publish(SKILL, overwrite=True))

（kernel.py がサイドカーのゲートに合格しない場合、host.skills.publish は公開を拒否します。判定結果は edit の結果に含まれます。）

確認

skill("tooluniverse-research")                      # loads router + injects helpers
tu = get_tu()
tu.run({"name": "PubChem_get_CID_by_compound_name", "arguments": {"name": "metformin"}})
# -> {'status': 'success', 'data': {'IdentifierList': {'CID': [4091]}}}

補足

• サンドボックスのキャッシュ：ToolUniverse はデフォルトでキャッシュを ~/.tooluniverse に保存しますが、ここでは読み取り専用です。get_tu() は TOOLUNIVERSE_CACHE_DIR を使ってワークスペースに保存先を変更します。設定は不要です。
• API キー（任意）：ほとんどのツールは API キーなしで動作します。NCBI／OncoKB／NVIDIA などを利用する場合は、Customize → Credentials でキーを追加し、tooluniverse 環境で使用できるようにしてください。
• 移植されていないもの：プラグインのスラッシュコマンド（/tooluniverse:research）と MCP サーバーは移植されていません。自然言語ルーティング（search_skills → find_tu_workflow）に置き換えられています。2 つの *-plugin インストーラーのドキュメントは、研究以外の項目として除外されています。
• 更新：ステップ 2～4 を再実行してください。ステップ 2 でツールをアップグレードし、ステップ 3～4 で最新の GitHub の状態からワークフローライブラリを更新します。