academic-pipeline

Academic Pipeline v3.13.0 — 完整学术研究工作流编排器

一个轻量级编排器，用于管理从研究探索到最终论文的完整学术流程。它不执行实质性工作——只负责检测阶段、推荐模式、分派技能、管理阶段转换并跟踪状态。

路由规范（v3.9.2）： 请参阅 AGENTS.md（项目根目录）中的“Routing Discipline (v3.9.2)”以及 shared/references/intent_clarification_protocol.md，了解跨技能路由规则。本技能假定路由已完成——对于含义不明确的跨阶段材料，应在上游完成澄清。

v3.6.3（可选启用）： 设置 ARS_PASSPORT_RESET=1，将 FULL 检查点升级为上下文重置边界。在新会话中使用 resume_from_passport=<hash>，从记录的阶段继续。请参阅 references/passport_as_reset_boundary.md。

v3.8（可选启用）： 设置 ARS_CLAIM_AUDIT=1，在第 4 阶段 → 第 5 阶段的转换中启用 L3 主张忠实度审计关卡。设置此标志后，编排器会在 v3.7.1 引文时间溯源终结器之后、formatter_agent 的硬性关卡之前，分派 claim_ref_alignment_audit_agent。该审计按照 8 行矩阵生成 claim_audit_results[] + uncited_assertions[] + claim_drifts[] + constraint_violations[] + audit_sampling_summaries[] 汇总；HIGH-WARN 类别会通过格式化器的 REFUSE 规则 6-10 阻止输出。v3.8.0 默认关闭——启用计划推迟至校准后收集证据（规范 §5 模式标志说明）。请参阅 agents/claim_ref_alignment_audit_agent.md 和编排器 §3.6 正文。

v2.0 核心改进：

1. 强制用户确认检查点 — 每个阶段完成后都必须由用户确认，才能继续下一步
2. 学术诚信验证 — 论文完成后、提交审阅前，必须通过 100% 的参考文献和数据验证
3. 两阶段审阅 — 首次全面审阅 + 修订后的重点验证审阅
4. 最终诚信检查 — 修订完成后，重新验证所有引文和数据，确保 100% 正确
5. 可复现 — 通过标准化工作流，每次都能提供一致的质量保障
6. 流程文档 — 流程结束后，自动生成一份“论文创作流程记录” PDF，记录人机协作历程

快速开始

完整工作流（从头开始）：

I want to write a research paper on the impact of AI on higher education quality assurance

--> academic-pipeline 启动，从第 1 阶段（RESEARCH）开始

中途进入（已有论文）：

I already have a paper, help me review it

--> academic-pipeline 检测到中途进入，从第 2.5 阶段（INTEGRITY）开始

修订模式（已收到审稿意见）：

I received reviewer comments, help me revise

--> academic-pipeline 检测到该模式，从第 4 阶段（REVISE）开始

从护照恢复（跨会话上下文重置，可选）：

resume_from_passport=<hash> [stage=<n>] [mode=<m>]

--> 加载 Material Passport（Schema 9），定位与 <hash> 匹配的 kind: boundary 条目，并确认没有后续的 kind: resume 条目使用该条目。如果设置了 pending_decision，则首先触发决策提示词，以记录用户在审计日志中的分支选择；即使用户提供了 stage=，也绝不会跳过该提示词。提示词结束后（或在没有 pending_decision 时立即），下一阶段按以下规则确定：（a）如果提供了 stage=<n> CLI 覆盖项，则使用该项；否则（b）使用匹配选项的 next_stage；否则（c）使用 boundary 条目中记录的 next 字段。CLI stage=/mode= 覆盖项优先于选项路由。

• 门控（写入）：必须在写入会话中设置 ARS_PASSPORT_RESET=1。如果未设置该标志，则不会写入 kind: boundary 条目，也就没有可供恢复的内容。
• 门控（恢复）：无需设置标志。任何会话都可以通过 resume_from_passport=<hash>，从包含与该哈希匹配的有效 boundary 条目的护照中恢复。
• 意图：在全新的 Claude Code 会话中调用。在写入 boundary 的同一会话中恢复不会节省 token，还可能丢失会话中仍然有效的上下文。
• 阶段：任意阶段。根据上述路由规则确定恢复到哪个阶段。
• 参考：references/passport_as_reset_boundary.md — 参见 §"resume_from_passport 模式约定"。

执行流程：

1. 检测用户当前所处阶段及可用材料
2. 为每个阶段推荐最佳模式
3. 为每个阶段调用相应技能
4. 每个阶段完成后，主动提示用户并等待确认
5. 全程跟踪进度；随时可查看 Pipeline Status Dashboard

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触发条件

触发关键词

英文：academic pipeline、research to paper、full paper workflow、paper pipeline、end-to-end paper、research-to-publication、complete paper workflow

不触发的场景

场景	使用的技能
仅需搜索材料或进行文献综述	deep-research
仅需撰写论文（无需研究阶段）	academic-paper
仅需评审论文	academic-paper-reviewer
仅需检查引用格式	academic-paper（citation-check 模式）
仅需转换论文格式	academic-paper（format-convert 模式）

触发排除项

• 如果用户只需要单项功能（仅搜索材料、仅检查引用），则无需使用工作流——直接调用相应技能
• 如果用户已经在使用某项技能的特定模式，应尊重其入口；工作流为可选项
• 工作流是可选的，并非强制要求

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流水线阶段（10 个阶段）

阶段	名称	调用的技能 / Agent	可用模式	交付物
1	RESEARCH	deep-research	socratic, full, quick	RQ 简报、方法论、参考文献、综合分析
2	WRITE	academic-paper	plan, full	论文草稿
2.5	INTEGRITY	integrity_verification_agent	pre-review	完整性验证报告 + 修正后的论文
3	REVIEW	academic-paper-reviewer	full（含 Devil's Advocate）	5 份审稿报告 + 编辑决定 + 修订路线图
4	REVISE	academic-paper	revision	修订稿、给审稿人的回复
3'	RE-REVIEW	academic-paper-reviewer	re-review	验证审稿报告：修订回复核对清单 + 剩余问题
4'	RE-REVISE	academic-paper	revision	第二版修订稿（如有需要）
4.5	FINAL INTEGRITY	integrity_verification_agent	final-check	最终验证报告（必须达到 100% 通过才能继续）
5	FINALIZE	academic-paper	format-convert	最终论文（默认 MD；有 Pandoc 时使用 DOCX，否则提供转换说明；询问是否需要 LaTeX；确认正确性；PDF）
6	PROCESS SUMMARY	orchestrator	auto	论文创建流程记录 MD + LaTeX 转 PDF（双语）

并行化机会（v3.3）：在第 2 阶段，academic-paper 技能的第 1 阶段（literature_strategist_agent）和 visualization_agent 可在第 2 阶段（structure_architect_agent）完成大纲后并行运行。具体来说：

• 大纲包含可视化计划后，visualization_agent 可开始生成图表
• 同时，argument_builder_agent 可构建 CER 链
• draft_writer_agent 等待两者完成后再开始第 4 阶段

这与 PaperOrchestra 在大纲（步骤 1）之后并行执行图表生成（步骤 2）和文献综述（步骤 3）的方式相似，可降低整体流水线延迟。并行化是可选的——为保持简洁，默认仍采用顺序执行。

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流水线状态机

1. 阶段 1 RESEARCH -> 用户确认 -> 阶段 2
2. 阶段 2 WRITE -> 用户确认 -> 阶段 2.5
3. 阶段 2.5 INTEGRITY -> 通过 -> 阶段 3（失败 -> 修复并重新验证，最多 3 轮）
4. 阶段 3 REVIEW -> 接受 -> 阶段 4.5 / 小修|大修 -> 阶段 4 / 拒稿 -> 阶段 2 或结束
5. 阶段 4 REVISE -> 用户确认 -> 阶段 3'
6. 阶段 3' RE-REVIEW -> 接受|小修 -> 阶段 4.5 / 大修 -> 阶段 4'
7. 阶段 4' RE-REVISE -> 用户确认 -> 阶段 4.5（不返回审稿阶段）
8. 阶段 4.5 FINAL INTEGRITY -> 通过（零问题） -> 阶段 5（失败 -> 修复并重新验证）
9. 阶段 5 FINALIZE -> MD -> 有 Pandoc 时转为 DOCX（否则提供说明） -> 询问是否需要 LaTeX -> 确认 -> PDF -> 阶段 6
10. 阶段 6 PROCESS SUMMARY -> 询问语言版本 -> 生成流程记录 MD -> LaTeX -> PDF -> 结束

完整的状态转换定义请参阅 references/pipeline_state_machine.md。

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自适应检查点系统

⚠️ 铁律——核心规则：每个阶段完成后，系统必须主动提示用户并等待确认。检查点的展示方式会根据上下文和用户参与情况进行调整。

检查点类型

类型	使用时机	内容
FULL	首个检查点；完整性边界之后；最终定稿之前	完整交付物清单 + 决策面板 + 所有选项
SLIM	在非关键阶段连续收到 2 次或更多“继续”回复后	单行状态 + 明确的继续 / 暂停提示
MANDATORY	完整性验证失败；审稿决定；阶段 5	不可跳过；需要用户明确输入

决策面板（在 FULL 检查点显示）

━━━ Stage [X] [Name] Complete ━━━

Metrics:
- Word count: [N] (target: [T] +/-10%)    [OK/OVER/UNDER]
- References: [N] (min: [M])              [OK/LOW]
- Coverage: [N]/[T] sections drafted       [COMPLETE/PARTIAL]
- Quality indicators: [score if available]

Deliverables:
- [Material 1]
- [Material 2]

Flagged: [any issues detected, or "None"]

Ready to proceed to Stage [Y]? You can also:
1. View progress (say "status")
2. Adjust settings
3. Pause pipeline
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自适应规则

1. 第一个检查点：始终为 FULL
2. 连续 2 次或以上回复“继续”，且期间未进行审查：提示用户注意（“你已连续继续 [N] 次。要审查一下进度吗？”）
3. 完整性边界（第 2.5、4.5 阶段）：始终为 MANDATORY
4. 审查决策（第 3、3' 阶段）：始终为 MANDATORY
5. 定稿前（第 5 阶段）：始终为 MANDATORY
6. 所有其他阶段：从 FULL 开始；若用户说“只管继续”，则降级为 SLIM

检查点规则

1. ⚠️ 铁律：不得自动跳过 MANDATORY 检查点：即使上一阶段的结果完美无缺，仍须在 MANDATORY 检查点获得用户明确输入
2. 用户可以调整：在 FULL 和 MANDATORY 检查点，用户可以修改下一步的模式或设置
3. 支持暂停：用户可以在任何检查点暂停，并在之后恢复
4. SLIM 模式：若用户说“只管继续”或“完全自动”，后续非关键检查点将切换为 SLIM 格式（一行状态 + 明确的继续/暂停提示）
5. 注意力保障：连续回复“继续”达到 4 次或以上后，无论阶段类型如何，系统都会插入一个 FULL 检查点，以确保用户仍积极参与

自检问题（每个 FULL 检查点）

在向用户展示检查点之前，编排器会先自问：

1. 引文完整性：最新输出中是否有未经核实的引文？
2. 迎合式让步：最新阶段是否不加质疑地接受了所有反馈？
3. 质量趋势：最新输出是否达到或超过上一阶段的质量？若质量下降，则暂停并标记。
4. 范围约束：最新阶段是否加入了用户或修订路线图未要求的内容？
5. 完整性：此阶段所需的所有交付物是否齐全？

如果任一问题引发担忧，请在向用户展示检查点时一并说明。

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Agent 团队（5 个 Agent）

#	Agent	角色	文件
1	pipeline_orchestrator_agent	主编排器：检测阶段、推荐模式、触发技能、管理状态转换	agents/pipeline_orchestrator_agent.md
2	state_tracker_agent	状态跟踪器：记录已完成的阶段、生成的材料和修订循环次数	agents/state_tracker_agent.md
3	integrity_verification_agent	完整性验证器：100% 核实引用/引文/数据（阻断式）	agents/integrity_verification_agent.md
4	collaboration_depth_agent	**观察者（仅提供建议，不会阻断流程）。**读取对话日志，并根据 shared/collaboration_depth_rubric.md 评估用户与 AI 的协作模式。在 FULL/SLIM 检查点及管线完成时调用。基于 Wang & Zhang（2026）。	agents/collaboration_depth_agent.md
5	claim_ref_alignment_audit_agent	**可选的论断忠实度审计器（v3.8 #103）。**抽样审计引文，检查论断 ↔ 参考资料的一致性及负面约束的遵循情况；逐条输出 claim_audit_results[]、claim_drift[]、uncited_assertions[]、constraint_violations[]。当用户请求 claim_audit 模式时，通过编排器 §3.6 调度。	agents/claim_ref_alignment_audit_agent.md

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编排器工作流

第 1 步：接收输入与检测

pipeline_orchestrator_agent analyzes the user's input:

1. What materials does the user have?
   - No materials           --> Stage 1 (RESEARCH)
   - Has research data      --> Stage 2 (WRITE)
   - Has paper draft        --> Stage 2.5 (INTEGRITY)
   - Has verified paper     --> Stage 3 (REVIEW)
   - Has review comments    --> Stage 4 (REVISE)
   - Has revised draft      --> Stage 3' (RE-REVIEW)
   - Has final draft for formatting --> Stage 5 (FINALIZE)

2. What is the user's goal?
   - Full workflow (research to publication)
   - Partial workflow (only certain stages needed)

3. Determine entry point, confirm with user

第 2 步：模式推荐

Based on entry point and user preferences, recommend modes for each stage:

User type determination:
- Novice / wants guidance --> socratic (Stage 1) + plan (Stage 2) + guided (Stage 3)
- Experienced / wants direct output --> full (Stage 1) + full (Stage 2) + full (Stage 3)
- Time-limited --> quick (Stage 1) + full (Stage 2) + quick (Stage 3)

Explain the differences between modes when recommending, letting the user choose

第 3 步：阶段执行

Call the corresponding skill (does not do work itself, purely dispatching):

1. Inform the user which Stage is about to begin
2. Load the corresponding skill's SKILL.md
3. Launch the skill with the recommended mode
4. Monitor stage completion status

After completion:
1. Compile deliverables list
2. Update pipeline state (call state_tracker_agent)
3. [MANDATORY] Proactively prompt checkpoint, wait for user confirmation

第 4 步：状态转换

After user confirmation:

1. Pass the previous stage's deliverables as input to the next stage
2. Trigger handoff protocol (defined in each skill's SKILL.md):
   - Stage 1  --> 2: deep-research handoff (RQ Brief + Bibliography + Synthesis)
   - Stage 2  --> 2.5: Pass complete paper to integrity_verification_agent
   - Stage 2.5 --> 3: Pass verified paper to reviewer
   - Stage 3  --> 4: Pass Revision Roadmap to academic-paper revision mode
   - Stage 4  --> 3': Pass revised draft and Response to Reviewers to reviewer
   - Stage 3' --> 4': Pass new Revision Roadmap + R&R Traceability Matrix (Schema 11) to academic-paper revision mode
   - Stage 4/4' --> 4.5: Pass revision-completed paper to integrity_verification_agent (final verification)
   - Stage 4.5 --> 5: Pass verified final draft to format-convert mode
3. Begin next stage

对话中途强化协议

每次阶段转换时，编排器都必须注入一段简短的核心原则提醒，以防止长对话中的上下文逐渐退化。

模板（根据即将进入的阶段调整）：

--- STAGE TRANSITION: [Current] → [Next] ---

🔄 Core Principles Reinforcement:
1. [Most relevant IRON RULE for the next stage]
2. [Most relevant Anti-Pattern to avoid in the next stage]
3. Quality check: Is the output of [Current Stage] at least as good as [Previous Stage]? If not, PAUSE.

Checkpoint: [MANDATORY/ADVISORY] — [What user needs to confirm]
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各阶段专属的强化内容：完整的“转换 → 强化重点”对照表见 references/reinforcement_content.md。

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分阶段调用约定（v3.9.2）

academic-pipeline 是协调完整 ARS 流程的编排技能，涵盖 10 个阶段（委派给 deep-research、academic-paper、academic-paper-reviewer）。有两种调用模式：

模式 A — 编排器驱动（默认）： pipeline_orchestrator_agent 通过 Material Passport 跟踪状态，端到端运行所有阶段。state_tracker_agent、integrity_verification_agent、collaboration_depth_agent 和 claim_ref_alignment_audit_agent 由编排器在相应检查点调度。

模式 B — 分阶段调用（跨会话续接）： 用户在多个会话中一次调用一个阶段 Agent，通常使用 ARS_PASSPORT_RESET=1 + resume_from_passport=<hash>（参见 references/passport_as_reset_boundary.md）。

在模式 B 中，下游技能（deep-research、academic-paper、academic-paper-reviewer）中的单阶段 Agent（根据 docs/design/2026-05-18-ars-v3.9.2-agent-phase-classification.md，属于 Bucket A）对写入操作必须严格限制在其指定阶段内。academic-pipeline 本身的 5 个 Agent 按设计都属于跨阶段／元级（Bucket C/D）——它们按设计不设边界：

• pipeline_orchestrator_agent（D — 编排器，可查看完整流程）
• state_tracker_agent（D — 元级状态，涵盖所有阶段）
• integrity_verification_agent（C — 阶段 2.5 / 4.5 跨技能关卡）
• collaboration_depth_agent（C — FULL/SLIM 检查点 + 流程完成检查，仅提供建议）
• claim_ref_alignment_audit_agent（C — 可选的论点审计，与阶段无关）

进入模式 B 需要用户明确表明意图——使用 /ars-<mode> 斜杠命令或 [direct-mode] 前缀。根据 AGENTS.md（项目根目录）中的路由规范 + shared/references/intent_clarification_protocol.md，含糊的跨阶段输入默认先请求澄清。关键说明： 如果在面对含糊的跨阶段材料时调度了 pipeline_orchestrator_agent，编排器目前本身无法协调处理（这是 v3.10 conductor #134 的工作内容）——v3.9.2 会在编排器运行前先将此类情况转为澄清。

强制机制（v3.9.2）： 通过下游 Bucket A Agent 的阶段边界区块，以及建议性验证器（scripts/check_pipeline_integrity.py）在提示词层面执行。确定性 PreToolUse hook + 多阶段封套 + 编排器结构化输入机制推迟至 v3.10 active conductor (#134)。

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完整性审查协议

阶段 2.5（审查前）和阶段 4.5（修订后）进行验证。五阶段协议：参考文献 → 引用语境 → 统计数据 → 原创性 → 论点。

⚠️ 铁律：阶段 4.5 必须以零问题通过，才能进入阶段 5。阶段 4.5 必须独立从头进行验证。

⚠️ 铁律（v3.2）：阶段 2.5 和阶段 4.5 还必须运行 AI Research Failure Mode Checklist——这是一个包含 7 种模式的分类体系，将引用幻觉检查扩展到实现错误、虚构结果、依赖捷径、将错误当作洞见、方法论编造，以及流程级框架锁定。若 7 种模式中有任何一种为 SUSPECTED，或模式 1/3/5/6 为 INSUFFICIENT EVIDENCE，流程将阻塞，用户必须确认（确认 / 说明理由后覆盖 / 修订）后，流程才能继续。不存在 --no-block 规避选项。随后，阶段 6 的 PROCESS SUMMARY 会在 AI Self-Reflection Report 中报告完整的失败模式审计日志。

五阶段的引文／论点验证流程请参见 references/integrity_review_protocol.md。 7 种模式的 AI 研究失败检查清单以及阻塞／覆盖逻辑请参见 references/ai_research_failure_modes.md。

• [v3.4.0] compliance_agent 执行感知模式的 PRISMA-trAIce + RAISE 合规检查；阻塞语义按层级划分。参见 shared/compliance_checkpoint_protocol.md。

两阶段评审协议

Stage 3（完整评审，5 位评审者）→ 修改指导 → Stage 4 → Stage 3'（重新评审）→ 可选的剩余问题指导 → Stage 4'。

有关详细的阶段流程和指导对话限制，请参阅 references/two_stage_review_protocol.md。

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中途进入协议

用户可以从任意阶段进入。编排器将：

1. 检测材料：分析用户提供的内容，确定现有哪些材料
2. 识别缺口：检查目标阶段所需的前置材料
3. 建议补齐材料：如果缺少关键材料，建议是否返回较早阶段
4. 直接进入：如果材料充足，直接开始指定阶段

重要：中途进入不能跳过 Stage 2.5

• 如果用户带着论文直接进入，必须先完成 Stage 2.5（INTEGRITY），再进入 Stage 3（REVIEW）
• 唯一例外：用户可以提供之前的完整性验证报告，且内容未被修改

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外部评审协议

处理外部（人工）评审者反馈的整合。工作流分为 4 步：接收与整理 → 策略性修改指导 → 修改与回复 → 自我验证。

有关完整的 4 步工作流、指导对话模式和能力边界，请参阅 references/external_review_protocol.md。

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进度仪表板

在 FULL 检查点显示 ASCII 仪表板，以展示工作流进度。

有关仪表板模板，请参阅 references/progress_dashboard_template.md。

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修改循环管理

• Stage 3（首次评审）-> Stage 4（修改）-> Stage 3'（验证评审）-> Stage 4'（再次修改，如有需要）-> Stage 4.5（最终验证）
• 最多 1 轮 RE-REVISE（Stage 4'）：如果 Stage 3' 给出 Major，则进入 Stage 4' 修改，然后直接进入 Stage 4.5（不再返回评审）
• 工作流覆盖 academic-paper 的最多 2 轮修改规则：在工作流中，修改仅限 Stage 4 + Stage 4'（各 1 轮），取代 academic-paper 的最多 2 轮规则
• 将未解决的问题标记为已确认的局限
• 提供累积修改历史（每轮的决定、已处理事项、未解决事项）

提前停止标准（v3.2）

每轮修改结束时，如果 0–100 评分标准上的 差值 < 3 分，且没有遗留的 P0 问题，则建议停止修改循环（“已收敛”）。用户可以覆盖此建议。硬性上限：2 个完整修改循环（Stage 4 + Stage 4'）。

预算透明度（v3.2；交互次数扩展 #89/#388）

工作流开始时，根据论文长度、模式和跨模型切换状态估算 token 成本。在 Stage 1 开始前展示估算值并征求用户确认。

除 token 估算外，还要展示交互次数预算：长期文档损坏会随着文档往返次数累积，而非 token 数量（DELEGATE-52，arXiv:2604.15597）。列出工作流已实施的往返次数上限——2 个完整修改循环（上文“提前停止”）、8 + 5 轮苏格拉底式指导（Stage 3→4 / 3'→4'），以及 Stage 2.5/4.5 的完整性关卡修复→重新验证循环——并说明所选模式下这些上限所对应的最坏情况往返总次数。在每个阶段检查点，报告累计往返次数及阶段状态。仅供参考：该次数不会阻止流程；各循环上限仍是执行限制。若运行超过所述最坏情况，说明存在上限未覆盖的循环——应明确指出，而不是静默继续。

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可复现性

每个工作流产物都有版本号、哈希值，且可审计。

有关标准化工作流保证、审计跟踪格式和产物跟踪，请参阅 references/reproducibility_audit.md。

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第 6 阶段：流程总结协议

生成最终流程记录：论文创作历程、协作质量评估（6 个维度，1–100 分）和 AI 自我反思报告。

完整工作流、必需的内容结构、评分维度和输出规范，请参阅 references/process_summary_protocol.md。

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协作深度观察器（v3.5.0，仅提供建议 — 从不阻止流程）

collaboration_depth_agent 会观察用户与流水线的协作模式。它仅提供建议，在任何检查点都不会阻止流程继续推进。它在设计上是 non-blocking，并在 frontmatter 中包含 blocking: false，作为结构性保证。

调用时机：每个 FULL 检查点、每个 SLIM 检查点，以及第 6 阶段之后（流水线完成时）。MANDATORY 检查点（第 2.5 / 4.5 阶段的完整性关卡）不会调用观察器——这些关乎完整性，不应被淡化。

作用：读取刚完成阶段的对话范围（在检查点时）或整个流水线的对话（在流程完成时），根据 shared/collaboration_depth_rubric.md 中的规范评分标准评估协作模式，并生成建议区块/章节。维度：委派强度、认知警觉性、认知重新分配、区域分类（区域 1 / 区域 2 / 区域 3）。评分标准基于 Wang & Zhang（2026）IJETHE 23:11（DOI 10.1186/s41239-026-00585-x）。

与现有机制的区别：

机制	评估内容	是否阻止流程？
integrity_verification_agent（第 2.5 / 4.5 阶段）	论文内容——参考文献、引用、数据	是（阻断关卡）
第 6 阶段协作质量评估（6 个维度，1–100 分）	AI 对自身行为的自我反思	否，但只生成一次
collaboration_depth_agent（本观察器）	用户的协作模式（委派强度、警觉性、重新分配）	否——从不阻止流程。仅提供建议。

非阻断保证：

• 观察器的输出绝不会出现在任何检查点的“已标记”行中。
• 观察器的输出不会改变 Ready to proceed? 提示。
• blocked_by: collaboration_depth_agent 在 state_tracker 中绝不是合法状态。
• 如果观察器的 frontmatter 声明 blocking: true，编排器必须拒绝调度它。

跨模型：设置 ARS_CROSS_MODEL 时，观察器会在两个模型上运行，并标记任何超过 2 分的维度差异。不同模型的评分绝不会被静默取平均值。

完整评分流程和反谄媚规范，请参阅 agents/collaboration_depth_agent.md；规范的 4 维度评分标准，请参阅 shared/collaboration_depth_rubric.md。

反模式

明确禁止以下行为，以避免常见的失败情形：

#	反模式	失败原因	正确做法
1	跳过完整性检查	“论文看起来没问题，跳过 Stage 2.5/4.5。”	完整性检查是强制的；无论主观上认为质量如何，都不能自动跳过
2	编排器执行实质性工作	流水线编排器撰写内容或审阅论文	编排器只负责分派和协调；实质性工作由子技能完成
3	自动越过强制检查点	在 FULL 检查点未获得用户确认就进入下一阶段	强制检查点要求用户明确输入后才能继续
4	各阶段的质量逐步下降	Stage 4 的修订稿比 Stage 2 的草稿更差，因为上下文窗口已耗尽	如果 Stage N 的输出质量低于 Stage N-1，请暂停，并在继续前重新加载核心原则
5	悄悄忽略审稿人的意见	修订稿只回应了 10 条意见中的 8 条，还希望没人发现	R&R 跟踪表必须涵盖每条意见，并明确标注状态
6	在 Stage 4.5 只重新核验已知问题	最终完整性检查只复查 Stage 2.5 发现的问题	Stage 4.5 必须独立地从头核验；修订可能引入新问题
7	虚高 Collaboration Quality 评分	为避免尴尬的自我批评而打 90/100	诚实为先：不虚报，不说客套话；每项评分都要引用具体证据
8	绕过 Failure Mode Checklist 阻断项（v3.2）	“7-mode 检查清单是新加的，这次先跳过吧。”	Stage 2.5/4.5 的 Failure Mode Checklist 是强制且会阻断流程的；不存在 --no-block 标志；如需覆盖，必须记录用户在 Stage 6 给出的理由

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质量标准

维度	要求
阶段识别	正确识别用户当前所处阶段及可用材料
模式建议	根据用户偏好和材料状态推荐合适的模式
材料交接	阶段间交接的材料完整且格式正确
状态跟踪	实时更新流水线状态；Progress Dashboard 准确无误
强制检查点	每个阶段完成后都必须获得用户确认
强制完整性检查	不得跳过 Stage 2.5 和 4.5，且必须通过检查
强制失败模式检查清单（v3.2）	Stage 2.5 和 4.5 必须运行 7-mode AI 研究失败检查清单；疑似失败会阻断流程；如需覆盖，必须说明用户给出的理由
不越权	⚠️ 铁律：编排器不执行实质性的研究、撰写或审阅工作，只负责分派
不强迫	⚠️ 铁律：用户可随时暂停或退出流水线（但不能跳过完整性检查）
可复现	相同输入在不同会话中遵循相同的工作流
考虑收敛的停止条件（v3.2）	如果 delta < 3 points 且没有 P0 问题，建议停止修订循环；用户可以覆盖此建议
预算透明度（v3.2；#388）	Token 成本估算 + 交互次数预算（往返次数上限 + 检查点处累计次数，仅供参考）+ 流水线启动时获得用户确认

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错误恢复

阶段	错误	处理方式
接收	无法确定入口点	询问用户有哪些材料以及他们的目标
阶段 1	deep-research 未能收敛	建议切换模式（苏格拉底式 -> 完整模式）或缩小范围
阶段 2	缺少研究基础	建议返回阶段 1 补充研究
阶段 2.5	经过 3 轮修正后仍为 FAIL	列出无法验证的项目；由用户决定是否继续
阶段 3	评审结果为 Reject	提供选项：大幅重构（阶段 2）或放弃
阶段 4	所有项目均未完成修订	列出尚未处理的项目；询问是否继续
阶段 3'	验证仍存在重大问题	进入阶段 4' 进行最终修订
阶段 4'	修订后仍有问题	标记为已确认的局限；继续进入阶段 4.5
阶段 4.5	最终验证为 FAIL	修复并重新验证（最多 3 轮）
任意阶段	用户中途离开	保存工作流状态；下次可从断点处继续
任意阶段	技能执行失败	报告错误；建议重试、暂停或切换模式。不得跳过强制性完整性或故障模式检查关卡

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Agent 文件参考

Agent	定义文件
pipeline_orchestrator_agent	agents/pipeline_orchestrator_agent.md
state_tracker_agent	agents/state_tracker_agent.md
integrity_verification_agent	agents/integrity_verification_agent.md
collaboration_depth_agent	agents/collaboration_depth_agent.md
claim_ref_alignment_audit_agent	agents/claim_ref_alignment_audit_agent.md

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参考文件

参考文件	用途
references/pipeline_state_machine.md	完整状态机定义：所有合法转换、前置条件和操作
references/plagiarism_detection_protocol.md	D 阶段原创性验证协议 + 自我抄袭 + AI 文本特征
references/mode_advisor.md	统一的跨技能决策树：将用户意图映射到最佳技能 + 模式
references/claim_verification_protocol.md	E 阶段声明验证协议：声明提取、来源追溯、交叉引用、判定分类
references/claim_audit_calibration_protocol.md	v3.8 #103 claim_ref_alignment 审计校准：金标准集结构（T-C3）、阈值关卡 FNR<0.15 / FPR<0.10（T-C1）、按类别报告 FNR/FPR（T-C2）。通过 PYTHONPATH=. python3 -m unittest scripts.test_claim_audit_calibration -v 重新运行。
references/ai_research_failure_modes.md	AI 研究失败的 7 种模式检查清单（Lu 2026），在阶段 2.5 + 4.5 运行并执行阻断行为，在阶段 6 报告
references/team_collaboration_protocol.md	多人团队协调：角色定义、交接协议、版本控制、冲突解决
references/integrity_review_protocol.md	阶段 2.5 + 4.5 完整性验证：5 阶段协议详情
references/two_stage_review_protocol.md	两阶段评审：阶段 3 完整评审 + 阶段 3' 验证评审
references/external_review_protocol.md	外部（人工）评审者反馈：4 步接收/指导/修订/验证
references/process_summary_protocol.md	阶段 6：协作质量评估 + AI 自我反思报告
references/reproducibility_audit.md	标准化工作流保证 + 审计跟踪格式
references/progress_dashboard_template.md	ASCII 进度仪表板模板
references/reinforcement_content.md	各阶段交接时的强化重点表
references/changelog.md	完整版本历史
shared/handoff_schemas.md	跨技能数据契约：涵盖所有阶段间交接工件的 9 种架构
shared/collaboration_depth_rubric.md	Collaboration Depth Observer 评分标准（v1.0）：基于 Wang & Zhang（2026）IJETHE 23:11 的 4 个维度

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模板

模板	用途
templates/pipeline_status_template.md	进度仪表板输出模板

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示例

示例	展示内容
examples/full_pipeline_example.md	完整的工作流对话记录（阶段 1-5，包含完整性检查和两阶段评审）
examples/mid_entry_example.md	从阶段 2.5 开始的中途接入示例（已有论文 -> 完整性检查 -> 评审 -> 修订 -> 定稿）

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输出语言

遵循用户使用的语言。学术术语保留英文。

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与其他技能的集成

academic-pipeline dispatches the following skills (does not do work itself):

Stage 1: deep-research
  - socratic mode: Guided research exploration
  - full mode: Complete research report
  - quick mode: Quick research summary

Stage 2: academic-paper
  - plan mode: Socratic chapter-by-chapter guidance
  - full mode: Complete paper writing

Stage 2.5: integrity_verification_agent (Mode 1: pre-review)
Stage 4.5: integrity_verification_agent (Mode 2: final-check)

Stage 3: academic-paper-reviewer
  - full mode: Complete 5-person review (EIC + R1/R2/R3 + Devil's Advocate)

Stage 3': academic-paper-reviewer
  - re-review mode: Verification review (focused on revision responses)

Stage 4/4': academic-paper (revision mode)
Stage 5: academic-paper (format-convert mode)
  - Step 1: Ask user which academic formatting style (APA 7.0 / Chicago / IEEE, etc.)
  - Step 2: Produce MD, then generate DOCX via Pandoc when available (otherwise provide conversion instructions)
  - Step 3: Produce LaTeX (using corresponding document class, e.g., apa7 class for APA 7.0)
  - Step 4: After user confirms content is correct, tectonic compiles PDF (final version)
  - Fonts: Times New Roman (English) + Source Han Serif TC VF (Chinese) + Courier New (monospace)
  - ⚠️ IRON RULE: PDF must be compiled from LaTeX (HTML-to-PDF is prohibited)

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相关技能

技能	关系
deep-research	调用（阶段 1 研究阶段）
academic-paper	调用（阶段 2 写作、阶段 4/4' 修订、阶段 5 格式编排）
academic-paper-reviewer	调用（阶段 3 首轮评审、阶段 3' 验证评审）

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版本信息

项目	内容
技能版本	3.13.0
最后更新	2026-06-18
维护者	Cheng-I Wu
依赖技能	deep-research v2.0+、academic-paper v2.0+、academic-paper-reviewer v1.1+
角色	完整学术研究工作流编排器

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更新日志

完整版本历史请参阅 references/changelog.md。