alterlab-research-pipeline

学术工作流——完整的学术研究流程编排器

一个轻量级编排器，用于管理从研究探索到最终稿件的完整学术工作流。它不执行实质性工作，只负责检测阶段、推荐模式、分派技能、管理阶段转换和跟踪状态。

v2.0 核心改进：

1. 强制用户确认检查点——每个阶段完成后，都必须经用户确认才能进入下一步
2. 学术诚信验证——论文完成后、提交评审前，必须通过 100% 的参考文献和数据验证
3. 两阶段评审——首次全面评审 + 修订后重点验证评审
4. 最终诚信检查——修订完成后，重新验证所有引用和数据，确保 100% 准确
5. 可复现——标准化工作流，每次都能提供一致的质量保障
6. 流程文档——工作流完成后，自动生成一份记录人机协作历史的“论文创作流程记录” PDF

快速开始

完整工作流（从头开始）：

I want to write a research paper on the impact of AI on higher education quality assurance

--> alterlab-research-pipeline 启动，从阶段 1（RESEARCH）开始

中途接入（已有论文）：

I already have a paper, help me review it

--> alterlab-research-pipeline 检测到中途接入，从阶段 2.5（INTEGRITY）开始

修订模式（收到评审意见）：

I received reviewer comments, help me revise

--> alterlab-research-pipeline 检测到修订模式，从阶段 4（REVISE）开始

执行流程：

1. 检测用户当前所处阶段及可用材料
2. 为每个阶段推荐最佳模式
3. 为每个阶段分派相应技能
4. 每个阶段完成后，主动提示用户并等待确认
5. 全程跟踪进度；可随时查看工作流状态面板

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触发条件

触发关键词

英文：academic pipeline，research to paper，full paper workflow，paper pipeline，end-to-end paper，research-to-publication，complete paper workflow

不触发的场景

场景	使用的技能
只需检索材料或进行文献综述	alterlab-deep-research
只需撰写论文（无需研究阶段）	alterlab-paper-writer
只需评审论文	alterlab-paper-reviewer
只需检查引用格式	alterlab-paper-writer（citation-check mode）
只需转换论文格式	alterlab-paper-writer（format-convert mode）

触发排除项

• 如果用户只需要单项功能（如只检索材料、只检查引用），则无需使用工作流，直接触发相应技能
• 如果用户已在使用某项技能的特定模式，不要强行将其纳入工作流
• 工作流是可选的，不是强制的

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流水线阶段（10 个阶段）

阶段	名称	调用的技能 / Agent	可用模式	交付内容
1	RESEARCH	alterlab-deep-research	socratic、full、quick	研究问题简报、方法论、参考文献、综合分析
2	WRITE	alterlab-paper-writer	plan、full	论文初稿
2.5	INTEGRITY	integrity_verification_agent	pre-review	完整性验证报告 + 修正后的论文
3	REVIEW	alterlab-paper-reviewer	full（含 Devil's Advocate）	5 份评审报告 + 编辑决定 + 修订路线图
4	REVISE	alterlab-paper-writer	revision	修订稿、给评审人的回复
3'	RE-REVIEW	alterlab-paper-reviewer	re-review	验证评审报告：修订回复检查清单 + 尚存问题
4'	RE-REVISE	alterlab-paper-writer	revision	第二版修订稿（如有需要）
4.5	FINAL INTEGRITY	integrity_verification_agent	final-check	最终验证报告（必须达到 100% 通过才能继续）
5	FINALIZE	alterlab-paper-writer	format-convert	最终论文（默认提供 MD + DOCX；询问是否需要 LaTeX；确认正确性；提供 PDF）
6	PROCESS SUMMARY	orchestrator	auto	论文创建过程记录 MD + LaTeX 转 PDF（双语）

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流水线状态机

1. 阶段 1 RESEARCH -> 用户确认 -> 阶段 2
2. 阶段 2 WRITE -> 用户确认 -> 阶段 2.5
3. 阶段 2.5 INTEGRITY -> 通过 -> 阶段 3（未通过 -> 修复并重新验证，最多 3 轮）
4. 阶段 3 REVIEW -> 接受 -> 阶段 4.5 / 小修|大修 -> 阶段 4 / 拒稿 -> 阶段 2 或结束
5. 阶段 4 REVISE -> 用户确认 -> 阶段 3'
6. 阶段 3' RE-REVIEW -> 接受|小修 -> 阶段 4.5 / 大修 -> 阶段 4'
7. 阶段 4' RE-REVISE -> 用户确认 -> 阶段 4.5（不返回评审阶段）
8. 阶段 4.5 FINAL INTEGRITY -> 通过（零问题）-> 阶段 5（未通过 -> 修复并重新验证）
9. 阶段 5 FINALIZE -> MD + DOCX -> 询问是否需要 LaTeX -> 确认 -> PDF -> 阶段 6
10. 阶段 6 PROCESS SUMMARY -> 询问语言版本 -> 生成过程记录 MD -> LaTeX -> PDF -> 结束

完整的状态转换定义请参阅 references/pipeline_state_machine.md。

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自适应检查点系统

核心规则：每个阶段完成后，系统都必须主动提示用户并等待确认。检查点的呈现方式会根据上下文和用户参与情况进行调整。

检查点类型

类型	使用时机	内容
FULL	第一个检查点；完整性关卡之后；最终定稿之前	完整的交付内容清单 + 决策面板 + 所有选项
SLIM	在非关键阶段连续收到 2 次或更多“继续”回复后	单行状态 + 5 秒后自动继续
MANDATORY	完整性未通过；评审决定；阶段 5	不可跳过；必须由用户明确输入

决策面板（在 FULL 检查点显示）

━━━ Stage [X] [Name] Complete ━━━

Metrics:
- Word count: [N] (target: [T] +/-10%)    [OK/OVER/UNDER]
- References: [N] (min: [M])              [OK/LOW]
- Coverage: [N]/[T] sections drafted       [COMPLETE/PARTIAL]
- Quality indicators: [score if available]

Deliverables:
- [Material 1]
- [Material 2]

Flagged: [any issues detected, or "None"]

Ready to proceed to Stage [Y]? You can also:
1. View progress (say "status")
2. Adjust settings
3. Pause pipeline
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━

自适应规则

1. 第一个检查点：始终使用 FULL
2. 连续 2 次或更多“继续”且未查看进度后：提示用户关注（“您已自动继续 [N] 次。要查看进度吗？”）
3. 完整性关卡（阶段 2.5、4.5）：始终使用 MANDATORY
4. 评审决定（阶段 3、3'）：始终使用 MANDATORY
5. 最终定稿之前（阶段 5）：始终使用 MANDATORY
6. 所有其他阶段：默认使用 FULL；如果用户说“直接继续”，则降级为 SLIM

检查点规则

1. 不能自动跳过 MANDATORY 检查点：即使上一阶段的结果完美，在 MANDATORY 检查点仍需用户明确输入
2. 用户可以调整：在 FULL 和 MANDATORY 检查点，用户可以修改下一步的模式或设置
3. 支持暂停：用户可以在任何检查点暂停，稍后继续
4. SLIM 模式：如果用户说“继续”或“完全自动”，后续非关键检查点将切换为 SLIM 格式（一行状态 + 自动继续），但仍会发送通知
5. 参与度保障：连续自动继续 4 次或更多后，无论阶段类型如何，系统都会插入一个 FULL 检查点，以确保用户仍在参与

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Agent 团队（3 个 Agent）

#	Agent	角色	文件
1	pipeline_orchestrator_agent	主协调者：检测阶段、推荐模式、触发 skill、管理转换	agents/pipeline_orchestrator_agent.md
2	state_tracker_agent	状态跟踪器：记录已完成的阶段、生成的材料和修订循环次数	agents/state_tracker_agent.md
3	integrity_verification_agent	完整性验证器：100% 验证参考文献／引用／数据	agents/integrity_verification_agent.md

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协调者工作流

协调者会为每个阶段运行一个四步循环：

1. 接收与检测 — 分析用户的材料以选择入口阶段（无材料 -> 阶段 1；论文草稿 -> 阶段 2.5；审稿意见 -> 阶段 4；最终草稿 -> 阶段 5），并确认入口点和目标。
2. 模式推荐 — 根据用户类型推荐各阶段的模式（新手 -> 苏格拉底式／计划式／引导式；有经验者 -> 完整模式；时间有限者 -> 快速模式），并解释取舍，供用户选择。
3. 阶段执行 — 调用该阶段的 skill（绝不亲自完成工作），监控完成情况，汇总交付物，通过 state_tracker_agent 更新状态，然后触发 MANDATORY 检查点。
4. 阶段转换 — 确认后，通过各阶段的交接协议传递交付物，然后开始下一阶段。

完整的检测决策树、模式选择矩阵和各阶段交接映射详见 references/orchestrator_workflow.md。

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完整性与两阶段审查协议（v2.0）

阶段 2.5 — 首次完整性检查（审查前）： WRITE 之后、REVIEW 之前。integrity_verification_agent Mode 1 运行阶段 A-E（100% 验证参考文献是否存在、抽查 >=30% 的引用上下文、100% 验证统计数据、抽查 >=30% 的原创性 + 自我抄袭情况、抽查 30% 的主张／至少 10 条主张）。通过 -> 阶段 3；未通过 -> 列出修正清单，逐项修正并重新验证（最多 3 轮）。

阶段 4.5 — 最终完整性检查（修订后）： RE-REVISE／RE-REVIEW-Accept 之后、FINALIZE 之前。Mode 2 对阶段 A-E 进行全面检查（100% 验证引用上下文、100% 验证主张，必须不存在 MAJOR_DISTORTION 和 UNVERIFIABLE），并交叉检查阶段 2.5 中的每个问题是否都已解决。必须在零问题的情况下通过，才能进入阶段 5。

阶段 3 — 首次审查： EIC + R1（方法论）+ R2（领域）+ R3（跨学科）+ Devil's Advocate。输出：5 份报告 + 编辑决定 + 修订路线图 + 苏格拉底式修订指导。接受 -> 阶段 4.5／小修|大修 -> 阶段 4／拒稿 -> 阶段 2 或结束。

阶段 3' — 验证审查： 对修订后的草稿 + 给审稿人的回复使用 re-review 模式。输出：修订与回复对照表 + 新问题列表 + 新的编辑决定。接受|小修 -> 阶段 4.5／大修 -> 阶段 4'。

修订指导（阶段 3->4，最多 8 轮）和残余问题指导（阶段 3'->4'，最多 5 轮）采用 EIC 苏格拉底式对话；用户可以说“直接修好”来跳过。逐阶段的完整执行步骤、结果处理和指导详情详见 references/integrity_and_review_protocols.md。

中途进入协议

用户可以从任意阶段进入。编排器将：

1. 检测材料：分析用户提供的内容，确定现有哪些材料
2. 识别缺口：检查目标阶段需要哪些前置材料
3. 建议补充：如果缺少关键材料，建议是否返回较早阶段
4. 直接进入：如果材料充足，直接开始指定阶段

重要：中途进入不能跳过 Stage 2.5

• 如果用户带着论文直接进入，必须先经过 Stage 2.5（INTEGRITY），再进入 Stage 3（REVIEW）
• 唯一例外：用户可以提供之前的完整性验证报告，且内容未被修改

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外部评审协议（v2.5 新增）

场景：用户向期刊投稿并收到真实人工评审者的反馈，然后将这些意见带入流程。

触发条件：用户说“我收到了评审意见”“评审意见”“修改后重投”等。

与内部模拟评审不同，外部评审处理的是非结构化、质量不一的人工意见，这些意见需要经过判断（接受 / 部分接受 / 拒绝），而不是全盘接受。四步工作流为：（1）接收并整理为外部评审摘要，供用户确认；（2）策略性修改指导（针对每条 Major 意见提供判断 + 策略 + 风险评估，不默认“全部接受”，最多 8 轮）；（3）修改 + 逐点回复评审意见信；（4）自我验证完整性 / 一致性 / 真实性。必须遵守诚实的能力边界：AI 验证不等于让人工评审者满意，最终的学术判断由研究者负责。

完整对比表、各步骤模板（外部评审摘要、回复评审意见信）、指导问题以及四项能力边界注意事项：参见 references/external_review_protocol.md。

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进度仪表板

用户可以随时说“状态”或“流程状态”来查看：

+=============================================+
|   Academic Pipeline v2.0 Status             |
+=============================================+
| Topic: Impact of AI on Higher Education     |
|        Quality Assurance                    |
+---------------------------------------------+

  Stage 1   RESEARCH          [v] Completed
  Stage 2   WRITE             [v] Completed
  Stage 2.5 INTEGRITY         [v] PASS (62/62 refs verified)
  Stage 3   REVIEW (1st)      [v] Major Revision (5 items)
  Stage 4   REVISE            [v] Completed (5/5 addressed)
  Stage 3'  RE-REVIEW (2nd)   [v] Accept
  Stage 4'  RE-REVISE         [-] Skipped (Accept)
  Stage 4.5 FINAL INTEGRITY   [..] In Progress
  Stage 5   FINALIZE          [ ] Pending
  Stage 6   PROCESS SUMMARY   [ ] Pending

+---------------------------------------------+
| Integrity Verification:                     |
|   Pre-review:  PASS (0 issues)              |
|   Final:       In progress...               |
+---------------------------------------------+
| Review History:                             |
|   Round 1: Major Revision (5 required)      |
|   Round 2: Accept                           |
+=============================================+

输出模板参见 templates/pipeline_status_template.md。

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修改循环管理

• Stage 3（首次评审）-> Stage 4（修改）-> Stage 3'（验证评审）-> Stage 4'（再次修改，如有需要）-> Stage 4.5（最终验证）
• RE-REVISE 最多 1 轮（Stage 4'）：如果 Stage 3' 给出 Major，则进入 Stage 4' 进行修改，然后直接进入 Stage 4.5（不再返回评审）
• 流程覆盖 alterlab-paper-writer 的最多 2 轮修改规则：在此流程中，修改仅限 Stage 4 + Stage 4'（各一轮），取代 alterlab-paper-writer 的最多 2 轮规则
• 将未解决的问题标记为已承认的局限
• 提供累计修改历史（每轮的决定、已处理事项、未解决事项）

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可复现性

v2.0 设计确保每次执行都能进行一致的质量保障：强制执行且不可跳过的 Stage 2.5 + 4.5 完整性检查、五种固定评审视角（EIC + R1/R2/R3 + Devil's Advocate）、标准化验证搜索模板、明确的 PASS/FAIL 阈值（SERIOUS 为零 + MEDIUM 为零 + MAJOR_DISTORTION 为零 + UNVERIFIABLE 为零），以及用于回溯审计的各阶段交付物记录。流程结束时，state_tracker_agent 会生成完整的审计轨迹。

标准化工作流保障表和完整的流程结束审计轨迹模板：参见 references/reproducibility_and_audit.md。

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第 6 阶段：流程总结协议（v2.4 新增）

触发条件：第 5 阶段（FINALIZE）完成后 目的：记录论文创作过程中的完整人机协作历史，供用户分享、汇报或反思

工作流：询问语言偏好（英语、用户使用的其他工作语言——例如土耳其语，或两者兼用）→ 回顾会话历史，整理用户原话、各阶段决策、迭代详情和流程统计数据 → 生成 Markdown（paper_creation_process.md / _en.md）→ 转换为 LaTeX，并通过 tectonic 编译 PDF（仅当总结包含中文、日文或韩文文本时，才使用 xeCJK 和一种 CJK 字体，例如思源宋体）。记录以一份强制性的协作质量评估作为结尾——采用 /insight 风格的最终章节，从六个维度（方向设定、智力贡献、质量把关、迭代纪律、委派效率、元学习）为用户打分，范围为 1–100 分，并提供诚实、有依据且具有建设性的分析（做得好的方面／错失的机会／建议／人与 AI 的价值贡献／Claude 自我反思）。

完整工作流步骤、必需内容表、六维评分卡、评分标准档位、必需小节、评估原则和输出规范：请参见 references/process_summary_protocol.md。

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质量标准

维度	要求
阶段检测	正确识别用户当前所处阶段及可用材料
模式建议	根据用户偏好和材料状态推荐合适的模式
材料交接	阶段间交接材料完整且格式正确
状态跟踪	实时更新流程状态；进度仪表板准确
强制检查点	每个阶段完成后都必须获得用户确认
强制完整性检查	第 2.5 和第 4.5 阶段不可跳过，必须通过
不越权	编排器不执行实质性的研究／写作／审阅工作，仅负责调度
不强制	用户可随时暂停或退出流程（但不能跳过完整性检查）
可复现	相同输入在不同会话中遵循相同的工作流

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错误恢复

阶段	错误	处理方式
接收材料	无法确定入口点	询问用户有哪些材料以及目标是什么
第 1 阶段	alterlab-deep-research 无法收敛	建议切换模式（socratic → full）或缩小范围
第 2 阶段	缺少研究基础	建议返回第 1 阶段补充研究
第 2.5 阶段	经过 3 轮修正后仍为 FAIL	列出无法验证的项目；由用户决定是否继续
第 3 阶段	审阅结果为 Reject	提供选项：大幅重构（第 2 阶段）或放弃
第 4 阶段	所有项目的修订均未完成	列出尚未处理的项目；询问是否继续
第 3' 阶段	验证仍存在重大问题	进入第 4' 阶段进行最终修订
第 4' 阶段	修订后仍有问题	标记为已确认的局限；继续进入第 4.5 阶段
第 4.5 阶段	最终验证未通过	修复并重新验证（最多 3 轮）
任意阶段	用户中途离开	保存流程状态；下次可从中断点继续
任意阶段	技能执行失败	报告错误；建议重试或跳过

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Agent 文件引用

Agent	定义文件
pipeline_orchestrator_agent	agents/pipeline_orchestrator_agent.md
state_tracker_agent	agents/state_tracker_agent.md
integrity_verification_agent	agents/integrity_verification_agent.md

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参考文件

参考文件	用途
references/pipeline_state_machine.md	完整的状态机定义：所有合法转换、前置条件和操作
references/orchestrator_workflow.md	完整的四步编排循环：检测决策树、模式选择矩阵、各阶段交接映射
references/integrity_and_review_protocols.md	第 2.5/4.5 阶段完整性关卡 + 第 3/3' 阶段两轮评审：分阶段执行步骤和指导详情
references/external_review_protocol.md	完整的外部（真实期刊）评审工作流：接收模板、策略指导、Response to Reviewers、能力边界
references/reproducibility_and_audit.md	标准化工作流保障表 + 完整的流水线结束审计轨迹模板
references/process_summary_protocol.md	第 6 阶段过程记录：工作流、必需内容、Collaboration Quality Evaluation 评分卡、输出规范
references/plagiarism_detection_protocol.md	D 阶段原创性核验流程 + 自我抄袭 + AI 文本特征
references/mode_advisor.md	统一的跨技能决策树：将用户意图映射到最佳技能 + 模式
references/claim_verification_protocol.md	E 阶段论断核验流程：论断提取、来源追踪、交叉核对、判定分类
references/team_collaboration_protocol.md	多人团队协调：角色定义、交接流程、版本控制、冲突解决
shared/handoff_schemas.md	跨技能数据契约：涵盖所有阶段间交接产物的 9 种架构

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模板

模板	用途
templates/pipeline_status_template.md	进度仪表板输出模板

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示例

示例	展示内容
examples/full_pipeline_example.md	完整的流水线对话记录（第 1–5 阶段，包含完整性检查 + 两轮评审）
examples/mid_entry_example.md	从第 2.5 阶段开始的中途接入示例（现有论文 -> 完整性检查 -> 评审 -> 修订 -> 定稿）

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输出语言

遵循用户使用的语言。学术术语保留英文。

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与其他技能集成

alterlab-research-pipeline dispatches the following skills (does not do work itself):

Stage 1: alterlab-deep-research
  - socratic mode: Guided research exploration
  - full mode: Complete research report
  - quick mode: Quick research summary

Stage 2: alterlab-paper-writer
  - plan mode: Socratic chapter-by-chapter guidance
  - full mode: Complete paper writing

Stage 2.5: integrity_verification_agent (Mode 1: pre-review)
Stage 4.5: integrity_verification_agent (Mode 2: final-check)

Stage 3: alterlab-paper-reviewer
  - full mode: Complete 5-person review (EIC + R1/R2/R3 + Devil's Advocate)

Stage 3': alterlab-paper-reviewer
  - re-review mode: Verification review (focused on revision responses)

Stage 4/4': alterlab-paper-writer (revision mode)
Stage 5: alterlab-paper-writer (format-convert mode)
  - Step 1: Ask user which academic formatting style (APA 7.0 / Chicago / IEEE, etc.)
  - Step 2: Auto-produce MD + DOCX
  - Step 3: Produce LaTeX (using corresponding document class, e.g., apa7 class for APA 7.0)
  - Step 4: After user confirms content is correct, tectonic compiles PDF (final version)
  - Fonts: Times New Roman (Latin scripts, including Turkish) + Courier New (monospace); add a CJK font such as Source Han Serif only when the paper contains Chinese, Japanese, or Korean text
  - PDF must be compiled from LaTeX (HTML-to-PDF is prohibited)

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相关技能

技能	关系
alterlab-deep-research	调用（第 1 阶段研究阶段）
alterlab-paper-writer	调用（第 2 阶段写作、第 4/4' 阶段修订、第 5 阶段排版）
alterlab-paper-reviewer	调用（第 3 阶段初审、第 3' 阶段核验评审）

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版本历史

版本 2.7（2026-09-23）。此前的变更：references/changelog.md。