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bioskills

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github.com/gptomicsAgent 工作流1.2k242 次安装11 周前更新
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关于 bioskills

bioSkills Installer 是用于安装生物信息学技能集合的元技能。研究人员和 Agent 可安装全部内容，或选择 RNA-seq、变异检测和单细胞数据分析等类别。

主要功能

  1. 01安装完整 bioSkills 集合
  2. 02按类别选择安装内容
  3. 03覆盖 62 个生物信息学类别
  4. 04包含端到端分析工作流

适用场景

  1. 01安装 RNA-seq 分析技能
  2. 02为 Agent 添加变异检测技能
  3. 03配置单细胞分析能力

安装

复制下面的命令，在终端中运行。

$npx skills add https://github.com/gptomics/bioskills --skill bioskills

安装后在 Claude Code 中输入/bioskills确认已加载。

附带文件scripts/install-bioskills.sh

详细介绍

bioSkills 安装程序

Meta 技能，用于安装完整的 bioSkills 集合（涵盖 62 个类别，共 425 项技能），以进行生物信息学分析。

安装

运行随附的安装脚本，下载并安装所有 bioSkills：

bash scripts/install-bioskills.sh

也可以只安装特定类别：

bash scripts/install-bioskills.sh --categories "single-cell,variant-calling,differential-expression"

安装内容

涵盖 62 个类别的 425 项技能，包括：

  • 序列与比对（40）：sequence-io、sequence-manipulation、alignment、alignment-files、database-access
  • 读段处理（11）：read-qc、read-alignment
  • RNA-seq 与表达（14）：differential-expression、rna-quantification、expression-matrix
  • 单细胞与空间组学（25）：single-cell、spatial-transcriptomics
  • 变异分析（21）：variant-calling、copy-number、phasing-imputation
  • 表观基因组学（25）：chip-seq、atac-seq、methylation-analysis、hi-c-analysis
  • 宏基因组学与微生物组（13）：metagenomics、microbiome
  • 基因组学与组装（29）：genome-assembly、genome-annotation、genome-intervals、genome-engineering、primer-design
  • 调控与因果分析（13）：gene-regulatory-networks、causal-genomics、rna-structure
  • 时间与生态学（11）：temporal-genomics、ecological-genomics
  • 免疫学与临床（25）：immunoinformatics、clinical-databases、tcr-bcr-analysis、epidemiological-genomics
  • 专门组学（36）：proteomics、metabolomics、alternative-splicing、chemoinformatics、liquid-biopsy
  • RNA 生物学（20）：small-rna-seq、epitranscriptomics、clip-seq、ribo-seq
  • 系统发育与进化（16）：phylogenetics、population-genetics、comparative-genomics
  • 结构与系统（11）：structural-biology、systems-biology
  • 筛选与细胞术（22）：crispr-screens、flow-cytometry、imaging-mass-cytometry
  • 通路与整合（14）：pathway-analysis、multi-omics-integration、restriction-analysis
  • 基础设施（39）：data-visualization、machine-learning、workflow-management、reporting、experimental-design、long-read-sequencing
  • 工作流（40）：端到端流水线（从 FASTQ 到结果）

安装后

安装完成后，系统会根据当前任务自动触发相应技能。示例请求：

  • “我有处理组与对照组样本的 RNA-seq 计数数据，请找出差异表达基因。”
  • “从这个全基因组测序 BAM 文件中识别变异。”
  • “对我的单细胞 RNA-seq 数据进行聚类，并找出标记基因。”
  • “预测这个蛋白质序列的结构。”
  • “对这些鸟枪法测序读段进行宏基因组分类。”

来源

GitHub：https://github.com/GPTomics/bioSkills

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